More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3088 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  99.54 
 
 		 219 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  64.52 
 
 		 219 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  63.89 
 
 		 221 aa  285  2.9999999999999996e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  65.74 
 
 		 221 aa  284  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  65.74 
 
 		 221 aa  284  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  64.35 
 
 		 223 aa  276  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6259  two component response regulator  59.72 
 
 		 220 aa  274  7e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.1188  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3094  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.5 
 
 		 223 aa  271  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1602  two component transcriptional regulator  62.96 
 
 		 223 aa  270  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389685 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  59.26 
 
 		 225 aa  268  4e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3284  two component transcriptional regulator  63.43 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0910618 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6029  two component transcriptional regulator  60.37 
 
 		 222 aa  261  8e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.167629 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4961  two component transcriptional regulator  63.85 
 
 		 220 aa  259  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.675974  normal  0.952404 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  59.72 
 
 		 219 aa  251  7e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5168  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  60.27 
 
 		 219 aa  248  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0903  DNA-binding response regulator  63.01 
 
 		 219 aa  247  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.604027  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5392  winged helix family two component transcriptional regulator  60.73 
 
 		 219 aa  244  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.890679  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0784  DNA-binding response regulator  62.1 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.42757  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1624  DNA-binding response regulator  62.1 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0176162  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1977  DNA-binding response regulator  62.1 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0490  two component response regulator  62.1 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663456  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0671  DNA-binding response regulator  62.1 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.485657  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0559  DNA-binding response regulator  62.1 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2074  DNA-binding response regulator  62.1 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.401565  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  51.6 
 
 		 220 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 220 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.4 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 235 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 219 aa  201  5e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  201  7e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2154  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 218 aa  200  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3285  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.69 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00225391  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 220 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 220 aa  198  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 219 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  51.14 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  51.14 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  51.14 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  51.14 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  51.14 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 225 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 		 220 aa  194  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  46.76 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.79 
 
 		 218 aa  193  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  49.07 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  47.2 
 
 		 221 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 220 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  50.69 
 
 		 241 aa  192  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 279 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 		 244 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  50.69 
 
 		 283 aa  192  4e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  46.05 
 
 		 246 aa  191  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2208  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.91 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  49.07 
 
 		 220 aa  191  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4141  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 220 aa  191  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3443  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 		 213 aa  190  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  47.2 
 
 		 221 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  44.86 
 
 		 219 aa  189  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 242 aa  188  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  48.61 
 
 		 220 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  48.13 
 
 		 221 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1953  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 226 aa  188  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1754  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.25 
 
 		 226 aa  188  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  48.15 
 
 		 255 aa  187  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0124  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.07 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.804654  normal  0.0356027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  44.24 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  44.91 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3124  transcriptional regulatory protein QseB  47.25 
 
 		 221 aa  186  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  43.78 
 
 		 223 aa  185  6e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3680  histidine kinase A domain-containing protein  46.76 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.894604 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  46.3 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1143  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.606905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 222 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4243  response regulator receiver  48.15 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.376113 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 		 221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 221 aa  181  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  44.91 
 
 		 227 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1075  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  181  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 		 235 aa  181  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 224 aa  180  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.65 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>