More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2943 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2943  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
482 aa  934    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.587642  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.77 
 
 
480 aa  323  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  40.18 
 
 
483 aa  320  3.9999999999999996e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.52 
 
 
477 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6515  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.18 
 
 
477 aa  307  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0241936 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4373  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.31 
 
 
483 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  37.5 
 
 
504 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  38.2 
 
 
503 aa  236  8e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.07 
 
 
493 aa  228  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.84 
 
 
509 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.6 
 
 
501 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3449  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.98 
 
 
458 aa  214  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.135677  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.48 
 
 
518 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.88 
 
 
471 aa  201  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.97 
 
 
479 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.01 
 
 
489 aa  192  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.75 
 
 
479 aa  190  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.11 
 
 
483 aa  189  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
497 aa  189  8e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.28 
 
 
479 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  30.87 
 
 
569 aa  188  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  33.48 
 
 
499 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
486 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.7 
 
 
483 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.46 
 
 
484 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.47 
 
 
514 aa  186  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  35.83 
 
 
522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
525 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4508  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.62 
 
 
505 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0567962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.41 
 
 
482 aa  185  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.96 
 
 
483 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.29 
 
 
500 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.81 
 
 
484 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.07 
 
 
492 aa  180  4.999999999999999e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.11 
 
 
494 aa  179  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.07 
 
 
491 aa  179  9e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.47 
 
 
478 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.42 
 
 
475 aa  175  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.2 
 
 
520 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.5 
 
 
502 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1929  multidrug efflux outer membrane protein EefC  30.04 
 
 
457 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583054 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6823  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
480 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248499 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1834  multidrug efflux outer membrane protein EefC  30.2 
 
 
457 aa  173  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000044393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
477 aa  172  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  28 
 
 
512 aa  172  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.11 
 
 
515 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.31 
 
 
547 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  31.48 
 
 
470 aa  170  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
467 aa  169  8e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
560 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  27.85 
 
 
479 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.64 
 
 
532 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.48 
 
 
520 aa  168  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  27.63 
 
 
489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.57 
 
 
504 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1951  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.71 
 
 
480 aa  167  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.11 
 
 
591 aa  167  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.71 
 
 
525 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.54 
 
 
482 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.71 
 
 
525 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.18 
 
 
473 aa  166  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.46 
 
 
482 aa  166  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.87 
 
 
486 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.61 
 
 
561 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31 
 
 
484 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.2 
 
 
517 aa  166  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31 
 
 
484 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.91 
 
 
511 aa  166  9e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31 
 
 
484 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.23 
 
 
489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
496 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
496 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0311  outer membrane CHANEL lipoprotein  34.12 
 
 
476 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.564157  normal  0.11877 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
561 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.52 
 
 
479 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.95 
 
 
517 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.32 
 
 
483 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  29.83 
 
 
495 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
537 aa  163  6e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.48 
 
 
493 aa  163  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.64 
 
 
513 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.09 
 
 
519 aa  162  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2529  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.89 
 
 
485 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918806  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.16 
 
 
499 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.73 
 
 
471 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.73 
 
 
482 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.42 
 
 
495 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.59 
 
 
475 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
558 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
533 aa  162  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.63 
 
 
495 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.78 
 
 
483 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.01 
 
 
465 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.58 
 
 
496 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.09 
 
 
460 aa  161  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  32.7 
 
 
513 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.41 
 
 
512 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0887  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.87 
 
 
586 aa  161  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000421492  hitchhiker  0.0000263613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  29.94 
 
 
485 aa  161  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.08 
 
 
511 aa  161  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>