More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3508 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3508  response regulator receiver  100 
 
 		 119 aa  236  6.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  40.5 
 
 		 235 aa  99.4  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.19 
 
 		 237 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  38.02 
 
 		 234 aa  94  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 233 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2827  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 230 aa  92.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 233 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 234 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  36.36 
 
 		 227 aa  90.5  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1296  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000460678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1074  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 229 aa  90.1  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000246777  normal  0.491091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1558  phosphate regulon response regulator PhoB  36.36 
 
 		 239 aa  89  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  34.71 
 
 		 229 aa  89  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 230 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2981  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000220801  hitchhiker  0.00121997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1403  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00109837  normal  0.0219543 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2749  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 241 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000593879  unclonable  0.00000330773 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1378  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000291119  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1364  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000657343  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 230 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 233 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.54 
 
 		 227 aa  88.6  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2709  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000407229  decreased coverage  0.000000263688 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2777  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  decreased coverage  0.000208697 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2879  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 229 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000143261  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  32.17 
 
 		 231 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 230 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 233 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5993  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 234 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0299234  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2768  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  36.36 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0176064  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3303  two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 229 aa  88.2  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000702519  hitchhiker  0.00000106408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.54 
 
 		 227 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  31.4 
 
 		 236 aa  87.8  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  35.83 
 
 		 228 aa  87.4  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2457  response regulator homolog PhoB (phosphate regulon transcriptional regulatory protein)  36.36 
 
 		 230 aa  87.4  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1053  two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 229 aa  87.4  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  34.71 
 
 		 229 aa  87.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  34.71 
 
 		 229 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  87.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  34.71 
 
 		 229 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  33.88 
 
 		 229 aa  87.4  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  34.71 
 
 		 229 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  33.88 
 
 		 229 aa  87.4  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  33.88 
 
 		 229 aa  87.4  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.88 
 
 		 229 aa  87.4  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  34.71 
 
 		 229 aa  87.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004385  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  33.88 
 
 		 229 aa  87.4  7e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  33.88 
 
 		 230 aa  87.4  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  35.54 
 
 		 229 aa  87  8e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3116  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 229 aa  87  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.202822  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  35.83 
 
 		 228 aa  87  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2969  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 229 aa  87  9e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000855765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2915  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.88 
 
 		 229 aa  86.3  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 252 aa  86.3  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.88 
 
 		 229 aa  86.7  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 227 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0793  response regulator receiver  37.72 
 
 		 120 aa  86.3  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2689  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  35.54 
 
 		 229 aa  86.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000627834  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.88 
 
 		 229 aa  86.7  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5762  two component transcriptional regulator  36.75 
 
 		 234 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.120401  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.06 
 
 		 229 aa  85.9  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.88 
 
 		 228 aa  85.9  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 238 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1105  two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 229 aa  84.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.489008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  33.06 
 
 		 229 aa  84.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  30 
 
 		 125 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0520  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 234 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.224382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7423  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  33.06 
 
 		 234 aa  84  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2657  response regulator receiver  38.66 
 
 		 121 aa  84  6e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.970877  normal  0.494085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3452  two component transcriptional regulator  33.88 
 
 		 229 aa  84  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00686704  hitchhiker  0.000158375 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2226  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 129 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.561592  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0573  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 129 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.087024  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.88 
 
 		 225 aa  83.6  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0447  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 229 aa  83.6  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000245325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03440  putative DNA-binding response regulator PhoB  33.88 
 
 		 229 aa  83.6  8e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0653  two-component response regulator PhoB  37.19 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.131558  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 934 aa  82.8  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  34.75 
 
 		 123 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1434  DNA-binding response regulator PhoB  33.05 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1821  response regulator receiver  35.04 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1147  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 149 aa  82.4  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.339513  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2156  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.04 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00956512  normal  0.0958311 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 232 aa  81.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>