137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2678 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2678  type III helper protein HopP1  100 
 
 		 324 aa  635    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.621143  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2331  lytic transglycosylase, catalytic  35.78 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.194183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3687  lytic transglycosylase, catalytic  35.14 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0850  lytic transglycosylase, catalytic  33.85 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0266609 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1508  lytic transglycosylase, catalytic  35.09 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.324352 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0704  lytic transglycosylase catalytic  37.27 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  31.29 
 
 		 272 aa  66.2  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3185  lytic transglycosylase, catalytic  31.69 
 
 		 268 aa  65.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2492  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.931024 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3847  lytic transglycosylase, catalytic  34.25 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.081015  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1028  Lytic transglycosylase catalytic  36.55 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2804  Lytic transglycosylase catalytic  37.17 
 
 		 238 aa  62  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  34.26 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0517  lytic transglycosylase, catalytic  31.28 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0493773  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3905  lytic transglycosylase, catalytic  34.62 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3554  lytic transglycosylase, catalytic  35.19 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.930583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7737  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  37.14 
 
 		 257 aa  59.3  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473194 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1373  type III helper protein HrpW1  35.94 
 
 		 424 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000104079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3350  putative lytic transglycosylase  33.04 
 
 		 276 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124334  normal  0.958591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7436  putative soluble lytic murein transglycosylase precursor  37 
 
 		 197 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.467676 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  32.38 
 
 		 254 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2468  lytic transglycosylase catalytic  27.84 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0137  lytic transglycosylase, catalytic  31.3 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.158623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1820  lytic transglycosylase catalytic  35.45 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4010  lytic transglycosylase catalytic  38.18 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.132288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2016  lytic transglycosylase catalytic  29.66 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3082  Lytic transglycosylase catalytic  31.54 
 
 		 257 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2873  lytic transglycosylase catalytic  30.71 
 
 		 258 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0739843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2251  lytic transglycosylase catalytic  36.27 
 
 		 276 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3823  lytic transglycosylase catalytic  29.6 
 
 		 310 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.78856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0633  Lytic transglycosylase catalytic  33.86 
 
 		 439 aa  53.9  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0452827 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0754  lytic transglycosylase catalytic  31.43 
 
 		 253 aa  53.9  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.450427 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3009  lytic transglycosylase catalytic  32.17 
 
 		 238 aa  53.9  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1198  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 259 aa  53.5  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3537  lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 259 aa  53.5  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.401934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0360  lytic transglycosylase, catalytic  34.25 
 
 		 233 aa  53.1  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3519  putative ipgF protein  31.37 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3245  lytic transglycosylase  31.37 
 
 		 149 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0063  lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 149 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4502  hypothetical protein  31.37 
 
 		 148 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0007  lytic transglycosylase, catalytic  31.37 
 
 		 164 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37161  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3935  Lytic transglycosylase catalytic  32.35 
 
 		 148 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0053  lytic transglycosylase, catalytic  31.37 
 
 		 159 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0063  lytic transglycosylase, catalytic  31.37 
 
 		 164 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  35.58 
 
 		 223 aa  51.6  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4016  lytic transglycosylase, catalytic  31.78 
 
 		 239 aa  51.6  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0586  lytic transglycosylase catalytic  31.82 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2787  ipgF protein, putative  31.37 
 
 		 152 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.062319  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1891  putative ipgF protein  31.37 
 
 		 152 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.65052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2661  putative ipgF protein  31.37 
 
 		 152 aa  50.8  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3156  lytic transglycosylase catalytic  30 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0205593  normal  0.0158011 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0219  HpaH precursor  31.37 
 
 		 161 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0006  putative invasion protein  31.37 
 
 		 161 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0006  putative invasion protein  31.37 
 
 		 161 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.435281  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1603  Lytic transglycosylase catalytic  42.19 
 
 		 217 aa  50.4  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0006  BapC protein  30.39 
 
 		 149 aa  50.1  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0082  lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 161 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  35.51 
 
 		 408 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  35.51 
 
 		 408 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  33.33 
 
 		 204 aa  50.1  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0064  lytic transglycosylase catalytic  30.69 
 
 		 148 aa  50.1  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  27.82 
 
 		 158 aa  50.1  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2659  Lytic transglycosylase catalytic  32.04 
 
 		 228 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.725375  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2563  Lytic transglycosylase catalytic  32.04 
 
 		 228 aa  49.3  0.00009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0148918  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  32.46 
 
 		 204 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  35.51 
 
 		 404 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1297  lytic transglycosylase, catalytic  32.04 
 
 		 228 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1007  transglycosylase, putative  25.35 
 
 		 209 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232372  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  30.82 
 
 		 215 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3069  lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 147 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0145622 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  35.64 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  36.19 
 
 		 438 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  32.46 
 
 		 204 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1491  putative lytic transglycosylase  31.25 
 
 		 338 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  normal  0.466263 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  36.51 
 
 		 175 aa  48.9  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4766  Lytic transglycosylase catalytic  31.37 
 
 		 161 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0847  BapC protein  34.69 
 
 		 182 aa  48.5  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  33.93 
 
 		 245 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5666  lytic transglycosylase catalytic  31.58 
 
 		 155 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326026  hitchhiker  0.0069947 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  32.5 
 
 		 191 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  35.51 
 
 		 599 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  35.64 
 
 		 404 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  35.65 
 
 		 226 aa  48.1  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0006  lytic transglycosylase, catalytic  35.96 
 
 		 154 aa  48.5  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3554  Lytic transglycosylase catalytic  32.17 
 
 		 343 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.278452  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  29.53 
 
 		 202 aa  47.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 247 aa  47  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2896  hypothetical protein  31.68 
 
 		 170 aa  47  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  32.67 
 
 		 242 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3138  Lytic transglycosylase catalytic  29.7 
 
 		 157 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.82617  normal  0.443685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  33.98 
 
 		 234 aa  47  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  37.27 
 
 		 244 aa  47  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  37.86 
 
 		 208 aa  47  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3673  lytic transglycosylase catalytic  30.3 
 
 		 164 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.25232 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  35.29 
 
 		 195 aa  46.6  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2124  Lytic transglycosylase catalytic  32.06 
 
 		 460 aa  46.6  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2772  Lytic transglycosylase catalytic  29.7 
 
 		 157 aa  46.6  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.806121 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2013  secreted protein  27.56 
 
 		 187 aa  46.2  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5883  lytic transglycosylase, catalytic  31.46 
 
 		 155 aa  46.2  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.161206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5894  lytic transglycosylase catalytic  32.63 
 
 		 161 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431421  normal  0.0993718 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>