29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1373 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1373  type III helper protein HrpW1  100 
 
 		 424 aa  834    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000104079  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1184  type III helper protein HrpW1  69 
 
 		 441 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.211632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2182  Pectate lyase  48.77 
 
 		 489 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0866134  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2020  Pectate lyase  52.6 
 
 		 574 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742128  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0715  Pectate lyase  39.8 
 
 		 233 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.944836 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  41.8 
 
 		 511 aa  123  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1854  Pectate lyase  40 
 
 		 460 aa  121  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3007  N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase  40.22 
 
 		 424 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014113 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0819  pectate lyase  37.11 
 
 		 427 aa  93.6  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.28547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2563  Pectate lyase  37.11 
 
 		 259 aa  91.3  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0171428  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2775  HARPIN-like protein  36.21 
 
 		 380 aa  86.7  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.396388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2301  Pectate lyase  36.6 
 
 		 365 aa  86.7  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.452858  normal  0.747236 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  34.43 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  38.13 
 
 		 430 aa  83.6  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2571  Pectate lyase  35.97 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18079  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08453  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATC7]  32.58 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03337  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B7Z3]  33.99 
 
 		 254 aa  79  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00353943  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06748  pectate lyase (Eurofung)  32.09 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000825304  normal  0.0251072 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06106  pectate lyase (Eurofung)  35.14 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.148982 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0897  hypothetical protein  30.81 
 
 		 361 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4177  Pectate lyase  37.41 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02542  pectate lyase (Eurofung)  29.44 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2678  type III helper protein HopP1  35.94 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.621143  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2185  penicillin-binding protein 1A  47.19 
 
 		 846 aa  47.4  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.704699  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2153  1A family penicillin-binding protein  50 
 
 		 839 aa  44.7  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2312  penicillin-binding protein 1A  47.37 
 
 		 830 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2345  penicillin-binding protein 1A  50 
 
 		 820 aa  44.3  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.538811  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2364  penicillin-binding protein 1A  47.37 
 
 		 834 aa  44.3  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2122  penicillin-binding protein 1A  47.37 
 
 		 834 aa  43.9  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>