More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0646 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0646  peptide deformylase  100 
 
 		 185 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  47.97 
 
 		 173 aa  126  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  45.27 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  45.27 
 
 		 177 aa  124  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  46 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  42.86 
 
 		 175 aa  121  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2579  peptide deformylase  45.03 
 
 		 169 aa  120  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.231026  hitchhiker  0.00000660539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  44 
 
 		 174 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  43.92 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  43.24 
 
 		 187 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  43.24 
 
 		 187 aa  117  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0149  peptide deformylase  48.63 
 
 		 163 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.213769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  46 
 
 		 174 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  40.82 
 
 		 171 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0873  N-formylmethionyl tRNA deformylase  48.98 
 
 		 163 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  40.82 
 
 		 177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2533  peptide deformylase  47.62 
 
 		 163 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.123304  normal  0.693808 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  42.07 
 
 		 172 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00771  peptide deformylase  37.67 
 
 		 203 aa  108  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0342378  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  40.94 
 
 		 175 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  41.72 
 
 		 175 aa  108  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  40.82 
 
 		 171 aa  108  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0467  formylmethionine deformylase  46.26 
 
 		 161 aa  107  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  42.95 
 
 		 175 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  39.24 
 
 		 176 aa  107  7.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  42.28 
 
 		 175 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  42.18 
 
 		 171 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  42.28 
 
 		 175 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  45.14 
 
 		 178 aa  105  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  41.06 
 
 		 187 aa  105  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  41.5 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  40.41 
 
 		 176 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  40.97 
 
 		 168 aa  104  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  41.5 
 
 		 171 aa  104  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  41.5 
 
 		 171 aa  104  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  41.03 
 
 		 193 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  40.97 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  41.5 
 
 		 167 aa  103  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5601  Peptide deformylase  41.29 
 
 		 182 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.131759  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  42.18 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  39.74 
 
 		 175 aa  101  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  38.46 
 
 		 184 aa  101  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  40.97 
 
 		 168 aa  101  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01321  peptide deformylase  39.19 
 
 		 202 aa  101  7e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  40 
 
 		 184 aa  101  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00801  peptide deformylase  36.3 
 
 		 201 aa  101  8e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.876685  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00791  peptide deformylase  36.3 
 
 		 201 aa  101  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.503942  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0049  peptide deformylase  35.14 
 
 		 186 aa  100  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.451864 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  41.67 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  40.28 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0049  peptide deformylase  40.71 
 
 		 178 aa  100  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.84969  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  39.58 
 
 		 168 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  41.38 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1431  peptide deformylase  38.51 
 
 		 202 aa  99.4  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4010  peptide deformylase  39.42 
 
 		 187 aa  99.4  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.132582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1679  peptide deformylase  40.26 
 
 		 185 aa  99  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  38.85 
 
 		 180 aa  99.4  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00761  peptide deformylase  34.29 
 
 		 201 aa  99  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.264235  normal  0.886891 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3965  peptide deformylase  39.42 
 
 		 187 aa  99.4  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  41.45 
 
 		 177 aa  99  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  38.89 
 
 		 168 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0693  peptide deformylase  34.67 
 
 		 184 aa  98.6  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  36.99 
 
 		 172 aa  99  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2039  peptide deformylase  40.54 
 
 		 184 aa  98.6  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1715  peptide deformylase  40.14 
 
 		 147 aa  98.6  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  40.97 
 
 		 168 aa  97.8  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  38.51 
 
 		 169 aa  97.8  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0416  peptide deformylase  38.62 
 
 		 167 aa  97.8  7e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  38.19 
 
 		 168 aa  97.8  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  38.19 
 
 		 168 aa  97.8  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0070  peptide deformylase  34.93 
 
 		 201 aa  97.8  8e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.805375  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  43.54 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  39.58 
 
 		 168 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1997  peptide deformylase  40.14 
 
 		 147 aa  97.1  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1593  peptide deformylase  40.82 
 
 		 154 aa  97.1  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  38.89 
 
 		 168 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5431  peptide deformylase  38.12 
 
 		 190 aa  96.7  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.898432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1026  peptide deformylase  42 
 
 		 168 aa  96.3  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000768351  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  35.37 
 
 		 181 aa  96.7  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33985  Peptide deformylase, organellar  36.11 
 
 		 240 aa  96.7  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.633615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  42.36 
 
 		 169 aa  96.7  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  43.15 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  38.19 
 
 		 169 aa  95.9  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4052  peptide deformylase  38.32 
 
 		 194 aa  95.5  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000087086 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0488  peptide deformylase  37.58 
 
 		 199 aa  95.5  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  39.22 
 
 		 182 aa  95.1  5e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3885  peptide deformylase  40.79 
 
 		 173 aa  95.1  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0724077  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  43.24 
 
 		 185 aa  94.4  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0900  peptide deformylase  39.71 
 
 		 176 aa  94.4  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000606626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  40.97 
 
 		 188 aa  94.4  9e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2274  peptide deformylase  37.41 
 
 		 201 aa  94.4  9e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.425621 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  38.1 
 
 		 173 aa  93.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0409  peptide deformylase  37.41 
 
 		 201 aa  93.6  1e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  42.86 
 
 		 173 aa  94  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  43.24 
 
 		 185 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1440  peptide deformylase  38.85 
 
 		 153 aa  94  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0874  peptide deformylase  39.1 
 
 		 189 aa  93.6  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0762  peptide deformylase  43.24 
 
 		 185 aa  93.6  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.458132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  43.24 
 
 		 185 aa  94  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2066  peptide deformylase  36.5 
 
 		 187 aa  93.2  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.166948 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>