More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4052 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4052  peptide deformylase  100 
 
 		 194 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000087086 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5431  peptide deformylase  67.02 
 
 		 190 aa  271  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.898432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0693  peptide deformylase  59.79 
 
 		 184 aa  240  9e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06160  peptide deformylase  57.73 
 
 		 196 aa  225  3e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0204  peptide deformylase  57.37 
 
 		 196 aa  220  9.999999999999999e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0049  peptide deformylase  58.64 
 
 		 186 aa  216  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.451864 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2532  peptide deformylase  52.06 
 
 		 196 aa  201  8e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1904  peptide deformylase  50.53 
 
 		 192 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2201  peptide deformylase  48.15 
 
 		 189 aa  168  4e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0874  peptide deformylase  46.77 
 
 		 189 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1326  hypothetical protein  46.15 
 
 		 188 aa  160  1e-38  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.368395 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1473  peptide deformylase  41.4 
 
 		 190 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0049  peptide deformylase  48.59 
 
 		 178 aa  149  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.84969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5119  peptide deformylase  43.85 
 
 		 191 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.267223 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0488  peptide deformylase  39.25 
 
 		 199 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1861  peptide deformylase  39.58 
 
 		 188 aa  145  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  42.11 
 
 		 188 aa  139  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1788  peptide deformylase  39.78 
 
 		 188 aa  138  6e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0898  peptide deformylase  38.95 
 
 		 185 aa  138  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1571  peptide deformylase  39.25 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00704863 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  39.11 
 
 		 174 aa  135  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  38.89 
 
 		 171 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  37.91 
 
 		 177 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1679  peptide deformylase  38.22 
 
 		 185 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  37.91 
 
 		 177 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  44.94 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  38.33 
 
 		 171 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  43.82 
 
 		 175 aa  131  5e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  39.11 
 
 		 180 aa  132  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4287  peptide deformylase  43.09 
 
 		 170 aa  130  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  40.44 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  40.44 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  40.44 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  40.44 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  40.44 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  43.93 
 
 		 168 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  43.35 
 
 		 168 aa  127  8.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  39.89 
 
 		 171 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  39.89 
 
 		 175 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  39.33 
 
 		 177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  40.22 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  40.22 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  40.22 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  36.96 
 
 		 187 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  39.44 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  41.99 
 
 		 167 aa  126  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  38.98 
 
 		 175 aa  125  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  36.07 
 
 		 177 aa  125  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  40.98 
 
 		 178 aa  125  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  37.08 
 
 		 174 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  42.77 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  38.89 
 
 		 182 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  38.2 
 
 		 175 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  125  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  39.89 
 
 		 171 aa  125  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  38.33 
 
 		 170 aa  124  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  41.11 
 
 		 168 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  39.77 
 
 		 170 aa  124  6e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  40.34 
 
 		 170 aa  124  7e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2066  peptide deformylase  40.13 
 
 		 187 aa  124  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.166948 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  39.33 
 
 		 175 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  37.78 
 
 		 174 aa  124  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  42.77 
 
 		 178 aa  124  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  39.34 
 
 		 169 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0416  peptide deformylase  37.43 
 
 		 167 aa  124  1e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  39.66 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  39.34 
 
 		 169 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  39.89 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  38.98 
 
 		 170 aa  123  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  37.7 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1174  peptide deformylase  40.56 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.234676  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  38.76 
 
 		 175 aa  122  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  37.7 
 
 		 170 aa  122  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  41.04 
 
 		 168 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0607  peptide deformylase  39.56 
 
 		 189 aa  121  5e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  39.88 
 
 		 168 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  37.22 
 
 		 177 aa  121  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1130  peptide deformylase  39.44 
 
 		 164 aa  121  6e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143546  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  35.03 
 
 		 187 aa  121  7e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  35.03 
 
 		 187 aa  121  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  37.14 
 
 		 173 aa  121  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1168  peptide deformylase  39.44 
 
 		 164 aa  120  9e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00145163  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  39.88 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  40.56 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  42.94 
 
 		 177 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  40.46 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  39.88 
 
 		 168 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0070  peptide deformylase  40.59 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.805375  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  39.43 
 
 		 175 aa  119  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  42.44 
 
 		 169 aa  119  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  39.31 
 
 		 169 aa  119  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  40 
 
 		 168 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1715  peptide deformylase  45.39 
 
 		 147 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>