More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1608 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1608  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 516 aa  1027    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161051  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 510 aa  274  3e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 512 aa  269  1e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  27.53 
 
 		 537 aa  233  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.25 
 
 		 588 aa  157  3e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 540 aa  144  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  26.09 
 
 		 557 aa  139  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.43 
 
 		 542 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2629  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  22.67 
 
 		 517 aa  134  5e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000968343  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 544 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.93 
 
 		 543 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  25.34 
 
 		 510 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 532 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 		 533 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 631 aa  127  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 536 aa  123  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  25.39 
 
 		 540 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.97 
 
 		 542 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 517 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  28.69 
 
 		 629 aa  120  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.97 
 
 		 575 aa  117  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 522 aa  117  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  27.63 
 
 		 626 aa  116  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1345  dipeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.04 
 
 		 552 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.932628 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  23.76 
 
 		 562 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.35 
 
 		 524 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.96 
 
 		 534 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.2 
 
 		 524 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.92 
 
 		 555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.92 
 
 		 575 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 559 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  24.32 
 
 		 559 aa  114  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  23.97 
 
 		 575 aa  113  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.89 
 
 		 531 aa  114  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 540 aa  114  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 538 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.68 
 
 		 520 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.76 
 
 		 527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.4 
 
 		 511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 551 aa  111  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 575 aa  111  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.49 
 
 		 538 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.75 
 
 		 575 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  27.91 
 
 		 544 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.04 
 
 		 534 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 534 aa  110  7.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 544 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 530 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  22.79 
 
 		 575 aa  109  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 		 596 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.13 
 
 		 511 aa  109  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 		 554 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  22.79 
 
 		 575 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  23.71 
 
 		 575 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.08 
 
 		 511 aa  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.72 
 
 		 545 aa  107  7e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  24.06 
 
 		 546 aa  107  7e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 528 aa  107  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 		 534 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 575 aa  105  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.36 
 
 		 511 aa  105  2e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1897  extracellular solute-binding protein family 5  29.88 
 
 		 554 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  24.87 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 539 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0360  extracellular solute-binding protein family 5  25.49 
 
 		 506 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  24.94 
 
 		 529 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0041  hypothetical protein  24.32 
 
 		 529 aa  105  3e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.561625  normal  0.893455 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.57 
 
 		 528 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.95 
 
 		 531 aa  104  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.12 
 
 		 533 aa  104  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  23.71 
 
 		 518 aa  104  5e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.65 
 
 		 532 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 556 aa  103  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  24.68 
 
 		 516 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.37 
 
 		 539 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 535 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.33 
 
 		 520 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  25.7 
 
 		 515 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4375  4-phytase  28.99 
 
 		 525 aa  101  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.115651 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.68 
 
 		 589 aa  100  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 535 aa  100  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  20.24 
 
 		 531 aa  100  9e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0104885  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 512 aa  100  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  25.81 
 
 		 522 aa  100  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  27.13 
 
 		 528 aa  99.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  25.23 
 
 		 503 aa  99.4  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  31.24 
 
 		 510 aa  99  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 534 aa  99  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  22.51 
 
 		 524 aa  97.4  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  23.27 
 
 		 535 aa  97.4  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 537 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  26.46 
 
 		 533 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 556 aa  97.1  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.84 
 
 		 525 aa  96.3  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.4 
 
 		 534 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>