More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3539 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3539  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 407 aa  816    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00400893 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0186  valine-pyruvate aminotransferase  70.28 
 
 		 402 aa  510  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.39776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0401  GntR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 406 aa  499  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0793371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4240  aminotransferase, class I and II  65.77 
 
 		 406 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3729  aminotransferase, class I and II  60.69 
 
 		 420 aa  478  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3118  putative transcriptional regulator, GntR family  64.38 
 
 		 426 aa  462  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4437  GntR family transcriptional regulator  63.42 
 
 		 398 aa  463  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806194 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3845  GntR family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 426 aa  463  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2117  GntR family transcriptional regulator  56.17 
 
 		 398 aa  451  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  0.104969 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0362  GntR family transcriptional regulator  64.36 
 
 		 426 aa  443  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3332  putative aminotransferase  55.42 
 
 		 398 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.381382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1213  putative transcriptional regulator, GntR family  55.67 
 
 		 398 aa  441  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0745  putative transcriptional regulator, GntR family  61.9 
 
 		 416 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2372  GntR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5690  aminotransferase, class I and II  56.63 
 
 		 393 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2513  aminotransferase  55.39 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.111112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1739  aminotransferase, class I and II  56.12 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2351  aminotransferase, class I and II  56.12 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.654815  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0928  GntR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 393 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511381  normal  0.662482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2269  GntR family transcriptional regulator  55.87 
 
 		 393 aa  438  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2387  aminotransferase, class I and II  55.87 
 
 		 393 aa  438  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.462658  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00093  valine-pyruvate aminotransferase  56.35 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.947467  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1154  aminotransferase, class I/II  55.1 
 
 		 393 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0593  GntR family transcriptional regulator  57.65 
 
 		 450 aa  431  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0951  aminotransferase family protein  55.36 
 
 		 393 aa  432  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.797197  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2350  aminotransferase, class I and II  55.05 
 
 		 394 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0985  aminotransferase protein  52.61 
 
 		 406 aa  425  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0572002  normal  0.184063 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0846  putative transcriptional regulator, GntR family  53.61 
 
 		 396 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0129506  normal  0.750819 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0915  putative transcriptional regulator, GntR family  53.61 
 
 		 396 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.262681  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1952  aminotransferase family protein  54.85 
 
 		 393 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0285  aminotransferase family protein  54.85 
 
 		 393 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1314  aminotransferase family protein  54.85 
 
 		 393 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.693851  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1001  aminotransferase family protein  54.85 
 
 		 393 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1163  aminotransferase, class I/II  54.85 
 
 		 393 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.488636  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0863  aminotransferase family protein  54.85 
 
 		 393 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2567  putative transcriptional regulator, GntR family  48.6 
 
 		 397 aa  348  8e-95  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0871  putative GntR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 405 aa  335  9e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.707228 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0766  GntR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 383 aa  331  1e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0898  GntR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 388 aa  330  2e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0721886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3003  putative transcriptional regulator, GntR family  45.62 
 
 		 394 aa  323  5e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1580  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 395 aa  315  9.999999999999999e-85  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.136638  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0851  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 395 aa  311  9e-84  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0242467  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0115  putative transcriptional regulator, GntR family  38.36 
 
 		 396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1670  GntR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 395 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.868104 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2588  aminotransferase, class I and II  43.25 
 
 		 404 aa  306  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724339 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1095  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 395 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.435284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5490  putative transcriptional regulator, GntR family  46.34 
 
 		 377 aa  306  4.0000000000000004e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.110442  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3055  putative transcriptional regulator, GntR family  43.57 
 
 		 394 aa  306  6e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1681  putative transcriptional regulator, GntR family  41.65 
 
 		 401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2084  aminotransferase, class I and II  43.43 
 
 		 406 aa  302  8.000000000000001e-81  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1108  GntR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 395 aa  301  1e-80  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1584  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0708  transcriptional regulator  39.9 
 
 		 400 aa  298  1e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.529403 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0421  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 403 aa  297  3e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.493071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2514  aminotransferase, class I and II  37.08 
 
 		 397 aa  295  7e-79  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.483717  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1434  putative transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 		 400 aa  295  1e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1815  GntR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 410 aa  294  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1336  aminotransferase, class I  41.22 
 
 		 410 aa  293  5e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102288  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1378  aminotransferase, class I  41.22 
 
 		 410 aa  292  7e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0902  GntR family transcriptional regulator  39.95 
 
 		 399 aa  288  8e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.215501  normal  0.458926 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1955  GntR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 408 aa  286  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.479896  normal  0.0640255 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2616  putative transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 395 aa  285  8e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.791152  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2152  aminotransferase, class I and II  40.66 
 
 		 416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0310  GntR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 397 aa  283  3.0000000000000004e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000040274  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2741  putative transcriptional regulator, GntR family  39.55 
 
 		 405 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3004  aminotransferase, class I and II  42.68 
 
 		 411 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.184923  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1902  aromatic amino acid aminotransferase / 2-aminoadipate aminotransferase  40.37 
 
 		 397 aa  281  1e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1080  putative transcriptional regulator, GntR family  37.02 
 
 		 401 aa  280  2e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3288  putative transcriptional regulator, GntR family  38.08 
 
 		 386 aa  280  4e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000848876  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5940  putative transcriptional regulator, GntR family  39.13 
 
 		 463 aa  279  5e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2120  GntR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 401 aa  278  2e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.265686 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2807  aminotransferase, class I and II  44.27 
 
 		 400 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4323  GntR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 397 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.240929 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9379  putative transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 441 aa  276  6e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.938507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2126  aminotransferase, class I and II  40.75 
 
 		 386 aa  275  9e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.375573  normal  0.0326129 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2148  aminotransferase, class I and II  40.75 
 
 		 386 aa  275  9e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4975  putative transcriptional regulator, GntR family  38.65 
 
 		 430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3581  putative GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 441 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.411706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4022  aminotransferase, class I and II  38.48 
 
 		 433 aa  273  3e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3369  putative transcriptional regulator, GntR family  45.06 
 
 		 402 aa  273  5.000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0184281  normal  0.0139033 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2328  aminotransferase, class I and II  37.78 
 
 		 433 aa  272  6e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2486  putative transcriptional regulator, GntR family  38.19 
 
 		 406 aa  272  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3812  putative transcriptional regulator, GntR family  38.17 
 
 		 435 aa  272  9e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2237  putative transcriptional regulator, GntR family  39.47 
 
 		 440 aa  271  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0384062  normal  0.194146 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7090  putative transcriptional regulator, GntR family  36.2 
 
 		 438 aa  269  8e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.635615  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39710  transcriptional regulator with HTH domain protein and aminotransferase domain protein  36.99 
 
 		 446 aa  268  8.999999999999999e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10910  putative transcriptional regulator, GntR family  33.07 
 
 		 394 aa  269  8.999999999999999e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5405  putative transcriptional regulator, GntR family  39.35 
 
 		 446 aa  268  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0068  putative transcriptional regulator, GntR family  38.86 
 
 		 397 aa  268  2e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2257  GntR family transcriptional regulator  39.95 
 
 		 394 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4214  putative transcriptional regulator, GntR family  38.72 
 
 		 438 aa  267  2.9999999999999995e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1659  2-aminoadipate aminotransferase  38.27 
 
 		 399 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0665896 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3585  putative transcriptional regulator, GntR family  44.12 
 
 		 410 aa  266  4e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.06961  normal  0.158236 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0464  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 391 aa  266  5.999999999999999e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000813443 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0073  putative transcriptional regulator, GntR family  39.74 
 
 		 402 aa  266  7e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0861  GntR family transcriptional regulator  37.53 
 
 		 392 aa  265  7e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.543615  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2516  putative transcriptional regulator, GntR family  38.23 
 
 		 400 aa  265  8e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1641  valine-pyruvate aminotransferase  38.36 
 
 		 440 aa  265  8e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320192  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2572  putative transcriptional regulator, GntR family  38.04 
 
 		 395 aa  265  8e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.774309  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9047  putative transcriptional regulator, GntR family  36.57 
 
 		 437 aa  265  8e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.779817  normal  0.283217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>