253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0727 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0727  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
372 aa  775    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00617337  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2537  DNA-cytosine methyltransferase  56.22 
 
 
379 aa  444  1e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01778  site-specific DNA-methyltransferase  57.6 
 
 
386 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1029  putative site-specific DNA-methyltransferase  57.57 
 
 
383 aa  435  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  54.3 
 
 
385 aa  425  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0533195  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  29.67 
 
 
328 aa  133  6e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  28.15 
 
 
364 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  28.92 
 
 
348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.72 
 
 
357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
335 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  26.92 
 
 
335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  27.81 
 
 
415 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  25.91 
 
 
360 aa  98.2  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  24.94 
 
 
313 aa  96.3  8e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  25.83 
 
 
418 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  25.83 
 
 
418 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  27.16 
 
 
361 aa  93.6  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  24.32 
 
 
352 aa  94  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  34.48 
 
 
465 aa  92.8  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  28.04 
 
 
388 aa  92  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  26.62 
 
 
474 aa  92.4  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  25.51 
 
 
370 aa  90.1  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  23.68 
 
 
313 aa  89  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  24.13 
 
 
337 aa  87.8  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.13 
 
 
334 aa  87  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  24.07 
 
 
368 aa  87  4e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  24.27 
 
 
414 aa  86.7  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  24.68 
 
 
431 aa  86.7  7e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  31.18 
 
 
434 aa  86.3  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  21.73 
 
 
373 aa  86.3  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  24.37 
 
 
362 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  25.73 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  24.69 
 
 
489 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  27.01 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  24.67 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2012  DNA-cytosine methyltransferase  26.56 
 
 
398 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
438 aa  83.2  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  25.19 
 
 
377 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  26.92 
 
 
406 aa  82.4  0.00000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  28.8 
 
 
446 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  24.08 
 
 
390 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  25.29 
 
 
415 aa  80.9  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  23.71 
 
 
310 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  32.11 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  23.47 
 
 
350 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  22.96 
 
 
350 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  23.28 
 
 
686 aa  79.3  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  23.54 
 
 
389 aa  79.3  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  28.72 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  24.62 
 
 
365 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  23.98 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  23.49 
 
 
698 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  31.02 
 
 
379 aa  77.4  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  24.6 
 
 
356 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0121  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  23.83 
 
 
395 aa  76.6  0.0000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  24.47 
 
 
375 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  37.62 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  37.62 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  26.39 
 
 
468 aa  75.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  21.43 
 
 
395 aa  75.5  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  22.19 
 
 
454 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  28.43 
 
 
443 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0752  DNA-cytosine methyltransferase  27.04 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  21.88 
 
 
440 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  22.16 
 
 
423 aa  72.8  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  24.15 
 
 
415 aa  72.4  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  22.98 
 
 
354 aa  72.4  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  26.8 
 
 
632 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  27.47 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  27.87 
 
 
402 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  21.65 
 
 
689 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  23.94 
 
 
440 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.04 
 
 
431 aa  70.9  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  23.94 
 
 
440 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  22.14 
 
 
393 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  24.2 
 
 
323 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  23.67 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  23.02 
 
 
488 aa  70.1  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  30.93 
 
 
427 aa  70.5  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  29.17 
 
 
385 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  36.27 
 
 
460 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  26.87 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  36.27 
 
 
460 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  26 
 
 
437 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  22.51 
 
 
358 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  23.26 
 
 
361 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.04 
 
 
652 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  35 
 
 
362 aa  67.8  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0883  DNA-cytosine methyltransferase  26.88 
 
 
389 aa  67.4  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  22.78 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  27.09 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  21.64 
 
 
423 aa  67  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  23.81 
 
 
365 aa  67  0.0000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  25.91 
 
 
671 aa  67  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  25.71 
 
 
399 aa  66.6  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  29.47 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0429  DNA-cytosine methyltransferase  24.55 
 
 
462 aa  66.2  0.0000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.584191  normal  0.0384106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  23.06 
 
 
428 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  28.02 
 
 
500 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  24.61 
 
 
727 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>