57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0601 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  47.13 
 
 		 1201 aa  748    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  43.06 
 
 		 1173 aa  771    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  100 
 
 		 1193 aa  2421    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  50.8 
 
 		 1128 aa  993    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  44.81 
 
 		 1172 aa  773    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  55.86 
 
 		 1231 aa  911    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  46.28 
 
 		 1229 aa  931    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  47.48 
 
 		 1164 aa  761    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  47.36 
 
 		 1186 aa  763    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  55.97 
 
 		 1153 aa  1161    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  54.52 
 
 		 1118 aa  1124    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  41.19 
 
 		 1167 aa  758    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  51.34 
 
 		 1177 aa  1043    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  54.89 
 
 		 1118 aa  1139    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  45.41 
 
 		 1214 aa  877    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  46.57 
 
 		 1101 aa  878    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  44.61 
 
 		 1253 aa  851    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  47.49 
 
 		 1165 aa  785    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  49.68 
 
 		 1144 aa  758    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  62.05 
 
 		 1181 aa  1342    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  42.9 
 
 		 1202 aa  839    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  27.37 
 
 		 485 aa  161  6e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  27.93 
 
 		 484 aa  142  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  27.53 
 
 		 481 aa  140  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  26.19 
 
 		 480 aa  139  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  25.67 
 
 		 505 aa  140  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  25 
 
 		 493 aa  139  4e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  23.5 
 
 		 493 aa  138  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  23.5 
 
 		 493 aa  138  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  26.6 
 
 		 482 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  25.41 
 
 		 493 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  24.16 
 
 		 492 aa  132  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  25.24 
 
 		 481 aa  132  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  24.32 
 
 		 480 aa  124  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  25.88 
 
 		 513 aa  120  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  24.96 
 
 		 497 aa  114  8.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.49 
 
 		 459 aa  80.5  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  22.4 
 
 		 515 aa  57  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1778  trehalose synthase  25.86 
 
 		 558 aa  54.3  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  24.87 
 
 		 595 aa  52.4  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  32.38 
 
 		 467 aa  51.6  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  22.14 
 
 		 541 aa  50.8  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  19.74 
 
 		 478 aa  50.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  22.39 
 
 		 541 aa  50.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1210  alpha amylase, catalytic region  20.71 
 
 		 460 aa  48.5  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  28.16 
 
 		 667 aa  48.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4246  alpha amylase catalytic region  22.48 
 
 		 593 aa  48.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.286976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  24.74 
 
 		 547 aa  46.6  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4288  alpha amylase catalytic region  33 
 
 		 588 aa  46.6  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.240212  normal  0.162413 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1141  alpha amylase, catalytic region  20.89 
 
 		 422 aa  46.6  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4127  Alpha amylase, catalytic region  21.2 
 
 		 545 aa  46.2  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3205  alpha amylase catalytic region  21.65 
 
 		 583 aa  45.4  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00323479  normal  0.589076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02470  Alpha-glucosidase  23.53 
 
 		 576 aa  45.4  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.914818  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0578  trehalose-6-phosphate hydrolase  29.67 
 
 		 556 aa  45.1  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  25.32 
 
 		 549 aa  45.1  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1924  glucan 1,6-alpha-glucosidase  28.93 
 
 		 535 aa  45.4  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0587  alpha amylase catalytic region  22.87 
 
 		 552 aa  44.7  0.01  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.504326 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>