More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0055 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03424  valine-pyruvate transaminase  77.11 
 
 		 417 aa  684    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0138  aminotransferase class I and II  76.87 
 
 		 417 aa  682    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3792  valine--pyruvate transaminase  82.87 
 
 		 402 aa  691    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3950  valine--pyruvate transaminase  77.11 
 
 		 417 aa  684    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4948  valine--pyruvate transaminase  76.87 
 
 		 417 aa  682    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.458288 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0035  valine--pyruvate transaminase  83.41 
 
 		 418 aa  748    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4049  valine--pyruvate transaminase  78.37 
 
 		 416 aa  685    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.714309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3879  valine--pyruvate transaminase  78.37 
 
 		 416 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0062  valine--pyruvate transaminase  95.67 
 
 		 417 aa  827    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0142  valine--pyruvate transaminase  77.11 
 
 		 417 aa  684    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0053  valine--pyruvate transaminase  84.1 
 
 		 440 aa  727    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.100706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0055  valine--pyruvate transaminase  100 
 
 		 416 aa  858    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3895  valine--pyruvate transaminase  76.87 
 
 		 417 aa  682    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4069  valine--pyruvate transaminase  76.87 
 
 		 417 aa  682    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0050  valine--pyruvate transaminase  82.41 
 
 		 417 aa  730    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03375  hypothetical protein  77.11 
 
 		 417 aa  684    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3863  valine--pyruvate transaminase  78.12 
 
 		 416 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0149  valine--pyruvate transaminase  76.63 
 
 		 416 aa  686    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3988  valine--pyruvate transaminase  78.37 
 
 		 416 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0014  valine--pyruvate transaminase  82.21 
 
 		 456 aa  737    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4140  valine--pyruvate transaminase  82.45 
 
 		 421 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3943  valine--pyruvate transaminase  78.12 
 
 		 416 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.796758 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3775  valine--pyruvate transaminase  77.11 
 
 		 417 aa  684    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002002  valine--pyruvate aminotransferase  64.18 
 
 		 417 aa  579  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2500  valine--pyruvate transaminase  64.42 
 
 		 418 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2635  valine--pyruvate transaminase  65.06 
 
 		 416 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00447  valine--pyruvate transaminase  63.94 
 
 		 417 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1586  valine--pyruvate transaminase  65.29 
 
 		 419 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2963  valine--pyruvate transaminase  63.37 
 
 		 415 aa  569  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3063  valine--pyruvate transaminase  63.57 
 
 		 420 aa  566  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3725  valine--pyruvate transaminase  56.55 
 
 		 417 aa  511  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0943  valine--pyruvate transaminase  50.24 
 
 		 425 aa  455  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.784655  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1771  valine--pyruvate transaminase  47.16 
 
 		 424 aa  421  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2440  valine--pyruvate transaminase  45.89 
 
 		 444 aa  397  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2118  valine--pyruvate transaminase  45.21 
 
 		 443 aa  390  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0089  valine--pyruvate transaminase  44.73 
 
 		 434 aa  385  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1678  aminotransferase class I and II  44.5 
 
 		 426 aa  373  1e-102  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1487  valine--pyruvate transaminase  42 
 
 		 424 aa  345  1e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0903  valine--pyruvate transaminase  41.65 
 
 		 421 aa  338  8e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.176446  decreased coverage  0.0000000925124 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2258  valine--pyruvate transaminase  37.83 
 
 		 427 aa  310  2.9999999999999997e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.782201  normal  0.105483 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4228  valine--pyruvate transaminase  38.94 
 
 		 419 aa  309  6.999999999999999e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420595 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1090  valine--pyruvate transaminase  38.66 
 
 		 427 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.294762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0165  class I/II aminotransferase  38.19 
 
 		 427 aa  304  1.0000000000000001e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0914098  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3688  valine--pyruvate transaminase  36.65 
 
 		 421 aa  289  8e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0593  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 450 aa  89.7  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00093  valine-pyruvate aminotransferase  27.57 
 
 		 417 aa  87.4  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.947467  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0770  aminotransferase, class I and II  25 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0102863 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0105  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 411 aa  84.3  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0318  putative transcriptional regulator, GntR family  24.57 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.024163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0255  aminotransferase, class I and II  24.41 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2120  GntR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 401 aa  80.1  0.00000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.265686 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1080  putative transcriptional regulator, GntR family  23.26 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4612  aminotransferase  25.43 
 
 		 480 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1964  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2117  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 398 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1411  aminotransferase class I and II  25.06 
 
 		 393 aa  76.6  0.0000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0115  putative transcriptional regulator, GntR family  22.28 
 
 		 396 aa  76.6  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1684  aspartate aminotransferase  22.67 
 
 		 396 aa  76.6  0.0000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.121725  normal  0.0684909 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0846  putative transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 396 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0129506  normal  0.750819 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0110  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 411 aa  75.5  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0915  putative transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 396 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3812  putative transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01894  hypothetical protein  30.77 
 
 		 463 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2588  aminotransferase, class I and II  25.06 
 
 		 404 aa  75.1  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724339 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0851  GntR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 395 aa  75.1  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0242467  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1095  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.435284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1240  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 478 aa  73.9  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2328  aminotransferase, class I and II  24.1 
 
 		 433 aa  74.3  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  25.36 
 
 		 517 aa  73.9  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1469  GntR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1213  putative transcriptional regulator, GntR family  25.51 
 
 		 398 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39710  transcriptional regulator with HTH domain protein and aminotransferase domain protein  23 
 
 		 446 aa  73.2  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0745  putative transcriptional regulator, GntR family  23.41 
 
 		 416 aa  73.2  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3729  aminotransferase, class I and II  25.25 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2486  putative transcriptional regulator, GntR family  24.31 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0401  GntR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 406 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0793371 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1904  aminotransferase, class I and II  24.08 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3003  putative transcriptional regulator, GntR family  27.9 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1584  GntR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1742  putative transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 430 aa  71.6  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.554811 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3332  putative aminotransferase  24.81 
 
 		 398 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.381382 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10910  putative transcriptional regulator, GntR family  26.11 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1134  aspartate aminotransferase  24.58 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338962  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3125  GntR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0081  aminotransferase, class I and II  23.61 
 
 		 398 aa  70.9  0.00000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3845  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0985  aminotransferase protein  26.67 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0572002  normal  0.184063 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9047  putative transcriptional regulator, GntR family  23.66 
 
 		 437 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.779817  normal  0.283217 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1154  aminotransferase, class I/II  25.58 
 
 		 393 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1466  GntR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.677019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1049  putative GntR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03480  transcriptional regulator with HTH domain protein and aminotransferase domain protein  23.61 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.147628 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3118  putative transcriptional regulator, GntR family  24.93 
 
 		 426 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4022  aminotransferase, class I and II  24.15 
 
 		 433 aa  69.7  0.00000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2921  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.35 
 
 		 475 aa  69.3  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.542365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5690  aminotransferase, class I and II  28.63 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1680  GntR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 411 aa  69.3  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.733042  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1434  putative transcriptional regulator, GntR family  22.69 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0766  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 383 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0421  GntR family transcriptional regulator  21.71 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.493071  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>