More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1586 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3063  valine--pyruvate transaminase  88.01 
 
 		 420 aa  767    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002002  valine--pyruvate aminotransferase  81.36 
 
 		 417 aa  716    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1586  valine--pyruvate transaminase  100 
 
 		 419 aa  870    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2963  valine--pyruvate transaminase  77 
 
 		 415 aa  680    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2635  valine--pyruvate transaminase  86.2 
 
 		 416 aa  754    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2500  valine--pyruvate transaminase  76.74 
 
 		 418 aa  689    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00447  valine--pyruvate transaminase  79.9 
 
 		 417 aa  703    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0062  valine--pyruvate transaminase  65.29 
 
 		 417 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0055  valine--pyruvate transaminase  65.29 
 
 		 416 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0050  valine--pyruvate transaminase  64.16 
 
 		 417 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3943  valine--pyruvate transaminase  65.62 
 
 		 416 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.796758 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0035  valine--pyruvate transaminase  63.59 
 
 		 418 aa  569  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0053  valine--pyruvate transaminase  66.1 
 
 		 440 aa  568  1e-161  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.100706 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3988  valine--pyruvate transaminase  65.62 
 
 		 416 aa  568  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4049  valine--pyruvate transaminase  65.38 
 
 		 416 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.714309 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3863  valine--pyruvate transaminase  65.38 
 
 		 416 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4140  valine--pyruvate transaminase  63.92 
 
 		 421 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0014  valine--pyruvate transaminase  63.68 
 
 		 456 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3879  valine--pyruvate transaminase  65.38 
 
 		 416 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03424  valine-pyruvate transaminase  63.44 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0138  aminotransferase class I and II  63.44 
 
 		 417 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3950  valine--pyruvate transaminase  63.44 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4948  valine--pyruvate transaminase  63.44 
 
 		 417 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.458288 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3895  valine--pyruvate transaminase  63.68 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0142  valine--pyruvate transaminase  63.44 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4069  valine--pyruvate transaminase  63.44 
 
 		 417 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03375  hypothetical protein  63.44 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3775  valine--pyruvate transaminase  63.44 
 
 		 417 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0149  valine--pyruvate transaminase  62.23 
 
 		 416 aa  554  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3792  valine--pyruvate transaminase  63.96 
 
 		 402 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3725  valine--pyruvate transaminase  57.25 
 
 		 417 aa  510  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1771  valine--pyruvate transaminase  52.63 
 
 		 424 aa  467  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0943  valine--pyruvate transaminase  52.15 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.784655  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2440  valine--pyruvate transaminase  47.86 
 
 		 444 aa  423  1e-117  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2118  valine--pyruvate transaminase  47.27 
 
 		 443 aa  421  1e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1678  aminotransferase class I and II  46.17 
 
 		 426 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0089  valine--pyruvate transaminase  45.71 
 
 		 434 aa  394  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1487  valine--pyruvate transaminase  44.29 
 
 		 424 aa  387  1e-106  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0903  valine--pyruvate transaminase  43.72 
 
 		 421 aa  365  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.176446  decreased coverage  0.0000000925124 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2258  valine--pyruvate transaminase  37.59 
 
 		 427 aa  320  1.9999999999999998e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.782201  normal  0.105483 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4228  valine--pyruvate transaminase  39.04 
 
 		 419 aa  319  6e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420595 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0165  class I/II aminotransferase  37.26 
 
 		 427 aa  309  6.999999999999999e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0914098  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1090  valine--pyruvate transaminase  36.06 
 
 		 427 aa  301  1e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.294762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3688  valine--pyruvate transaminase  35.11 
 
 		 421 aa  287  2.9999999999999996e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3118  putative transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 426 aa  103  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3845  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4437  GntR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 398 aa  99.8  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0593  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 450 aa  95.9  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0255  aminotransferase, class I and II  26.23 
 
 		 411 aa  95.1  2e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1469  GntR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 413 aa  91.7  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0770  aminotransferase, class I and II  25.37 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0102863 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1434  putative transcriptional regulator, GntR family  26.49 
 
 		 400 aa  88.2  2e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1411  aminotransferase class I and II  25.67 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0110  GntR family transcriptional regulator  26 
 
 		 411 aa  87.8  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1080  putative transcriptional regulator, GntR family  25.06 
 
 		 401 aa  87  6e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1904  aminotransferase, class I and II  24.42 
 
 		 392 aa  87  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0105  GntR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 411 aa  86.7  8e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0745  putative transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 416 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2117  GntR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0962  aminotransferase  25.71 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.124285 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1815  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 410 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0401  GntR family transcriptional regulator  26.08 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0793371 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1336  aminotransferase, class I  26.92 
 
 		 410 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102288  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3125  GntR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 393 aa  80.9  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3729  aminotransferase, class I and II  26.21 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0115  putative transcriptional regulator, GntR family  23.87 
 
 		 396 aa  80.1  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1095  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.435284  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1378  aminotransferase, class I  26.92 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2120  GntR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 401 aa  79.7  0.00000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.265686 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3332  putative aminotransferase  25.82 
 
 		 398 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.381382 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4240  aminotransferase, class I and II  25.94 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2616  putative transcriptional regulator, GntR family  25.96 
 
 		 395 aa  78.6  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.791152  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0081  aminotransferase, class I and II  26.14 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0542  aminotransferase, class I and II  24.94 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0515807  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0643  aminotransferase class I and II  24.34 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1213  putative transcriptional regulator, GntR family  26.6 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0851  GntR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0242467  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2486  putative transcriptional regulator, GntR family  25.99 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0951  aminotransferase family protein  26.7 
 
 		 393 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1088  aminotransferase class I and II  24.26 
 
 		 399 aa  75.9  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.226699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1955  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 408 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.479896  normal  0.0640255 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1108  GntR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 395 aa  75.5  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2328  aminotransferase, class I and II  24.76 
 
 		 433 aa  75.5  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1664  aminotransferase, class I and II  25.54 
 
 		 403 aa  75.5  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0318  putative transcriptional regulator, GntR family  25.75 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.024163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0362  GntR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1870  GntR family transcriptional regulator  24.94 
 
 		 476 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6053  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  23.06 
 
 		 472 aa  74.3  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.137627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0852  aminotransferase class I and II  25.15 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2096  GntR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698776  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  24.39 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3539  GntR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 407 aa  73.6  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00400893 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0325  aminotransferase class I and II  25.16 
 
 		 375 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.303015  hitchhiker  0.000770827 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1049  putative GntR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 389 aa  73.6  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1154  aminotransferase, class I/II  26.08 
 
 		 393 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1580  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 395 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.136638  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1587  aminotransferase class I and II  24.01 
 
 		 375 aa  72.4  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.472479  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0522  aspartate aminotransferase  24.56 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.138181  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0712  putative transcriptional regulator, GntR family  24.14 
 
 		 375 aa  72.4  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0052998  normal  0.0161379 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1680  GntR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.733042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>