More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4302 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4302  synthetase, putative  100 
 
 		 262 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.646666  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1111  synthetase, putative  94.66 
 
 		 262 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.176588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1150  synthetase, putative  94.27 
 
 		 262 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0599146  normal  0.802365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4323  synthetase, putative  72.52 
 
 		 263 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003302  alanyl-tRNA synthetase domain protein  31.62 
 
 		 213 aa  102  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2298  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  30.67 
 
 		 212 aa  98.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.231148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1334  putative alanyl-tRNA synthetase  32.05 
 
 		 213 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2987  metal-dependent hydrolase  31.69 
 
 		 226 aa  93.2  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42325 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2969  alanyl-tRNA synthetase related protein  31.36 
 
 		 214 aa  89.7  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0621  alanyl-tRNA synthetase  26.24 
 
 		 910 aa  85.1  0.000000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1000  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.15 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.332977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2035  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.92 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2316  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  28.4 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2431  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.5 
 
 		 389 aa  82  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1313  alanyl-tRNA synthetase  29.06 
 
 		 900 aa  82  0.000000000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2194  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.4 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5605  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  28.4 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675577  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0660  hypothetical protein  27.9 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0644  hypothetical protein  27.9 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0849  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.91 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.201539  normal  0.867542 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2301  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.1 
 
 		 243 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0220  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  30.21 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.8521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0513  alanyl-tRNA synthetase  25.3 
 
 		 892 aa  75.5  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0618  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  30.19 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.920461  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0221  alanyl-tRNA synthetase  29.67 
 
 		 907 aa  74.3  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0988  hypothetical protein  28.52 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0169723  normal  0.0507155 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1395  alanyl-tRNA synthetase  26.19 
 
 		 892 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0918  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.52 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4713  alanyl tRNA synthetase-related protein  27.04 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.601356  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1908  alanyl-tRNA synthetase  29.18 
 
 		 926 aa  73.2  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1384  alanyl-tRNA synthetase  25.68 
 
 		 892 aa  72.8  0.000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1241  alanyl-tRNA synthetase  25.3 
 
 		 892 aa  72.4  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.243126  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1929  alanyl-tRNA synthetase  29.86 
 
 		 926 aa  72.4  0.000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2181  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  31.1 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.290102  hitchhiker  0.0000501949 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1124  alanyl-tRNA synthetase  29.18 
 
 		 924 aa  71.2  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1638  alanyl-tRNA synthetase  27.87 
 
 		 904 aa  71.2  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1666  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  28.46 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2278  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  28.46 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2092  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  26.85 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1606  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  28.06 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.877653  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4224  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  27.05 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119037  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1402  alanyl-tRNA synthetase  28.81 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1345  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  27.76 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0770  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  28.81 
 
 		 243 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0379  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  28.81 
 
 		 243 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1023  alanyl-tRNA synthetase  29.57 
 
 		 865 aa  68.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1096  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  28.81 
 
 		 243 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0719  alanyl-tRNA synthetase  27.4 
 
 		 926 aa  67.8  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.507157  normal  0.398718 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1428  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  27.67 
 
 		 236 aa  67  0.0000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1549  alanine--tRNA ligase  27.89 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0332631  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1263  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  27.78 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.857416  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0731  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  26.21 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2228  alanyl-tRNA synthetase  26.77 
 
 		 892 aa  66.6  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1898  alanyl-tRNA synthetase  26.42 
 
 		 899 aa  66.2  0.0000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0295948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3604  alanyl-tRNA synthetase domain protein  28.51 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0131  hypothetical protein  25.93 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0641212  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0951  alanyl-tRNA synthetase  31.15 
 
 		 854 aa  65.9  0.0000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.197115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1255  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  28.4 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0033  alanyl-tRNA synthetase  29.5 
 
 		 925 aa  65.5  0.0000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1597  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  27.49 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1720  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  27.49 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.996643  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1739  alanyl-tRNA synthetase domain protein  27.78 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2571  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  27.87 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.613801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1560  alanine--tRNA ligase  27.89 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1440  alanyl-tRNA synthetase  26.97 
 
 		 874 aa  63.9  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000329754  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1793  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  28.29 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1770  alanyl-tRNA synthetase domain protein  28.29 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1848  alanyl-tRNA synthetase domain protein  28.29 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2025  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  27.24 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2555  alanyl-tRNA synthetase  29.13 
 
 		 878 aa  63.2  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3159  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.69 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4881  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  26.58 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0367  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  24.61 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1429  alanyl-tRNA synthetase  26.16 
 
 		 842 aa  62  0.000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0598  alanyl-tRNA synthetase  29.89 
 
 		 885 aa  62  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0421  alanyl-tRNA synthetase  30.6 
 
 		 882 aa  61.6  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1760  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  26.15 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000600128  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0478  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  23.55 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1447  alanyl-tRNA synthetase  27.52 
 
 		 882 aa  60.8  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0971  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.79 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2407  alanyl-tRNA synthetase  32.89 
 
 		 896 aa  60.8  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.714506  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002521  alanyl-tRNA synthetase  30.25 
 
 		 860 aa  60.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1993  alanyl-tRNA synthetase  26.79 
 
 		 896 aa  60.1  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0156  alanyl-tRNA synthetase  28.64 
 
 		 848 aa  59.7  0.00000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02846  alanyl-tRNA synthetase  27.62 
 
 		 865 aa  59.3  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.12148  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0534  alanyl-tRNA synthetase  25.74 
 
 		 842 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2509  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  26.25 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0368  alanyl-tRNA synthetase  25.93 
 
 		 889 aa  58.9  0.00000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2551  alanyl-tRNA synthetase  29.61 
 
 		 870 aa  57.4  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.549069  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0578  alanyl-tRNA synthetase  25.93 
 
 		 879 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0096  alanyl-tRNA synthetase  26.47 
 
 		 894 aa  57.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.172086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2186  alanyl-tRNA synthetase  25.37 
 
 		 923 aa  57.4  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1987  alanyl-tRNA synthetase  30.58 
 
 		 885 aa  57.8  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.363624  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2345  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  27.17 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4033  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  29.63 
 
 		 403 aa  57  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.22843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0657  alanyl-tRNA synthetase  25.28 
 
 		 913 aa  57  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.459969  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1361  alanyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 923 aa  56.6  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07800  alanyl-tRNA synthetase  26.61 
 
 		 889 aa  56.6  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0367295 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1287  alanyl-tRNA synthetase  26.05 
 
 		 913 aa  56.6  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.460274  normal  0.758822 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0919  alanyl-tRNA synthetase  25.66 
 
 		 892 aa  56.6  0.0000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.213328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>