More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0681 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0693  response regulator receiver protein  94.84 
 
 
639 aa  1199    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000123693 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0681  response regulator receiver protein  100 
 
 
639 aa  1286    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.657626  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3619  response regulator receiver protein  53.41 
 
 
647 aa  650    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.201054  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
890 aa  78.6  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  39.67 
 
 
229 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  31.93 
 
 
230 aa  77  0.0000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1267 aa  76.6  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2960  response regulator receiver  34.26 
 
 
190 aa  75.5  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0852903  normal  0.915615 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  33.61 
 
 
123 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0904  two component Fis family transcriptional regulator  39.52 
 
 
454 aa  74.7  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629928  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.89 
 
 
900 aa  73.9  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4016  CheA signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
989 aa  73.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4054  CheA signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
989 aa  73.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264346  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0435  response regulator receiver protein  32.23 
 
 
383 aa  73.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  30 
 
 
231 aa  73.6  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  34.68 
 
 
1287 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  31.03 
 
 
239 aa  72.8  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1847  CheA signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 
934 aa  72.8  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.379526 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  32 
 
 
239 aa  72  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  32 
 
 
239 aa  72  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  32 
 
 
239 aa  72  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  32 
 
 
239 aa  72  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1815  response regulator receiver domain-containing protein  37.14 
 
 
411 aa  71.2  0.00000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.800608  normal  0.49797 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1090  two component transcriptional regulator  32.53 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0839689 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2995  response regulator receiver domain-containing protein  38.58 
 
 
135 aa  70.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.69 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0986  response regulator receiver protein  37.74 
 
 
131 aa  70.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.491936 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0204  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 
242 aa  70.5  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00392261  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2360  response regulator receiver protein  32.65 
 
 
523 aa  69.7  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0856  response regulator receiver domain-containing protein  34.21 
 
 
120 aa  70.1  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0758877  normal  0.0586548 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  30.81 
 
 
239 aa  70.5  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.2 
 
 
640 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.7  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  30.58 
 
 
123 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29000  sigma54-dependent response regulator, two-component  43.12 
 
 
472 aa  69.3  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.99042  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  34.43 
 
 
272 aa  69.3  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2789  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 
122 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2257  response regulator receiver protein  33.61 
 
 
120 aa  69.3  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  37.7 
 
 
233 aa  69.7  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  37.7 
 
 
235 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  31.43 
 
 
239 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0476  response regulator receiver protein  35.65 
 
 
133 aa  68.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  32.23 
 
 
236 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0071  response regulator receiver domain-containing protein  34.15 
 
 
139 aa  68.6  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 
234 aa  68.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.86 
 
 
231 aa  68.6  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  31.25 
 
 
239 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3147  response regulator receiver protein  32.5 
 
 
121 aa  68.6  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  32.5 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3340  response regulator receiver  32.09 
 
 
131 aa  68.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.269643 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  31.25 
 
 
239 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0758  response regulator receiver protein  31.4 
 
 
132 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540632 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.43 
 
 
458 aa  67.8  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.86 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.18 
 
 
483 aa  67.8  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5030  sensor histidine kinase/response regulator  31.86 
 
 
1987 aa  67.8  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.87 
 
 
459 aa  67.8  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0286  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 
424 aa  67.8  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.136894  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  32.79 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  31.9 
 
 
344 aa  67.4  0.0000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2092  response regulator receiver protein  31.67 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.17 
 
 
819 aa  67.4  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4988  CheA signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
1646 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  31.22 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.81 
 
 
449 aa  67.4  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  27.54 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  36.21 
 
 
478 aa  67.4  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  30.41 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0743  response regulator receiver protein  30.83 
 
 
132 aa  67.4  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4862  CheA signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
1646 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00418474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4838  CheA signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 
935 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.552774  hitchhiker  0.00614515 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  38.18 
 
 
391 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5038  CheA signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
1647 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  30.43 
 
 
230 aa  67  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.06 
 
 
944 aa  66.6  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0902383 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.17 
 
 
391 aa  67  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  31.79 
 
 
236 aa  66.6  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.89 
 
 
231 aa  67  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.91 
 
 
227 aa  66.6  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.34 
 
 
459 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  29.27 
 
 
226 aa  65.9  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 
935 aa  65.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.851477 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  32.79 
 
 
231 aa  66.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  30.36 
 
 
470 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
674 aa  66.2  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>