More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0672 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 		 315 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  45.02 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1353  alpha/beta hydrolase fold  43.3 
 
 		 339 aa  250  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.687878  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  43.04 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4692  hydrolase  41.75 
 
 		 313 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53540  hydrolase  40.78 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.187191  decreased coverage  0.0000594216 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2696  alpha/beta hydrolase fold  40.94 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1945  alpha/beta hydrolase fold  40.51 
 
 		 346 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  40.51 
 
 		 312 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3361  alpha/beta hydrolase fold  39.86 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.013073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3014  alpha/beta hydrolase fold protein  39.86 
 
 		 340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1258  putative hydrolase  40.19 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2302  alpha/beta hydrolase fold  38.41 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1955  Alpha/beta hydrolase fold  38.28 
 
 		 339 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0521356  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1770  alpha/beta hydrolase fold  32.8 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00973065  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3858  alpha/beta hydrolase fold  39.26 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  34.06 
 
 		 316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3600  alpha/beta hydrolase fold  40.91 
 
 		 333 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1095  alpha/beta hydrolase fold  30.53 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1052  alpha/beta fold family hydrolase  32.22 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  32.51 
 
 		 278 aa  125  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1253  alpha/beta hydrolase fold  30.17 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.188153  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3235  alpha/beta hydrolase fold  27.21 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.423188  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  31.25 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1491  alpha/beta hydrolase fold  30.58 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00412587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1412  alpha/beta fold family hydrolase  30.71 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.405065 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0837  alpha/beta fold family hydrolase  28.82 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1331  Alpha/beta hydrolase fold  31.14 
 
 		 278 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0726  Alpha/beta hydrolase fold  31.32 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.418477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2528  alpha/beta hydrolase fold  28.67 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  33.57 
 
 		 287 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0952  alpha/beta hydrolase fold  35.27 
 
 		 350 aa  112  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167574  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0379  alpha/beta hydrolase fold protein  35.08 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.36178  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1513  Alpha/beta hydrolase fold  33.09 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  30.5 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5048  hydrolase, alpha/beta fold family  27.78 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3515  alpha/beta hydrolase fold  26.3 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3545  alpha/beta hydrolase fold protein  32.03 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4621  alpha/beta hydrolase fold  32.03 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5015  hydrolase, alpha/beta fold family  27.04 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4774  alpha/beta fold family hydrolase  27.04 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4636  alpha/beta hydrolase fold protein  27.04 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5136  alpha/beta fold family hydrolase  27.04 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2882  alpha/beta hydrolase fold  32.5 
 
 		 276 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.035123 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2916  alpha/beta hydrolase fold protein  32.16 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  32.06 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1637  alpha/beta hydrolase fold  28.68 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5043  alpha/beta fold family hydrolase  27.04 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4614  alpha/beta hydrolase fold protein  26.67 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0433  alpha/beta hydrolase fold protein  31.66 
 
 		 282 aa  107  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  30.47 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  33.58 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5036  hydrolase, alpha/beta fold family  26.22 
 
 		 279 aa  105  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1306  alpha/beta hydrolase fold  32.84 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258208  normal  0.0573899 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42230  2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase  30.55 
 
 		 271 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2274  2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase  31.36 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1459  alpha/beta hydrolase fold  28.21 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  31.43 
 
 		 291 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1380  alpha/beta hydrolase fold  26.2 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  31.43 
 
 		 291 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  31.43 
 
 		 291 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  33.98 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0935  alpha/beta hydrolase fold  31.02 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423109  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  32.3 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2885  alpha/beta hydrolase fold protein  31.65 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00297178 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1553  alpha/beta hydrolase fold protein  30.99 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230075  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0198  hydrolase, alpha/beta fold family  26.3 
 
 		 279 aa  103  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0221  alpha/beta hydrolase fold  30.39 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4708  alpha/beta hydrolase fold  32.28 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5093  alpha/beta hydrolase fold  32.28 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.284245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4794  alpha/beta hydrolase fold  32.28 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3250  Alpha/beta hydrolase fold  27.51 
 
 		 273 aa  102  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000180136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0598  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.07 
 
 		 368 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0447613 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0683  putative hydrolase  32.33 
 
 		 271 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.225532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41750  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.54 
 
 		 370 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.942263  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  29.68 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0725  alpha/beta hydrolase fold protein  29.96 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3786  Alpha/beta hydrolase fold  30.88 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00563208  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3158  alpha/beta hydrolase fold protein  30.62 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.511657 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4726  alpha/beta hydrolase fold  25.84 
 
 		 279 aa  100  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1509  alpha/beta hydrolase fold  27.3 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  35 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2266  alpha/beta hydrolase fold protein  32.7 
 
 		 274 aa  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.620512 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0531  alpha/beta hydrolase fold protein  32.17 
 
 		 273 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1080  alpha/beta hydrolase fold  28.93 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1832  magnesium chelatase accessory protein  32.27 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0474032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0553  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.68 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5552  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.03 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.077135  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12729  hydrolase  29.11 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 		 361 aa  99.8  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0592  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.68 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0994  alpha/beta hydrolase fold  25.18 
 
 		 281 aa  99.8  6e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.795664 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0809  alpha/beta hydrolase fold  30.16 
 
 		 283 aa  99  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2786  alpha/beta hydrolase fold  31.73 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200125 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1402  alpha/beta hydrolase fold protein  29.79 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0653602  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  30.28 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  27.14 
 
 		 562 aa  98.2  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  29.72 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  28.68 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3452  alpha/beta hydrolase fold  28.4 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>