More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3055 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3055  ABC transporter related  100 
 
 		 270 aa  540  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0144  ABC transporter related  40.87 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7437  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  42.15 
 
 		 239 aa  185  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5992  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  41.15 
 
 		 248 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.156334 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1499  ABC transporter related  43.57 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.229827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3648  ABC transporter related  43.03 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.160755  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6134  ABC transporter related  40.98 
 
 		 239 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.204704  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0114  ABC transporter related  40 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1930  ABC transporter related  42.69 
 
 		 247 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.211937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1098  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  42.86 
 
 		 241 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.559592  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0800  ABC transporter related  41.04 
 
 		 253 aa  179  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1607  ABC transporter related  36.63 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.714039  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1540  ABC transporter related  39.59 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.8751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1709  ABC transporter related  39.51 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.995593  normal  0.0343274 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1196  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.27 
 
 		 244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1583  ABC transporter related  40 
 
 		 240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1673  ABC transporter related  36.26 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3397  ABC transporter related  39.84 
 
 		 249 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0271922 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4794  ABC transporter related  38.58 
 
 		 259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.130359  normal  0.133792 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2553  ABC transporter related  39.53 
 
 		 255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3617  ABC transporter related  40.91 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.509048  normal  0.533217 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0007  ABC transporter related  39.75 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.726275  hitchhiker  0.000259784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0111  ABC transporter related  41.13 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.683249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0898  ABC transporter related  41.49 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1850  ABC transporter related  40.5 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.716563 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2299  ABC transporter related  39.34 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.421349 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0642  ABC transporter related  38.76 
 
 		 278 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1101  ABC transporter related  40.65 
 
 		 255 aa  169  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00497633  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2129  ABC transporter related  42.62 
 
 		 244 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214797  normal  0.206631 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1137  ABC transporter related  39.09 
 
 		 239 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.195731 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  38.49 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  38.89 
 
 		 264 aa  168  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1394  ABC transporter related protein  44.72 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4889  ABC transporter related  37.34 
 
 		 250 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.782331 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2887  ABC transporter ATP-binding protein  38.33 
 
 		 239 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.444851  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  41.27 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1662  ABC transporter related  40.33 
 
 		 243 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1951  ABC transporter related  39.42 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4072  ABC transporter related  37.7 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  38.49 
 
 		 265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1599  ABC transporter related  38.02 
 
 		 239 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86219  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2143  ABC transporter related  37.96 
 
 		 257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0850  ATPase  38.52 
 
 		 242 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2333  ABC transporter related protein  40.16 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.552467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3205  ABC transporter related  37.9 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3978  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter ATPase  40.32 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.1221  decreased coverage  0.00203887 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2753  ABC transporter related  38.96 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0613  ABC transporter related  38.49 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0365  ABC transporter related  38.65 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000174953  unclonable  0.0000000581692 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2186  ABC transporter related protein  37.2 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4800  ABC transporter related  36.93 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.773333  normal  0.195705 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3392  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.49 
 
 		 256 aa  163  3e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3658  ABC transporter related  39.68 
 
 		 254 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7076  high-affinity branched-chain amino acid transport protein  39.2 
 
 		 265 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0694  inner-membrane translocator, ABC transporter related  39.84 
 
 		 583 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5538  ABC transporter related  41.91 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0994391  hitchhiker  0.0000070517 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  39.84 
 
 		 625 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2127  ABC transporter related  36.55 
 
 		 250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0795  ABC transporter related  40.5 
 
 		 253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.213138  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0475  ABC transporter related  39.29 
 
 		 256 aa  162  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2041  ABC transporter related  37.2 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000871582 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1820  ABC transporter-related protein  35.34 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5860  ABC transporter related  39.83 
 
 		 272 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0731407 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3488  ABC transporter related protein  37.19 
 
 		 244 aa  160  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1048  ABC transporter related  38.4 
 
 		 549 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0845  ABC transporter related  41.8 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.791281 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1452  ABC transporter related  37.6 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.826615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4552  ABC transporter related  38.91 
 
 		 260 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  36.51 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0935  ABC transporter related  37.45 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000526687  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2168  ABC transporter related  38.4 
 
 		 274 aa  160  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1827  ABC transporter related  36.93 
 
 		 242 aa  160  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.017401  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1128  ABC transporter related  37.11 
 
 		 256 aa  159  4e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.79034  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0677  ABC transporter related  37.98 
 
 		 260 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2502  ABC transporter related protein  36.25 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4421  ABC transporter related  37.45 
 
 		 259 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1864  ABC transporter related  36.51 
 
 		 251 aa  159  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  35.71 
 
 		 254 aa  159  6e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0837  ABC transporter related  37.1 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  36.11 
 
 		 257 aa  158  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3102  ABC transporter related protein  37.3 
 
 		 256 aa  158  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3911  ABC transporter related  40.17 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.651155  normal  0.068215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0890  ABC transporter related  39.3 
 
 		 262 aa  158  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3115  urea ABC transporter, ATP-binding protein UrtD  36.78 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.848406  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  36.19 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2202  ABC transporter related  37.86 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2028  ABC transporter related  39.52 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.480224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0311  ABC transporter related  33.74 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.382743  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2251  ABC transporter related  38.1 
 
 		 255 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1579  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  35.74 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3868  ABC transporter related  40.57 
 
 		 237 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.25715 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1723  ABC transporter related  36.36 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0478  ABC transporter related protein  36.51 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000496209  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0330  ABC transporter related  38.11 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.581333  normal  0.813664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  38.46 
 
 		 594 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0511  ABC transporter related  35.8 
 
 		 238 aa  157  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0526817  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2268  ABC transporter related  38.13 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.434627  decreased coverage  0.00162775 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1426  ABC transporter related protein  39.43 
 
 		 253 aa  157  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.259365  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1674  ABC transporter related  35.89 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0262  ABC transporter related  38.49 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>