More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1678 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1678  aminotransferase class I and II  100 
 
 		 426 aa  872    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00447  valine--pyruvate transaminase  46.92 
 
 		 417 aa  411  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002002  valine--pyruvate aminotransferase  46.52 
 
 		 417 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1586  valine--pyruvate transaminase  46.17 
 
 		 419 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3063  valine--pyruvate transaminase  45.61 
 
 		 420 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2635  valine--pyruvate transaminase  46.17 
 
 		 416 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2500  valine--pyruvate transaminase  45.11 
 
 		 418 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2963  valine--pyruvate transaminase  44.74 
 
 		 415 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3725  valine--pyruvate transaminase  44.36 
 
 		 417 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0062  valine--pyruvate transaminase  45.45 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0943  valine--pyruvate transaminase  45.63 
 
 		 425 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.784655  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4140  valine--pyruvate transaminase  44.74 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0055  valine--pyruvate transaminase  44.5 
 
 		 416 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0014  valine--pyruvate transaminase  44.84 
 
 		 456 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0035  valine--pyruvate transaminase  44.39 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0053  valine--pyruvate transaminase  45.11 
 
 		 440 aa  371  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.100706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1771  valine--pyruvate transaminase  46 
 
 		 424 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0149  valine--pyruvate transaminase  43.1 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03424  valine-pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0138  aminotransferase class I and II  42.96 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4948  valine--pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.458288 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4069  valine--pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3895  valine--pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0050  valine--pyruvate transaminase  43.94 
 
 		 417 aa  368  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03375  hypothetical protein  42.96 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0142  valine--pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3775  valine--pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1487  valine--pyruvate transaminase  44.68 
 
 		 424 aa  367  1e-100  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3950  valine--pyruvate transaminase  42.96 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3792  valine--pyruvate transaminase  45.25 
 
 		 402 aa  352  7e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3863  valine--pyruvate transaminase  42.32 
 
 		 416 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3988  valine--pyruvate transaminase  42.32 
 
 		 416 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4049  valine--pyruvate transaminase  42.32 
 
 		 416 aa  349  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.714309 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3943  valine--pyruvate transaminase  42.32 
 
 		 416 aa  349  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.796758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3879  valine--pyruvate transaminase  42.32 
 
 		 416 aa  349  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2440  valine--pyruvate transaminase  42.49 
 
 		 444 aa  344  1e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2118  valine--pyruvate transaminase  42.33 
 
 		 443 aa  343  2e-93  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0089  valine--pyruvate transaminase  41.96 
 
 		 434 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0903  valine--pyruvate transaminase  40.62 
 
 		 421 aa  323  3e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.176446  decreased coverage  0.0000000925124 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4228  valine--pyruvate transaminase  35.39 
 
 		 419 aa  277  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420595 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2258  valine--pyruvate transaminase  34.91 
 
 		 427 aa  271  1e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.782201  normal  0.105483 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0165  class I/II aminotransferase  34.57 
 
 		 427 aa  265  1e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0914098  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1090  valine--pyruvate transaminase  33.91 
 
 		 427 aa  261  1e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.294762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3688  valine--pyruvate transaminase  31.1 
 
 		 421 aa  246  4e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0865  putative transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 404 aa  87.8  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000909191  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3396  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 473 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.644089  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0255  aminotransferase, class I and II  23.93 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0770  aminotransferase, class I and II  26.95 
 
 		 397 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0102863 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01894  hypothetical protein  28.87 
 
 		 463 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1469  GntR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 413 aa  80.5  0.00000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1080  putative transcriptional regulator, GntR family  24.49 
 
 		 401 aa  79.3  0.0000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1892  GntR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 477 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1434  putative transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 400 aa  79.3  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1853  transcriptional regulator  25.8 
 
 		 480 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.406204  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1411  aminotransferase class I and II  25.58 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2454  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 481 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 473 aa  77.4  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0752  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 476 aa  77.4  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.743264  normal  0.0151878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 487 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1518  aminotransferase class I and II  26.41 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.489896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4517  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.15 
 
 		 471 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10910  putative transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 394 aa  76.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1356  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 477 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1049  putative GntR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 389 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  24.94 
 
 		 469 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3118  putative transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 		 426 aa  75.5  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1240  transcriptional regulator  22.56 
 
 		 478 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 469 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1563  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 398 aa  75.5  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.850295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2129  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 469 aa  75.1  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.98832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2226  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.53 
 
 		 470 aa  74.7  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5809  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3845  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0643  aminotransferase class I and II  24.93 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2513  aminotransferase  28.57 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.111112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1964  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3876  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.55 
 
 		 476 aa  73.6  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3927  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 477 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.510298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2744  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.37 
 
 		 483 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2120  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.265686 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3004  aminotransferase, class I and II  24.82 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.184923  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1904  aminotransferase, class I and II  26.2 
 
 		 392 aa  72.8  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0871  putative GntR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.707228 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3874  GntR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4495  GntR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 469 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0415  GntR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 520 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1992  transcriptional regulator, GntR family  23.4 
 
 		 480 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0394003  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3337  transcriptional regulator, GntR family  25.46 
 
 		 480 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.157491  hitchhiker  0.0000000000000475852 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 478 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0959  hypothetical protein  27.24 
 
 		 500 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3951  aminotransferase, class I and II  25.76 
 
 		 421 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0704499  normal  0.333017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3278  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 401 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6594  putative transcriptional regulator, GntR family  23.72 
 
 		 398 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.394989  normal  0.110882 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10530  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 471 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  27.49 
 
 		 469 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07291  aminotransferases class-I  23.5 
 
 		 392 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.122313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 469 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07271  aminotransferases class-I  23.08 
 
 		 392 aa  71.2  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.232753  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0708  transcriptional regulator  23.88 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.471024  normal  0.529403 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>