More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2915 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2915  protein of unknown function DUF116  100 
 
 		 634 aa  1311    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0413  Polyprenyl synthetase  28.62 
 
 		 337 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1446  isoprenyl synthetase  27.18 
 
 		 331 aa  113  9e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01980  putative isoprenoid biosynthesis related protein  29.8 
 
 		 324 aa  113  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.586835  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1844  Polyprenyl synthetase  30.83 
 
 		 321 aa  113  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1765  geranyltranstransferase  27.95 
 
 		 330 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.281488 
 
 
-
 
NC_002950  PG0784  polyprenyl synthetase  29.32 
 
 		 325 aa  111  5e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2312  polyprenyl synthetase  32.67 
 
 		 386 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2359  polyprenyl synthetase  32.67 
 
 		 386 aa  110  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.852076  normal  0.554984 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0384  polyprenyl synthetase  26.19 
 
 		 332 aa  110  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.671664  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0312  polyprenyl synthetase  28.2 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.440979 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2351  polyprenyl synthetase  32.27 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.777136 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0315  Polyprenyl synthetase  26.57 
 
 		 332 aa  108  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1628  Polyprenyl synthetase  33.5 
 
 		 322 aa  107  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.310703 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1263  polyprenyl synthetase  30.77 
 
 		 324 aa  106  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1186  polyprenyl synthetase  30.3 
 
 		 320 aa  104  5e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2135  geranyltranstransferase  29.58 
 
 		 327 aa  104  6e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0551821  decreased coverage  0.00000978796 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3558  Polyprenyl synthetase  30.33 
 
 		 324 aa  103  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19620  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  29.21 
 
 		 364 aa  102  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0263779 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0345  Polyprenyl synthetase  27.16 
 
 		 347 aa  101  4e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2048  Polyprenyl synthetase  33.17 
 
 		 348 aa  101  5e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.225827  normal  0.179552 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03940  geranylgeranyl pyrophosphate synthase  30.28 
 
 		 354 aa  100  8e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.530934 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3672  Polyprenyl synthetase  27.11 
 
 		 323 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00904172  normal  0.171557 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0416  Polyprenyl synthetase  26.13 
 
 		 332 aa  99  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0642376 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0383  Polyprenyl synthetase  25.17 
 
 		 337 aa  99.4  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.955565  normal  0.0650374 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2399  farnesyltranstransferase  26.56 
 
 		 322 aa  98.6  3e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0453989  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0577  Polyprenyl synthetase  28.3 
 
 		 349 aa  97.4  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.25249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  29.57 
 
 		 307 aa  97.4  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5744  Dimethylallyltranstransferase  26.41 
 
 		 323 aa  97.4  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1417  dimethylallyltranstransferase / geranyltranstransferase  26.21 
 
 		 321 aa  97.1  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000231045  decreased coverage  0.000138058 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0636  polyprenyl synthetase  30.69 
 
 		 341 aa  96.3  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0461  geranyltranstransferase (farnesyl-diphosphate synthase)  26.07 
 
 		 325 aa  95.1  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.215839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  26.06 
 
 		 326 aa  94.7  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  32.84 
 
 		 294 aa  94.7  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2209  farnesyltranstransferase  31.62 
 
 		 325 aa  94.4  6e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  30.82 
 
 		 323 aa  93.6  9e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1082  geranyltranstransferase  32.14 
 
 		 293 aa  93.6  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3230  polyprenyl synthetase  28.23 
 
 		 327 aa  93.6  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00305524  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0241  Polyprenyl synthetase  32.43 
 
 		 280 aa  93.6  1e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.362047 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  27.36 
 
 		 337 aa  93.6  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1060  polyprenyl synthetase  29.34 
 
 		 317 aa  93.2  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  33.18 
 
 		 322 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1042  Dimethylallyltranstransferase  28.11 
 
 		 332 aa  92.4  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1025  polyprenyl synthetase  33.19 
 
 		 295 aa  92.8  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4379  Polyprenyl synthetase  30.04 
 
 		 557 aa  92.4  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  31.76 
 
 		 295 aa  92.8  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  30.26 
 
 		 322 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  30.26 
 
 		 322 aa  92  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0972  Polyprenyl synthetase  29.74 
 
 		 320 aa  91.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23311  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  30.26 
 
 		 322 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  32.16 
 
 		 295 aa  91.3  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  30.62 
 
 		 299 aa  91.3  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  30.95 
 
 		 322 aa  91.3  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  27.45 
 
 		 322 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1365  Polyprenyl synthetase  27.13 
 
 		 322 aa  89.7  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0287  polyprenyl synthetase  30.14 
 
 		 283 aa  89.7  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000205229 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  28.19 
 
 		 322 aa  89.7  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  27.12 
 
 		 322 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  30.68 
 
 		 322 aa  89  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0904  polyprenyl synthetase  28.16 
 
 		 317 aa  89.7  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.28863  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  34.31 
 
 		 300 aa  89  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1206  polyprenyl synthetase  26.63 
 
 		 334 aa  89.4  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.513986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1042  polyprenyl synthetase  26.42 
 
 		 317 aa  89  3e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.623686 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0672  polyprenyl synthetase  28.97 
 
 		 322 aa  88.6  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.188154  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1635  dimethylallyltranstransferase  27.76 
 
 		 317 aa  88.6  3e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.750047  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0158  polyprenyl synthetase  29.86 
 
 		 320 aa  88.6  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2886  farnesyltranstransferase  31.46 
 
 		 320 aa  88.6  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.435226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1538  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 294 aa  88.2  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000356422  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  29.62 
 
 		 299 aa  87.8  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0126  hypothetical protein  31.76 
 
 		 177 aa  87.8  6e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  27.59 
 
 		 327 aa  87.4  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0787  polyprenyl synthetase  31.92 
 
 		 272 aa  87.4  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.491944  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  31.66 
 
 		 301 aa  87  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  29.41 
 
 		 336 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2512  polyprenyl synthetase  31.22 
 
 		 335 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  29.03 
 
 		 323 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  31.03 
 
 		 327 aa  86.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  32.24 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1400  Polyprenyl synthetase  33.8 
 
 		 286 aa  85.9  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 322 aa  85.9  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2439  hypothetical protein  31.76 
 
 		 208 aa  85.9  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  30.8 
 
 		 336 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  25.41 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  28.51 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  28.38 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1580  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.211276  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  28.51 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0181  polyprenyl synthetase  27.33 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.375352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  31.68 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1275  Polyprenyl synthetase  29.15 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.360405  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  28.38 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  28.51 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  28.51 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1613  polyprenyl synthetase  33.33 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000880061  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  28.51 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  29 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  28.83 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  35.1 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  27.46 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  33.64 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>