53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0468 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  46.02 
 
 
1193 aa  769    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  42.39 
 
 
1214 aa  790    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  43.96 
 
 
1253 aa  790    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  41.3 
 
 
1118 aa  780    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  46.96 
 
 
1118 aa  771    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
1186 aa  2452    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  56.34 
 
 
1164 aa  1309    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  52.77 
 
 
1173 aa  1269    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  44.29 
 
 
1128 aa  751    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  60.09 
 
 
1172 aa  1437    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  46.77 
 
 
1231 aa  833    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  47.11 
 
 
1229 aa  837    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  47.04 
 
 
1153 aa  757    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  63.74 
 
 
1167 aa  1541    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  47.92 
 
 
1181 aa  768    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  40.86 
 
 
1177 aa  752    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  44.88 
 
 
1201 aa  778    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  67.41 
 
 
1144 aa  1593    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  48.81 
 
 
1101 aa  729    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  66.16 
 
 
1165 aa  1613    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  47.77 
 
 
1202 aa  851    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  25.48 
 
 
485 aa  147  1e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  25.1 
 
 
482 aa  145  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  24.77 
 
 
480 aa  144  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  25.86 
 
 
493 aa  139  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  24.71 
 
 
505 aa  136  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  23.64 
 
 
493 aa  130  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  23.64 
 
 
493 aa  130  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  23.96 
 
 
481 aa  127  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  26.28 
 
 
492 aa  126  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  23.87 
 
 
480 aa  126  3e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  24.03 
 
 
484 aa  122  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  22.4 
 
 
481 aa  123  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  22.76 
 
 
513 aa  114  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  24.58 
 
 
493 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  24.46 
 
 
497 aa  101  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  21.97 
 
 
459 aa  64.3  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  23.13 
 
 
574 aa  52  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  30.99 
 
 
426 aa  50.4  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1504  alpha amylase catalytic region  20.95 
 
 
728 aa  50.4  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.496352 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  32.38 
 
 
1021 aa  49.7  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0138  alpha amylase, catalytic region  27.78 
 
 
732 aa  49.7  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  29 
 
 
426 aa  49.3  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1404  Alpha amylase, catalytic region  22.65 
 
 
1100 aa  49.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  22.77 
 
 
526 aa  48.9  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1052  alpha amylase catalytic region  21.03 
 
 
674 aa  46.6  0.003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  22.36 
 
 
499 aa  45.8  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3225  alpha amylase catalytic region  23.05 
 
 
564 aa  45.4  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262228  hitchhiker  0.0000603449 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  30.93 
 
 
467 aa  45.1  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0014  alpha amylase, catalytic region  24.5 
 
 
595 aa  45.1  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.328102 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1141  alpha amylase, catalytic region  26.21 
 
 
422 aa  45.1  0.008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1179  alpha amylase catalytic region  26.21 
 
 
422 aa  44.7  0.009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2807  malto-oligosyltrehalose synthase  27.03 
 
 
732 aa  45.1  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.212302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>