More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2142 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2142  corrinoid protein  100 
 
 
184 aa  372  1e-102  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0142295  normal  0.350048 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1503  dimethylamine corrinoid protein  55.47 
 
 
217 aa  135  5e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.153126  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1368  trimethylamine corrinoid protein  53.66 
 
 
216 aa  127  8.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000000000818926  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2310  trimethylamine corrinoid protein  53.66 
 
 
216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00299987  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  48.39 
 
 
804 aa  104  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  49.19 
 
 
801 aa  104  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3604  dimethylamine corrinoid protein  47.11 
 
 
214 aa  103  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.220504 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1501  dimethylamine corrinoid protein  47.11 
 
 
208 aa  102  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000126339  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  47.58 
 
 
806 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  46.03 
 
 
804 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  46.4 
 
 
804 aa  99  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2288  dimethylamine corrinoid protein  45.08 
 
 
168 aa  99  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.974802  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  43.75 
 
 
813 aa  97.8  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4325  methyltransferase cognate corrinoid protein  41.3 
 
 
214 aa  97.8  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1365  dimethylamine corrinoid protein  45.08 
 
 
251 aa  97.1  1e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000308359  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  43.75 
 
 
811 aa  97.1  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1212  methionine synthase  47.01 
 
 
224 aa  95.5  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.807396  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1110  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.55 
 
 
208 aa  95.1  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  42.74 
 
 
841 aa  94.7  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  42.19 
 
 
218 aa  94.4  9e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19540  predicted cobalamin binding protein  44.44 
 
 
219 aa  93.2  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.109769  hitchhiker  0.00000629767 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25850  predicted cobalamin binding protein  43.75 
 
 
217 aa  93.2  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0418  cobalamin-dependent methionine synthase, B12-binding  41.13 
 
 
220 aa  93.2  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3199  Methionine synthase B12-binding module cap domain protein  40.48 
 
 
212 aa  90.1  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  42.98 
 
 
800 aa  90.5  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2641  cobalamin B12-binding domain protein  44.63 
 
 
210 aa  88.6  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  39.37 
 
 
839 aa  88.2  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1548  homocysteine S-methyltransferase  42.52 
 
 
804 aa  87  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0662443  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0024  methyltransferase cognate corrinoid protein  42.86 
 
 
220 aa  85.9  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1442  homocysteine S-methyltransferase  43.2 
 
 
802 aa  85.1  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.195548  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  42.15 
 
 
804 aa  84.7  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0729  Methionine synthase  42.98 
 
 
212 aa  84  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.342972  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0075  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.42 
 
 
219 aa  84  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.916725  normal  0.540278 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2582  Methionine synthase  41.6 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.242133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2116  corrinoid methyltransferase  39.86 
 
 
209 aa  83.2  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00601394  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1073  methionine synthase  35.29 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.234469  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1827  cobalamin B12-binding domain-containing protein  39.42 
 
 
219 aa  83.6  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2784  cobalamin B12-binding protein  40.17 
 
 
221 aa  82.4  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0108719  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0840  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.96 
 
 
219 aa  82.8  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4872  cobalamin B12-binding domain protein  42.99 
 
 
210 aa  82  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  36.02 
 
 
807 aa  81.6  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1729  Methionine synthase  43.64 
 
 
210 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1732  Methionine synthase  43.64 
 
 
210 aa  80.9  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15360  Methionine synthase  41.82 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1206  cobalamin B12-binding  35.38 
 
 
224 aa  79.7  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.136661  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1208  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  40.74 
 
 
210 aa  80.1  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116164  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0597  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.21 
 
 
218 aa  79  0.00000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4337  cobalamin B12-binding domain-containing protein  40.52 
 
 
326 aa  79  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.125438  normal  0.389787 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0707  methionine synthase  33.82 
 
 
232 aa  79  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.784551  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0476  homocysteine S-methyltransferase  37.5 
 
 
818 aa  78.2  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0411261 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  34.06 
 
 
791 aa  78.2  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2122  putative dimethylamine corrinoid protein  33.09 
 
 
232 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.154357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0797  methionine synthase  33.09 
 
 
232 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.310628  normal  0.286279 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1827  cobalamin B12-binding domain protein  39.17 
 
 
213 aa  77.8  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  38.98 
 
 
804 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4641  cobalamin B12-binding domain protein  42.86 
 
 
213 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1776  methionine synthase  30.83 
 
 
232 aa  75.1  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.011957 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2550  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  33.09 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1858  homocysteine S-methyltransferase  33.76 
 
 
803 aa  74.7  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2115  methionine synthase (B12-dependent)  36.84 
 
 
841 aa  73.9  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.356238  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  37.19 
 
 
607 aa  74.3  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4611  cobalamin B12-binding domain protein  43.44 
 
 
210 aa  73.2  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.855843  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1470  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  34.33 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  33.33 
 
 
768 aa  72  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  37.38 
 
 
216 aa  71.6  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.885246  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2941  homocysteine S-methyltransferase  32.54 
 
 
801 aa  70.5  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.651468  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1603  cobalamin B12-binding domain protein  36.43 
 
 
211 aa  70.1  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000910131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  32.64 
 
 
768 aa  69.7  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3881  cobalamin B12-binding domain protein  30.87 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000148578  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0682  homocysteine S-methyltransferase  30.63 
 
 
793 aa  69.3  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0141  homocysteine S-methyltransferase  35.71 
 
 
816 aa  69.3  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000403798  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  31.48 
 
 
780 aa  68.9  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  31.68 
 
 
819 aa  68.9  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2929  cobalamin B12-binding domain protein  35.85 
 
 
216 aa  68.2  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000012726  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2567  cobalamin B12-binding domain protein  35.71 
 
 
206 aa  67.8  0.00000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474708  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3658  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.07 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.435157  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0387  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  32.52 
 
 
207 aa  67.8  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.682962  normal  0.201782 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1316  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  32.52 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.518339 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  38.74 
 
 
217 aa  67.4  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1835  cobalamin B12-binding domain protein  38.05 
 
 
212 aa  67  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3886  cobalamin B12-binding domain protein  36.13 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000310147  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1605  cobalamin B12-binding domain protein  35.09 
 
 
212 aa  65.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000212682  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1895  cobalamin B12-binding domain protein  39.34 
 
 
209 aa  65.5  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  35.4 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1107  cobalamin B12-binding domain protein  37.7 
 
 
210 aa  65.5  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3634  monomethylamine corrinoid protein  33.87 
 
 
217 aa  63.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0842  monomethylamine corrinoid protein  33.87 
 
 
217 aa  63.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2368  cobalamin B12-binding domain protein  35 
 
 
213 aa  62.8  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0740  methanol corrinoid protein  30.2 
 
 
258 aa  62.8  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.970556 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1063  methanol corrinoid protein  31.43 
 
 
258 aa  62.4  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2133  methionine synthase  32.86 
 
 
1169 aa  62.4  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0539  cobalamin B12-binding domain protein  32.5 
 
 
218 aa  62.4  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1041  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.43 
 
 
211 aa  61.6  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.388992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0845  monomethylamine corrinoid protein  33.91 
 
 
217 aa  61.6  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  31.45 
 
 
774 aa  61.6  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1304  cobalamin B12-binding domain protein  29.17 
 
 
216 aa  61.2  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.533951  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  35.87 
 
 
226 aa  60.5  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23490  methionine synthase (B12-dependent)  33.33 
 
 
820 aa  60.8  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.136684  hitchhiker  0.0000158862 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0195  cobalamin B12-binding domain protein  32.19 
 
 
218 aa  60.1  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00543164  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1854  methionine synthase  33.06 
 
 
1154 aa  59.7  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.516902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>