More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3340 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3340  response regulator receiver  100 
 
 		 131 aa  265  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.269643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  34.45 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0743  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 278 aa  80.5  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0758  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540632 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0856  response regulator receiver domain-containing protein  32.76 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0758877  normal  0.0586548 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  31.09 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3907  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3985  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  34.85 
 
 		 236 aa  77  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3844  response regulator receiver domain-containing protein  35.09 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0174  response regulator receiver  32.48 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.58 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2657  response regulator receiver  34.51 
 
 		 121 aa  76.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.970877  normal  0.494085 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2231  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.88 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1434  DNA-binding response regulator PhoB  30.83 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  29.23 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3077  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.74045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3956  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.314568 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4229  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 		 383 aa  75.5  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.599633  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3308  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.678314  normal  0.215079 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  31.58 
 
 		 229 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 236 aa  74.3  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  31.09 
 
 		 229 aa  74.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  33.88 
 
 		 231 aa  74.3  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  32.09 
 
 		 246 aa  74.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5041  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0473  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.950452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.4 
 
 		 237 aa  73.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 234 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3877  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 130 aa  73.6  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  32.48 
 
 		 186 aa  73.6  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0986  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 433 aa  72.8  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0645349  normal  0.624976 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5207  winged helix family two component transcriptional regulator  28.91 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2694  putative PAS/PAC sensor protein  32.77 
 
 		 969 aa  73.2  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0176534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1498  two component transcriptional regulator  29.69 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.220919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4410  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  72  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.686937 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3177  adenylate/guanylate cyclase with GAF and PAS/PAC sensors  32.77 
 
 		 971 aa  72  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  29.6 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  33.05 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2880  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.344114  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.87 
 
 		 230 aa  72  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 		 503 aa  72  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.23 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.33 
 
 		 230 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.2 
 
 		 234 aa  71.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 390 aa  71.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3604  putative PAS/PAC sensor protein  33.93 
 
 		 619 aa  71.6  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.562878 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 230 aa  70.9  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4937  two component transcriptional regulator  29.69 
 
 		 257 aa  70.9  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.565868 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4991  response regulator receiver protein  31.93 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4865  response regulator receiver protein  31.93 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321258  normal  0.0275279 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0821  two component transcriptional regulator  27.73 
 
 		 232 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1097  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00801176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2339  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0095  two component transcriptional regulator  27.64 
 
 		 249 aa  70.5  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  70.5  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 230 aa  70.1  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6875  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0751  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0793  response regulator receiver  30.51 
 
 		 120 aa  69.7  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2544  DNA binding domain protein, excisionase family  29.57 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0361834  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 132 aa  69.7  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1549  response regulator receiver protein  28.68 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0273908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  29.66 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  31.2 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0001  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 118 aa  70.1  0.00000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000051182 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.6 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  29.51 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.12 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  31.71 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0722  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  29.75 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0693  response regulator receiver protein  32.84 
 
 		 639 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000123693 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  34.43 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 		 579 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3508  response regulator receiver  29.06 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5185  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  30.25 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.809056 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1556  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 1021 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2294  two component transcriptional regulator  31.36 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  28.91 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  30.89 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4718  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  30.25 
 
 		 239 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.220817 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3143  response regulator receiver protein  33.93 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0681  response regulator receiver protein  32.09 
 
 		 639 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.657626  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3742  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.83 
 
 		 263 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.2 
 
 		 233 aa  68.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3747  response regulator receiver protein  30.58 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.35 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>