More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0988 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0988  hypothetical protein  100 
 
 
245 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0169723  normal  0.0507155 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0918  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  83.68 
 
 
239 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523038  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0849  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  82.43 
 
 
239 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.201539  normal  0.867542 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2509  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  71.25 
 
 
238 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2345  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  69.07 
 
 
237 aa  321  6e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4224  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  66.12 
 
 
236 aa  299  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119037  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1000  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  50 
 
 
243 aa  218  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.332977  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2313  aminoacyl-tRNA synthetase  52.54 
 
 
239 aa  214  8e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.938515  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2301  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  47.13 
 
 
243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5605  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 
243 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675577  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2035  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  48.36 
 
 
243 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2316  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  48.77 
 
 
243 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2278  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  47.54 
 
 
243 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3853  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  49.8 
 
 
250 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2194  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  48.36 
 
 
243 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1666  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  47.13 
 
 
243 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346483  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3126  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  49.39 
 
 
250 aa  208  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0731  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  48.98 
 
 
249 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2149  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  49.38 
 
 
239 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287127  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1995  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  45.56 
 
 
246 aa  196  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0823  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  47.7 
 
 
239 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4455  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  49.6 
 
 
255 aa  195  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0634638 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1878  alanyl-tRNA synthetase  43.85 
 
 
245 aa  194  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1364  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  44.07 
 
 
249 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0367  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  45.34 
 
 
252 aa  193  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2025  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  46.32 
 
 
240 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1263  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  47.35 
 
 
243 aa  191  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.857416  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0770  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  47.35 
 
 
243 aa  191  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1096  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  47.35 
 
 
243 aa  191  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0379  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  47.35 
 
 
243 aa  191  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1402  alanyl-tRNA synthetase  47.35 
 
 
243 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1255  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  47.35 
 
 
243 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1616  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  42.37 
 
 
245 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128558  normal  0.455534 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1437  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  41.32 
 
 
245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.422716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0821  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  47.48 
 
 
239 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1054  hypothetical protein  41.1 
 
 
247 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1019  hypothetical protein  40.68 
 
 
247 aa  185  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.580747  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2141  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  40.76 
 
 
247 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316281  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1549  alanine--tRNA ligase  36.6 
 
 
236 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0332631  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1597  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36.6 
 
 
236 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1720  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36.6 
 
 
236 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.996643  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1848  alanyl-tRNA synthetase domain protein  36.4 
 
 
236 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1770  alanyl-tRNA synthetase domain protein  37.02 
 
 
236 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1606  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  37.76 
 
 
232 aa  144  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.877653  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1739  alanyl-tRNA synthetase domain protein  36.17 
 
 
236 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1793  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  37.13 
 
 
236 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1560  alanine--tRNA ligase  37.02 
 
 
236 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3604  alanyl-tRNA synthetase domain protein  36.6 
 
 
236 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1136  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.65 
 
 
233 aa  132  6.999999999999999e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000475056  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1257  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  33.47 
 
 
242 aa  128  9.000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.018938  hitchhiker  0.0000000057233 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2181  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  33.76 
 
 
235 aa  127  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.290102  hitchhiker  0.0000501949 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1428  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  34.93 
 
 
236 aa  125  5e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2092  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  33.33 
 
 
243 aa  125  7e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1030  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  34.85 
 
 
240 aa  125  9e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.08615  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3806  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  38.7 
 
 
246 aa  118  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2571  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  37.14 
 
 
236 aa  117  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.613801  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1468  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  34.02 
 
 
238 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1794  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  33.9 
 
 
244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.922708  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1534  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  32.11 
 
 
238 aa  112  8.000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.11001  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0225  alanyl-tRNA synthetase-related protein  37.3 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0319301  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0961  alanyl-tRNA synthetase-related protein  37.3 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0417  alanyl-tRNA synthetase-related protein  37.3 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.299337  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0478  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.45 
 
 
238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1375  alanyl-tRNA synthetase-related protein  37.3 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0902986  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1871  putative alanyl-tRNA synthetase  37.87 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0336  putative alanyl-tRNA synthetase related protein  37.87 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1785  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  37.87 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.170383  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1661  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  34.71 
 
 
238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0175002 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1034  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  31.95 
 
 
238 aa  108  8.000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000000152795 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1041  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  31.63 
 
 
234 aa  107  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000448232  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2318  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  34.51 
 
 
237 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1345  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  34.55 
 
 
249 aa  100  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6121  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  34.96 
 
 
237 aa  99.8  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2969  alanyl-tRNA synthetase related protein  35.25 
 
 
214 aa  99.4  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.160659  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2298  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.1 
 
 
212 aa  99  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.231148  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1267  alanyl-tRNA synthetase  32.03 
 
 
914 aa  98.6  8e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.837647  normal  0.239203 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1313  alanyl-tRNA synthetase  30.35 
 
 
900 aa  97.1  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4831  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  35.22 
 
 
255 aa  95.1  9e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107612  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0618  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  34.65 
 
 
265 aa  94.7  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.920461  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1993  alanyl-tRNA synthetase  32.51 
 
 
896 aa  93.6  2e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5692  putative alanyl-tRNA synthetase related protein  32.13 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0809019  normal  0.409896 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1447  alanyl-tRNA synthetase  30.71 
 
 
882 aa  92.8  5e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2228  alanyl-tRNA synthetase  31.28 
 
 
892 aa  92  8e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0209  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.64 
 
 
390 aa  92  9e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.468608 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1638  alanyl-tRNA synthetase  31.47 
 
 
904 aa  91.3  1e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3568  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.6 
 
 
408 aa  88.6  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.437121  normal  0.758255 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4632  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  30.54 
 
 
387 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0730  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  30.52 
 
 
398 aa  87.4  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00140336 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0221  alanyl-tRNA synthetase  35.08 
 
 
907 aa  87.4  2e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1193  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  30.38 
 
 
252 aa  87.8  2e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05100  alanyl-tRNA synthetase  32.86 
 
 
878 aa  86.3  4e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.637109  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53118  Alanyl-tRNA synthetase (Alanine--tRNA ligase) (AlaRS)  31.25 
 
 
430 aa  85.5  7e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.523739  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003302  alanyl-tRNA synthetase domain protein  30.04 
 
 
213 aa  85.5  8e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0971  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.47 
 
 
293 aa  84.3  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0919  alanyl-tRNA synthetase  29.54 
 
 
892 aa  85.1  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.213328 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0719  alanyl-tRNA synthetase  32.11 
 
 
926 aa  84  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.507157  normal  0.398718 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3310  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.98 
 
 
411 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.463207  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2987  metal-dependent hydrolase  31.87 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42325 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1287  alanyl-tRNA synthetase  32.21 
 
 
913 aa  83.6  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.460274  normal  0.758822 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32618  predicted protein  32.56 
 
 
906 aa  83.2  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.63515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>