More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1260 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1260  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
304 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.0170464 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4012  Alpha/beta hydrolase  74.58 
 
 
296 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0123555 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1698  magnesium chelatase accessory protein  73.63 
 
 
295 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3767  alpha/beta hydrolase fold  72.54 
 
 
296 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0136912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0558  alpha/beta hydrolase fold  59.17 
 
 
338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6446  putative Alpha/beta hydrolase, putative protoporphyrin IX magnesium chelatase bchO-like protein  61.31 
 
 
301 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.606393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0476  Alpha/beta hydrolase  56.25 
 
 
330 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0379  alpha/beta hydrolase fold  55.21 
 
 
327 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0348  magnesium chelatase accessory protein  58.19 
 
 
322 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3010  magnesium chelatase accessory protein  55.67 
 
 
299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.219603  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3235  magnesium chelatase accessory protein  55.67 
 
 
301 aa  305  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1832  magnesium chelatase accessory protein  54.51 
 
 
302 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0474032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3199  magnesium chelatase accessory protein  54.96 
 
 
309 aa  285  7e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.825802  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0487  Alpha/beta hydrolase fold  51.18 
 
 
310 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3733  magnesium chelatase accessory protein  53.55 
 
 
293 aa  268  7e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229293  normal  0.0818214 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2065  magnesium chelatase accessory protein  47.88 
 
 
384 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.178825 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1620  alpha/beta hydrolase fold  48.14 
 
 
303 aa  255  7e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3504  magnesium-chelatase 30 kDa subunit  44.24 
 
 
302 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.477882 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0147  alpha/beta hydrolase  39.78 
 
 
282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0275  magnesium-chelatase, BchO  41.01 
 
 
288 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.522227  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1918  alpha/beta hydrolase fold  41.01 
 
 
288 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.683828  normal  0.386783 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1020  alpha/beta hydrolase fold  37.89 
 
 
290 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0139875  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0627  Alpha/beta hydrolase  28.2 
 
 
289 aa  89  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.355065 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1945  alpha/beta hydrolase fold  29.89 
 
 
346 aa  84  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3664  alpha/beta hydrolase fold protein  28.09 
 
 
350 aa  82  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0952  alpha/beta hydrolase fold  37.91 
 
 
350 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167574  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0971  alpha/beta hydrolase fold  27.5 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.419723 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  30.12 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3952  alpha/beta hydrolase fold  24.36 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.675872  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  29.55 
 
 
286 aa  75.5  0.0000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7003  alpha/beta hydrolase fold  29.31 
 
 
291 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00535586 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1232  alpha/beta hydrolase fold protein  25.35 
 
 
277 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12729  hydrolase  26.06 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2161  alpha/beta hydrolase fold  36.43 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.170083  hitchhiker  0.00519685 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2172  alpha/beta hydrolase fold  36.43 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2218  alpha/beta hydrolase fold  36.43 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.158046  normal  0.0966577 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  29.41 
 
 
308 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1083  alpha/beta hydrolase fold  29.08 
 
 
291 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2445  alpha/beta hydrolase fold  27.54 
 
 
340 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.54824  normal  0.191947 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  29.1 
 
 
291 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1310  alpha/beta hydrolase fold  28.84 
 
 
269 aa  73.2  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.557665  normal  0.708974 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1492  alpha/beta hydrolase fold  28.97 
 
 
291 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6337  alpha/beta hydrolase fold  28.97 
 
 
291 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2918  alpha/beta hydrolase fold protein  27.3 
 
 
310 aa  72.4  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000917268  normal  0.0712608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  25.83 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0837  alpha/beta fold family hydrolase  26.23 
 
 
299 aa  72  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3935  alpha/beta hydrolase fold protein  28.87 
 
 
371 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7101  alpha/beta hydrolase fold protein  40.91 
 
 
289 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.974573 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  24.65 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4334  alpha/beta hydrolase fold protein  36.52 
 
 
278 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0684332 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  28.31 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0994  alpha/beta hydrolase fold  22.09 
 
 
281 aa  70.1  0.00000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.795664 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1083  alpha/beta hydrolase fold  28.72 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3241  putative hydrolase or acyltransferase  23.75 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  28.1 
 
 
290 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4726  alpha/beta hydrolase fold  25 
 
 
279 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1095  alpha/beta hydrolase fold  27.11 
 
 
302 aa  68.9  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1353  alpha/beta hydrolase fold  24.82 
 
 
339 aa  67.8  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.687878  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1412  alpha/beta fold family hydrolase  27.76 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.405065 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3421  putative hydrolase or acyltransferase  32.73 
 
 
296 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0121666 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3325  putative hydrolase or acyltransferase  33.64 
 
 
296 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252993  normal  0.633189 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0062  alpha/beta hydrolase fold protein  25.36 
 
 
301 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3317  putative hydrolase or acyltransferase  31.82 
 
 
296 aa  66.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10135  epoxide hydrolase ephF  25.68 
 
 
300 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.890635 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  22.03 
 
 
345 aa  66.6  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6136  alpha/beta hydrolase fold protein  27.34 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.015637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1972  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  34.38 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3731  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  41.67 
 
 
372 aa  66.2  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  38.46 
 
 
361 aa  66.2  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3466  alpha/beta hydrolase fold protein  28.08 
 
 
390 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5307  alpha/beta hydrolase fold  26.32 
 
 
295 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224347 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3844  alpha/beta hydrolase fold protein  26.01 
 
 
289 aa  65.9  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1174  alpha/beta fold family hydrolase  25.28 
 
 
303 aa  65.5  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4115  alpha/beta hydrolase fold  28.73 
 
 
280 aa  65.9  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0646  alpha/beta hydrolase fold protein  26.02 
 
 
265 aa  65.1  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1824  alpha/beta hydrolase fold protein  36.7 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5957  alpha/beta hydrolase fold  34.4 
 
 
296 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0650876 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  46.84 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.343862 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53540  hydrolase  23.67 
 
 
313 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.187191  decreased coverage  0.0000594216 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2769  alpha/beta hydrolase fold protein  27.8 
 
 
305 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20491  alpha/beta superfamily hydrolase/acyltransferase  25.28 
 
 
303 aa  65.5  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.79696 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3515  alpha/beta hydrolase fold  25.18 
 
 
279 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1429  Alpha/beta hydrolase fold  39.18 
 
 
267 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.495278  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3642  alpha/beta hydrolase fold  27.92 
 
 
379 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47210  alpha/beta fold hydrolase  35.71 
 
 
296 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2400  alpha/beta hydrolase fold  26.71 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8642  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  27.68 
 
 
321 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  29.48 
 
 
287 aa  63.9  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3323  alpha/beta hydrolase fold protein  33.01 
 
 
296 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3398  alpha/beta hydrolase fold protein  41.49 
 
 
292 aa  63.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00619315  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0108  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  29.23 
 
 
639 aa  63.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5036  hydrolase, alpha/beta fold family  25.69 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  26.2 
 
 
316 aa  64.3  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1778  alpha/beta hydrolase fold  27.86 
 
 
366 aa  64.3  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0401666  normal  0.253947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4089  hydrolase, alpha/beta fold family  37.5 
 
 
262 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.05653  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0314  alpha/beta hydrolase fold  26.27 
 
 
303 aa  63.9  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000332733  normal  0.010488 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0198  hydrolase, alpha/beta fold family  25 
 
 
279 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>