54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2918 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  46.89 
 
 		 1201 aa  780    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  45.23 
 
 		 1214 aa  884    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  46.75 
 
 		 1253 aa  851    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  57.75 
 
 		 1118 aa  1196    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  56.49 
 
 		 1118 aa  1182    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  47.92 
 
 		 1186 aa  778    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  50.73 
 
 		 1164 aa  792    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  46.99 
 
 		 1173 aa  796    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  52.15 
 
 		 1128 aa  1021    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  42.94 
 
 		 1172 aa  790    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  55.44 
 
 		 1231 aa  929    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  55.53 
 
 		 1229 aa  920    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  59.33 
 
 		 1153 aa  1268    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  48.62 
 
 		 1167 aa  791    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  48.53 
 
 		 1101 aa  939    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  48.98 
 
 		 1165 aa  824    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  52.34 
 
 		 1177 aa  1069    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  48.51 
 
 		 1144 aa  770    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  61.92 
 
 		 1193 aa  1369    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  45.41 
 
 		 1202 aa  868    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 1181 aa  2392    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  29.41 
 
 		 485 aa  161  5e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  27.27 
 
 		 482 aa  143  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  24.9 
 
 		 493 aa  142  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  28.97 
 
 		 481 aa  139  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  24.13 
 
 		 505 aa  136  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  28.03 
 
 		 493 aa  136  3e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  25.53 
 
 		 484 aa  135  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  25 
 
 		 492 aa  132  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  24.6 
 
 		 480 aa  131  7.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  23.51 
 
 		 493 aa  128  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  23.51 
 
 		 493 aa  128  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  24.74 
 
 		 513 aa  122  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  25.12 
 
 		 481 aa  121  9e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  23.25 
 
 		 480 aa  112  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  24.03 
 
 		 497 aa  105  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.01 
 
 		 459 aa  80.9  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1778  trehalose synthase  25.7 
 
 		 558 aa  61.6  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  20.44 
 
 		 467 aa  57.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14740  alpha amylase  22.8 
 
 		 515 aa  58.2  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0597647  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  20.24 
 
 		 478 aa  56.2  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  25.26 
 
 		 547 aa  50.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3225  alpha amylase catalytic region  28.87 
 
 		 564 aa  51.2  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262228  hitchhiker  0.0000603449 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0138  alpha amylase, catalytic region  30.3 
 
 		 732 aa  48.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0587  alpha amylase catalytic region  21.8 
 
 		 552 aa  46.6  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.504326 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0578  trehalose-6-phosphate hydrolase  33.71 
 
 		 556 aa  46.6  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3708  alpha amylase catalytic region  24.11 
 
 		 521 aa  45.8  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  21.5 
 
 		 541 aa  45.8  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2274  alpha amylase catalytic region  33.96 
 
 		 614 aa  45.8  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0525857 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  21.95 
 
 		 541 aa  45.8  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1172  alpha amylase domain-containing protein  23.1 
 
 		 1095 aa  45.8  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1210  alpha amylase, catalytic region  30 
 
 		 460 aa  45.8  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  27.33 
 
 		 665 aa  45.1  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0874  trehalose synthase  25.18 
 
 		 591 aa  44.7  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.214789 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>