More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1436 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1436  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  569  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.580243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3684  IclR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 254 aa  310  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3330  transcriptional regulator, IclR family  48 
 
 		 264 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4439  IclR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325495  normal  0.819621 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1648  regulatory proteins, IclR  45.6 
 
 		 270 aa  223  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.140229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1846  IclR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 263 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.762112  normal  0.100833 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0267  IclR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000958449 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1079  IclR family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 256 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.160776  normal  0.539757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3689  transcriptional regulator, IclR family  43.2 
 
 		 250 aa  205  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000176782  hitchhiker  0.0000000000718636 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4359  IclR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274629  normal  0.552414 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5034  regulatory protein, IclR  42.21 
 
 		 255 aa  201  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4269  IclR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0275811  normal  0.187391 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1220  IclR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 294 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3802  IclR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 256 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4232  IclR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 256 aa  198  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1629  IclR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.632247 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4390  IclR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5965  IclR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3977  IclR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0259403  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4414  transcriptional regulator, IclR family  40.64 
 
 		 255 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4304  transcriptional regulator, IclR family  40.64 
 
 		 255 aa  196  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2383  transcriptional regulator, IclR family  37.8 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  37.96 
 
 		 267 aa  180  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20200  transcriptional regulator, IclR family  36.8 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0440  IclR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 267 aa  172  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1902  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  38.49 
 
 		 273 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.924992  normal  0.294283 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5886  transcriptional regulator, IclR family  37.8 
 
 		 252 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6800  transcriptional regulator, IclR family  37.4 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  40.76 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  37.8 
 
 		 256 aa  168  8e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  37.4 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6121  transcriptional regulator IclR family  34.55 
 
 		 268 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2991  IclR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 280 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.437986 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5019  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  37.6 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.563485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3721  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  36.99 
 
 		 251 aa  159  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2609  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 256 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  0.0160268 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 280 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3216  IclR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 256 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3116  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  32.8 
 
 		 256 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0906  regulatory proteins, IclR  38.24 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2154  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.935715 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  36.03 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4014  regulatory proteins, IclR  36.03 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.604486  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0622  transcriptional regulator, IclR family  38.25 
 
 		 268 aa  152  5.9999999999999996e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440212  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  38.43 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5091  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.36 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7933  transcriptional regulator  37.29 
 
 		 267 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.829715  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  37.66 
 
 		 267 aa  149  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  35.2 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.2 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  36.03 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2199  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.03 
 
 		 273 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.745324  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  38.18 
 
 		 269 aa  145  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.12 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.12 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.12 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.12 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01930  transcriptional regulator PcaR  38.4 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.676687 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0233  transcriptional regulator PcaR  38 
 
 		 281 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1123  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  33.88 
 
 		 258 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  38.24 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 275 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4070  IclR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 274 aa  135  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  35.51 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3497  IclR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 267 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  32.51 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 267 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  33.99 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2586  IclR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.556667  normal  0.947412 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5311  regulatory protein, IclR  31.89 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  32.65 
 
 		 278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  30.43 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  33.06 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  30.59 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4436  transcriptional regulator, IclR family  31.37 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 278 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 263 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5918  IclR family transcriptional regulator family  30.27 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>