More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0311 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0311  outer membrane CHANEL lipoprotein  100 
 
 
476 aa  929    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.564157  normal  0.11877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3894  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.19 
 
 
476 aa  667    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.19 
 
 
476 aa  667    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4358  RND efflux system outer membrane lipoprotein  72.57 
 
 
482 aa  642    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6823  RND efflux system outer membrane lipoprotein  73.04 
 
 
480 aa  660    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248499 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4472  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  74.19 
 
 
476 aa  667    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2529  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.66 
 
 
485 aa  520  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918806  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1951  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.29 
 
 
480 aa  510  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2926  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  61.54 
 
 
472 aa  485  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  51.63 
 
 
499 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.98 
 
 
500 aa  415  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.97 
 
 
470 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.56 
 
 
501 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.36 
 
 
489 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.95 
 
 
505 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  48.61 
 
 
485 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.71 
 
 
484 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.32 
 
 
483 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  48.61 
 
 
485 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.71 
 
 
484 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.71 
 
 
484 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.26 
 
 
484 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.18 
 
 
486 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.93 
 
 
492 aa  376  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  46.41 
 
 
486 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.53 
 
 
486 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.28 
 
 
496 aa  375  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.61 
 
 
516 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.81 
 
 
477 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.3 
 
 
469 aa  377  1e-103  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.94 
 
 
507 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.67 
 
 
525 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.78 
 
 
507 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.65 
 
 
478 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  48.49 
 
 
514 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.49 
 
 
551 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.02 
 
 
510 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  48.49 
 
 
512 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.49 
 
 
543 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.49 
 
 
519 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  48.49 
 
 
514 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  48.49 
 
 
514 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  44.94 
 
 
497 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.28 
 
 
514 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.28 
 
 
512 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.57 
 
 
507 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  48.28 
 
 
512 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1499  outer membrane efflux protein OprB  48.28 
 
 
512 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112473  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.16 
 
 
467 aa  370  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.28 
 
 
514 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.05 
 
 
507 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  48.28 
 
 
512 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.28 
 
 
514 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  48.28 
 
 
553 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.28 
 
 
514 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.75 
 
 
514 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  45.38 
 
 
514 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.73 
 
 
514 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.26 
 
 
472 aa  367  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.04 
 
 
503 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.05 
 
 
515 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.28 
 
 
476 aa  369  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.84 
 
 
508 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.84 
 
 
508 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.07 
 
 
507 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.44 
 
 
507 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.44 
 
 
507 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.61 
 
 
470 aa  360  4e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.62 
 
 
508 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.75 
 
 
475 aa  358  9.999999999999999e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.85 
 
 
472 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.07 
 
 
475 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.07 
 
 
475 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  45.71 
 
 
491 aa  352  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  47.56 
 
 
491 aa  352  8.999999999999999e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  43.13 
 
 
512 aa  350  2e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  48.14 
 
 
487 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6465  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.44 
 
 
475 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0283455 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.6 
 
 
517 aa  348  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.97 
 
 
474 aa  348  1e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.7 
 
 
474 aa  347  3e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  46.48 
 
 
492 aa  346  4e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.75 
 
 
495 aa  344  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.67 
 
 
499 aa  344  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2544  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.83 
 
 
467 aa  344  2e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109213  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.2 
 
 
471 aa  344  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.13 
 
 
501 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  45.94 
 
 
469 aa  343  4e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.52 
 
 
480 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  42.8 
 
 
474 aa  341  1e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.35 
 
 
477 aa  341  2e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.71 
 
 
481 aa  341  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  43.33 
 
 
505 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.8 
 
 
479 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.04 
 
 
482 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0995  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.61 
 
 
619 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.61 
 
 
619 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.824568  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.52 
 
 
499 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2309  outer membrane efflux protein  45.4 
 
 
619 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.650756  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.8 
 
 
471 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>