More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2540 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2540  response regulator receiver  100 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.255276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4882  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.77 
 
 		 224 aa  271  9e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2732  two component transcriptional regulator  51.52 
 
 		 225 aa  251  7e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0465  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 		 225 aa  250  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6964  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.043471  normal  0.107802 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3158  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.32 
 
 		 225 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4933  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.742602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3049  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 224 aa  224  7e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2586  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.68 
 
 		 227 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0130561 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3534  two-component system response regulator  47.37 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.524315 
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  46.52 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1332  response regulator receiver  44.74 
 
 		 224 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6736  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.973659  normal  0.523736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4553  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.87 
 
 		 227 aa  208  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.130056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1449  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.93 
 
 		 223 aa  208  7e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5580  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.85465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1620  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1185  response regulator receiver  40.79 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  38.7 
 
 		 224 aa  154  7e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5018  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 226 aa  154  8e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  37.12 
 
 		 652 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 220 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 219 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.05 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0776  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0107208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.05 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.5 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.5 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  35.5 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 799 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 237 aa  145  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  36.4 
 
 		 219 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2453  winged helix family two component transcriptional regulator  36.68 
 
 		 236 aa  143  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.147888  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.62 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.8 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.4 
 
 		 220 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 240 aa  142  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1307  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  36.4 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2714  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 221 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4347  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 236 aa  142  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 229 aa  142  5e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  31.74 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  34.05 
 
 		 229 aa  141  8e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 220 aa  141  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  35.09 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 242 aa  140  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  35.47 
 
 		 237 aa  140  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  34.96 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1618  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3016  two component transcriptional regulator  36.56 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1374  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 238 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  32.74 
 
 		 224 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 225 aa  138  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 224 aa  138  7e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.8 
 
 		 231 aa  138  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 227 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  36.56 
 
 		 224 aa  138  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 219 aa  138  8.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  35.4 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  36.16 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1810  DNA-binding response regulator  32.61 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0562957  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.78 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 233 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  34.35 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.09 
 
 		 230 aa  136  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 		 223 aa  135  4e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  33.48 
 
 		 219 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  32.3 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  33.48 
 
 		 219 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  33.48 
 
 		 219 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  33.48 
 
 		 219 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  33.48 
 
 		 219 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>