114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2772 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2772  Lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
157 aa  322  9e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.806121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3138  Lytic transglycosylase catalytic  94.27 
 
 
157 aa  278  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.82617  normal  0.443685 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2896  hypothetical protein  82.67 
 
 
170 aa  255  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3673  lytic transglycosylase catalytic  67.63 
 
 
164 aa  207  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.25232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2361  lytic transglycosylase, catalytic  64.49 
 
 
155 aa  196  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782158  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4766  Lytic transglycosylase catalytic  56.55 
 
 
161 aa  179  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3245  lytic transglycosylase  55.47 
 
 
149 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0082  lytic transglycosylase catalytic  55.47 
 
 
161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0007  lytic transglycosylase, catalytic  54.74 
 
 
164 aa  159  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37161  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0063  lytic transglycosylase, catalytic  54.74 
 
 
164 aa  159  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0064  lytic transglycosylase catalytic  53.52 
 
 
148 aa  158  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0053  lytic transglycosylase, catalytic  52.48 
 
 
159 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0063  lytic transglycosylase catalytic  52.48 
 
 
149 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3069  lytic transglycosylase catalytic  51.49 
 
 
147 aa  153  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0145622 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4502  hypothetical protein  52.63 
 
 
148 aa  152  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0219  HpaH precursor  51.08 
 
 
161 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0006  putative invasion protein  51.08 
 
 
161 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0006  putative invasion protein  51.08 
 
 
161 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.435281  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3935  Lytic transglycosylase catalytic  51.88 
 
 
148 aa  150  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3519  putative ipgF protein  51.08 
 
 
216 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2787  ipgF protein, putative  50.72 
 
 
152 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.062319  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1891  putative ipgF protein  50.72 
 
 
152 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.65052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2661  putative ipgF protein  50.72 
 
 
152 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5894  lytic transglycosylase catalytic  51.39 
 
 
161 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431421  normal  0.0993718 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0006  BapC protein  47.83 
 
 
149 aa  148  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5666  lytic transglycosylase catalytic  57.98 
 
 
155 aa  147  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326026  hitchhiker  0.0069947 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5883  lytic transglycosylase, catalytic  57.98 
 
 
155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.161206  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05356  putative lipoprotein  51.3 
 
 
232 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.592846  normal  0.453874 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03391  Hpa2  54.81 
 
 
108 aa  122  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5233  lytic transglycosylase, catalytic  45.6 
 
 
203 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00145184  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0847  BapC protein  43.48 
 
 
182 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5033  Lytic transglycosylase catalytic  48.7 
 
 
145 aa  114  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2156  BapC protein  46.22 
 
 
187 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1524  BapC protein  44.72 
 
 
187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0565  BapC protein  45.38 
 
 
187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.146526  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5439  Lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 
145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2079  BapC protein  44.72 
 
 
187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.22209  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2068  BapC protein  44.72 
 
 
187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0527025  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0760  BapC protein  44.72 
 
 
187 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.832936  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5422  Lytic transglycosylase catalytic  41.04 
 
 
183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984316  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  46.34 
 
 
404 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  42.55 
 
 
407 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  39.86 
 
 
404 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5017  Lytic transglycosylase catalytic  40.3 
 
 
183 aa  107  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260237  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5437  lytic transglycosylase, catalytic  42.06 
 
 
179 aa  107  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.43825  normal  0.56373 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4488  lytic transglycosylase, catalytic  44.35 
 
 
248 aa  106  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  44.74 
 
 
408 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5550  lytic transglycosylase catalytic  39.26 
 
 
141 aa  105  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0239978 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  44.74 
 
 
408 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6566  lytic transglycosylase catalytic  43.09 
 
 
140 aa  104  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5196  Lytic transglycosylase catalytic  44.14 
 
 
158 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1531  Lytic transglycosylase catalytic  44.14 
 
 
158 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  44.74 
 
 
599 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0379  invasion protein  42.73 
 
 
146 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135493  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  42.98 
 
 
438 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2121  transglycosylase SLT domain-containing protein  40 
 
 
168 aa  101  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6296  lytic transglycosylase, catalytic  37.4 
 
 
140 aa  100  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270773  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  41.61 
 
 
168 aa  99.8  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0195  lytic transglycosylase catalytic protein  44.26 
 
 
239 aa  100  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7409  Lytic transglycosylase catalytic  41.67 
 
 
226 aa  99  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
168 aa  98.2  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0177  Lytic transglycosylase catalytic  43.44 
 
 
239 aa  98.2  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000012846 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4187  lytic transglycosylase, catalytic  40.44 
 
 
166 aa  97.1  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_23  transglycosylase PilT  41.18 
 
 
145 aa  97.1  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.846222  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  43.59 
 
 
179 aa  92.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1098  Lytic transglycosylase catalytic  39.37 
 
 
213 aa  92  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.891571  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5072  transglycosylase SLT domain protein  32.59 
 
 
152 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.110513 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4243  lytic transglycosylase, catalytic  42.02 
 
 
178 aa  88.6  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.547585  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2099  lytic transglycosylase, catalytic  40.54 
 
 
210 aa  87.4  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462435  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0964  Lytic transglycosylase catalytic  38.06 
 
 
153 aa  85.9  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0043  lytic transglycosylase  39.67 
 
 
215 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6789  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
165 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  39.32 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4280  lytic transglycosylase, catalytic  35.34 
 
 
157 aa  79  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227858  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3082  cell invasion protein  34.09 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000116628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3066  invasion protein IagB  34.09 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.490533 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3030  invasion protein IagB  34.09 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0325324 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2999  invasion protein IagB  34.09 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3187  cell invasion protein  34.09 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.927975 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0042  pilT protein  39.85 
 
 
163 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0049  pilT protein, putative  39.67 
 
 
150 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1431  lytic transglycosylase, catalytic  35.25 
 
 
170 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0011  conjugal transfer protein  32.64 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2644  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0060  hypothetical protein  35.48 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816784 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  37 
 
 
183 aa  70.9  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4125  lytic transglycosylase PilT  30.88 
 
 
167 aa  70.5  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000476698 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4262  lytic transglycosylase, catalytic  32.5 
 
 
162 aa  66.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0562  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 
180 aa  64.7  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1529  Lytic transglycosylase catalytic  34.68 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.425819 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0168  protein IpgF  33.9 
 
 
152 aa  64.3  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00546577  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0014  conserved hypothetical protein, SLT family  31.9 
 
 
192 aa  63.5  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0111  lytic transglycosylase PilT  31.5 
 
 
186 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0882  lytic transglycosylase, catalytic  34.19 
 
 
132 aa  62.8  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0005  transglycosylase SLT domain-containing protein  30.32 
 
 
168 aa  62  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0125  putative conjugal transfer protein TrbN  31.25 
 
 
159 aa  62  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.268051  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6234  lytic transglycosylase catalytic  33.91 
 
 
151 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6514  conjugal transfer protein TrbN  32.29 
 
 
211 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224309  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6623  conjugal transfer protein TrbN  32.29 
 
 
211 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4262  conjugal transfer protein TrbN  32.29 
 
 
211 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457278 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>