More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0731 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0731  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  100 
 
 
249 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0367  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  70.52 
 
 
252 aa  363  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3853  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  71.15 
 
 
250 aa  353  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3126  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  71.15 
 
 
250 aa  352  2.9999999999999997e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4455  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  71.49 
 
 
255 aa  352  4e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0634638 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2316  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  56.68 
 
 
243 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5605  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  56.68 
 
 
243 aa  275  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675577  normal  0.974408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1000  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  56.68 
 
 
243 aa  275  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.332977  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2194  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  56.28 
 
 
243 aa  275  6e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2035  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  57.49 
 
 
243 aa  275  7e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1255  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  58.7 
 
 
243 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1263  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  58.3 
 
 
243 aa  270  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.857416  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0379  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  58.7 
 
 
243 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1096  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  58.7 
 
 
243 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0770  threonyl/alanyl tRNA synthetase domain-containing protein  58.7 
 
 
243 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1402  alanyl-tRNA synthetase  58.7 
 
 
243 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2301  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  54.66 
 
 
243 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2278  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  54.66 
 
 
243 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1666  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  54.25 
 
 
243 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2509  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  51.61 
 
 
238 aa  230  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0918  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  51.64 
 
 
239 aa  224  9e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523038  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2345  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  49.8 
 
 
237 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4224  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  51.21 
 
 
236 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119037  normal  0.17727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0849  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  50.41 
 
 
239 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.201539  normal  0.867542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1364  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  45.12 
 
 
249 aa  208  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277683  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0988  hypothetical protein  48.98 
 
 
245 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0169723  normal  0.0507155 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2149  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  48.61 
 
 
239 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287127  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0823  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  48.61 
 
 
239 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0624764  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1054  hypothetical protein  42.8 
 
 
247 aa  199  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0821  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  49 
 
 
239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1019  hypothetical protein  42.4 
 
 
247 aa  198  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.580747  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2313  aminoacyl-tRNA synthetase  48.58 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.938515  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1616  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  43.93 
 
 
245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128558  normal  0.455534 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1878  alanyl-tRNA synthetase  44.17 
 
 
245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1437  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  42.68 
 
 
245 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.422716 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2141  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  43.62 
 
 
247 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316281  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1995  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  43.36 
 
 
246 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal  0.529847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2025  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  41.15 
 
 
240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1606  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  36.36 
 
 
232 aa  142  6e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.877653  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1597  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  33.33 
 
 
236 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1720  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  33.33 
 
 
236 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.996643  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1549  alanine--tRNA ligase  32.93 
 
 
236 aa  135  9e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0332631  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1848  alanyl-tRNA synthetase domain protein  32.53 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2181  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  34.25 
 
 
235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.290102  hitchhiker  0.0000501949 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1560  alanine--tRNA ligase  33.33 
 
 
236 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2571  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  36.61 
 
 
236 aa  132  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.613801  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1770  alanyl-tRNA synthetase domain protein  32.93 
 
 
236 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1739  alanyl-tRNA synthetase domain protein  32 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3604  alanyl-tRNA synthetase domain protein  32 
 
 
236 aa  129  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1428  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  31.17 
 
 
236 aa  128  7.000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1793  alanyl-tRNA synthetase domain-containing protein  32.53 
 
 
236 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1257  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32 
 
 
242 aa  124  2e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.018938  hitchhiker  0.0000000057233 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2092  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  30.83 
 
 
243 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1041  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  31.08 
 
 
234 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000448232  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1136  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  30.04 
 
 
233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000475056  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1034  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  31.6 
 
 
238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000000152795 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1534  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  32.81 
 
 
238 aa  110  3e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.11001  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1313  alanyl-tRNA synthetase  30 
 
 
900 aa  109  5e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1661  Ala-tRNA(Pro) hydrolase  32.94 
 
 
238 aa  108  1e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0175002 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1030  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  32.14 
 
 
240 aa  107  2e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.08615  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1468  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.26 
 
 
238 aa  107  2e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1638  alanyl-tRNA synthetase  33.74 
 
 
904 aa  105  8e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1993  alanyl-tRNA synthetase  32.68 
 
 
896 aa  104  1e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2228  alanyl-tRNA synthetase  30.92 
 
 
892 aa  104  1e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1447  alanyl-tRNA synthetase  31.35 
 
 
882 aa  103  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0971  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.72 
 
 
293 aa  103  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0900  alanyl-tRNA synthetase  34.12 
 
 
892 aa  102  4e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0919  alanyl-tRNA synthetase  32.16 
 
 
892 aa  102  5e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.213328 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1345  Alanyl-tRNA synthetase, class IIc-like protein  33.2 
 
 
249 aa  100  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1193  threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD  29.88 
 
 
252 aa  100  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1794  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  35.54 
 
 
244 aa  99.4  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.922708  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3806  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  35.54 
 
 
246 aa  98.6  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0478  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  26.59 
 
 
238 aa  95.9  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4831  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  33.07 
 
 
255 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107612  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0730  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  32.06 
 
 
398 aa  94.4  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00140336 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1898  alanyl-tRNA synthetase  29.53 
 
 
899 aa  91.7  9e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0295948  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4632  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.17 
 
 
387 aa  84.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0965  alanyl-tRNA synthetase  30.21 
 
 
876 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0951  alanyl-tRNA synthetase  34.58 
 
 
854 aa  84.3  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.197115  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1267  alanyl-tRNA synthetase  30.87 
 
 
914 aa  84  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.837647  normal  0.239203 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2318  metal-dependent hydrolases related to alanyl-tRNA synthetase  33.33 
 
 
237 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0221  alanyl-tRNA synthetase  32.27 
 
 
907 aa  82  0.000000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0621  alanyl-tRNA synthetase  27.05 
 
 
910 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0039  alanyl-tRNA synthetase  28.7 
 
 
916 aa  81.6  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0568  alanyl-tRNA synthetase  30.8 
 
 
874 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.678086 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3635  alanyl-tRNA synthetase family protein  25.77 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.9277 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0534  alanyl-tRNA synthetase  28.24 
 
 
842 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0493  alanyl-tRNA synthetase  30.67 
 
 
872 aa  81.3  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0657  alanyl-tRNA synthetase  29.37 
 
 
913 aa  80.5  0.00000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.459969  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1440  alanyl-tRNA synthetase  32.47 
 
 
874 aa  80.1  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000329754  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0618  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  29.92 
 
 
265 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.920461  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1384  alanyl-tRNA synthetase  27.87 
 
 
892 aa  80.1  0.00000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3310  threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  26.34 
 
 
411 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.463207  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1331  alanyl-tRNA synthetase  28.4 
 
 
883 aa  80.1  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.255644  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6121  Threonyl/alanyl tRNA synthetase SAD  31.44 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3415  alanyl-tRNA synthetase family protein  25.38 
 
 
411 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3684  alanyl-tRNA synthetase family protein  25.38 
 
 
411 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0457  alanyl-tRNA synthetase  30.9 
 
 
881 aa  79.3  0.00000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3376  alanine--tRNA ligase (alanyl-tRNA synthetase)  25.38 
 
 
411 aa  78.6  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0146  alanyl-tRNA synthetase  30.7 
 
 
876 aa  78.6  0.00000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0010822  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>