More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1364 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1364  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  100 
 
 
249 aa  516  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1616  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  80.74 
 
 
245 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128558  normal  0.455534 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1878  alanyl-tRNA synthetase  81.67 
 
 
245 aa  411  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1437  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  80.25 
 
 
245 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.422716 
 
 
-
 
NC_004310  BR1054  hypothetical protein  72.43 
 
 
247 aa  365  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1019  hypothetical protein  71.6 
 
 
247 aa  360  9e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.580747  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2141  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  71.9 
 
 
247 aa  350  8e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1000  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  50.2 
 
 
243 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.332977  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2313  aminoacyl-tRNA synthetase  50.83 
 
 
239 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.938515  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5605  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  48.78 
 
 
243 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675577  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2035  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  47.77 
 
 
243 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4455  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  47.93 
 
 
255 aa  225  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0634638 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1666  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  48.78 
 
 
243 aa  221  7e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2278  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  48.78 
 
 
243 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0823  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  50 
 
 
239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2149  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  50.42 
 
 
239 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287127  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2316  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  47.56 
 
 
243 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2194  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  47.56 
 
 
243 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2301  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  48.37 
 
 
243 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2345  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  46.15 
 
 
237 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3853  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  45.34 
 
 
250 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3126  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  45.75 
 
 
250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0367  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  45.97 
 
 
252 aa  212  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1096  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  46.75 
 
 
243 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0770  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  46.75 
 
 
243 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1263  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  46.75 
 
 
243 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.857416  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0379  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  46.75 
 
 
243 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1255  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  46.34 
 
 
243 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1402  alanyl-tRNA synthetase  46.75 
 
 
243 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0821  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  49.58 
 
 
239 aa  208  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0731  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  45.12 
 
 
249 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1995  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  46.69 
 
 
246 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2509  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  44.44 
 
 
238 aa  204  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0918  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  44.49 
 
 
239 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523038  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4224  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  44.26 
 
 
236 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119037  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0988  hypothetical protein  44.07 
 
 
245 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0169723  normal  0.0507155 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0849  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  44.07 
 
 
239 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.201539  normal  0.867542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2025  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  38.56 
 
 
240 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1606  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  41.42 
 
 
232 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.877653  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1549  alanine--tRNA ligase  31.95 
 
 
236 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0332631  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2092  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  35.29 
 
 
243 aa  123  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1428  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  33.47 
 
 
236 aa  121  9e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1597  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  31.12 
 
 
236 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1720  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  31.12 
 
 
236 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.996643  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1793  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  31.54 
 
 
236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1770  alanyl-tRNA synthetase domain protein  31.54 
 
 
236 aa  116  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1848  alanyl-tRNA synthetase domain protein  31.12 
 
 
236 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1560  alanine--tRNA ligase  31.12 
 
 
236 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3604  alanyl-tRNA synthetase domain protein  31.12 
 
 
236 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1739  alanyl-tRNA synthetase domain protein  30.71 
 
 
236 aa  112  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1030  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  34.02 
 
 
240 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.08615  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1041  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  32.37 
 
 
234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000448232  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2571  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  34.58 
 
 
236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.613801  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2228  alanyl-tRNA synthetase  35.42 
 
 
892 aa  108  5e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1136  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  34.03 
 
 
233 aa  108  6e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000475056  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1993  alanyl-tRNA synthetase  33.75 
 
 
896 aa  105  5e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1257  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.22 
 
 
242 aa  105  9e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.018938  hitchhiker  0.0000000057233 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0919  alanyl-tRNA synthetase  34.02 
 
 
892 aa  103  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.213328 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3806  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.91 
 
 
246 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1034  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  31.51 
 
 
238 aa  100  3e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000000152795 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1661  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  33.47 
 
 
238 aa  99.4  5e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0175002 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3568  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.74 
 
 
408 aa  99.4  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.437121  normal  0.758255 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1534  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  33.06 
 
 
238 aa  98.6  7e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.11001  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1794  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  35.32 
 
 
244 aa  99  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.922708  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0478  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.57 
 
 
238 aa  96.7  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2181  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  29.18 
 
 
235 aa  94.7  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.290102  hitchhiker  0.0000501949 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1313  alanyl-tRNA synthetase  29.39 
 
 
900 aa  93.6  3e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1468  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.92 
 
 
238 aa  92.8  4e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0900  alanyl-tRNA synthetase  31.12 
 
 
892 aa  92.4  6e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1345  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  32.38 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1193  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  32.34 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1898  alanyl-tRNA synthetase  32.33 
 
 
899 aa  88.6  9e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0295948  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0618  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  30.74 
 
 
265 aa  85.9  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.920461  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3310  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.68 
 
 
411 aa  85.9  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.463207  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0730  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.22 
 
 
398 aa  85.1  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00140336 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2272  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.55 
 
 
414 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3732  alanyl-tRNA synthetase family protein  30.17 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.499023  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2318  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  30.22 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1118  alanyl-tRNA synthetase  27.91 
 
 
857 aa  83.2  0.000000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1638  alanyl-tRNA synthetase  29.31 
 
 
904 aa  82.8  0.000000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4632  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  28.15 
 
 
387 aa  82.4  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1585  alanyl-tRNA synthetase family protein  30.54 
 
 
400 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0223949 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3635  alanyl-tRNA synthetase family protein  28.88 
 
 
400 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.9277 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3415  alanyl-tRNA synthetase family protein  28.88 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3376  alanine--tRNA ligase (alanyl-tRNA synthetase)  28.88 
 
 
411 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3326  alanine--tRNA ligase (alanyl-tRNA synthetase)  28.88 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3684  alanyl-tRNA synthetase family protein  28.88 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6121  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.65 
 
 
237 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2555  alanyl-tRNA synthetase  29.75 
 
 
878 aa  80.1  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0719  alanyl-tRNA synthetase  31.73 
 
 
926 aa  80.1  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.507157  normal  0.398718 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2333  phage tail protein I  29.22 
 
 
404 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3643  alanyl-tRNA synthetase family protein  28.45 
 
 
400 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4831  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.63 
 
 
255 aa  79.7  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107612  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0033  alanyl-tRNA synthetase  31.08 
 
 
925 aa  77.8  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1447  alanyl-tRNA synthetase  30.17 
 
 
882 aa  77.8  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3652  alanyl-tRNA synthetase family protein  28.02 
 
 
400 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5505  alanyl-tRNA synthetase  29.24 
 
 
886 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195836  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0417  alanyl-tRNA synthetase-related protein  28.77 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.299337  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0961  alanyl-tRNA synthetase-related protein  28.77 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0225  alanyl-tRNA synthetase-related protein  28.77 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0319301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>