More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3567 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3567  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
371 aa  736    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263318  normal  0.672659 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.4 
 
 
647 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.46 
 
 
762 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2532  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 
375 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2628  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
375 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.7332  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0148  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
1048 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.872071 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1327  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
375 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2474  histidine kinase  32.62 
 
 
559 aa  145  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369133 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  30.71 
 
 
558 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.15 
 
 
660 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  36.51 
 
 
673 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.21 
 
 
714 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.63 
 
 
642 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.98 
 
 
558 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2440  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
375 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.467167  normal  0.627522 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
642 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.62 
 
 
701 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.6 
 
 
1057 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
826 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.99 
 
 
588 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  37.8 
 
 
678 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 
1631 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.63 
 
 
946 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3111  sensory box histidine kinase  36.64 
 
 
423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.019274  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  36.13 
 
 
783 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
742 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
783 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  38.22 
 
 
701 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
1165 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.86 
 
 
1050 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.06 
 
 
916 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2172  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 
658 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.88 
 
 
661 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.49 
 
 
703 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 
766 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
946 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.62 
 
 
1036 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.06 
 
 
858 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.74 
 
 
727 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 
689 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.56 
 
 
785 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 
830 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 
585 aa  126  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
812 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.73 
 
 
1224 aa  126  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 
819 aa  126  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.51 
 
 
1036 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 
622 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.92 
 
 
762 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 
957 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 
795 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
688 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  37.33 
 
 
556 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
625 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
999 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
926 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
721 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 
837 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.01 
 
 
890 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 
632 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.55 
 
 
913 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  35.68 
 
 
695 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
720 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4151  sensor histidine kinase/response regulator hybrid  34.43 
 
 
571 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.579562  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1086 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  34.19 
 
 
587 aa  124  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
587 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.77 
 
 
695 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 
1092 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.95 
 
 
691 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  38.19 
 
 
1086 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
727 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.66 
 
 
1651 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.91 
 
 
626 aa  123  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.928233  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.22 
 
 
727 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
845 aa  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  34.98 
 
 
646 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
827 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  34.55 
 
 
847 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1202  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
1126 aa  122  8e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.766255  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.1 
 
 
979 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
889 aa  122  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  34.08 
 
 
638 aa  122  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 
492 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 
727 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4260  sensor histidine kinase/response regulator  32.76 
 
 
669 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  34.69 
 
 
827 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.02 
 
 
1095 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.98 
 
 
849 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
789 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
789 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
651 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 
656 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
1215 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  34.55 
 
 
956 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2978  PAS  35.74 
 
 
424 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.317341  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
703 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.16 
 
 
772 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 
807 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>