47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0363 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  44.81 
 
 
1193 aa  774    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  41.24 
 
 
1214 aa  820    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  48.19 
 
 
1253 aa  803    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  47.73 
 
 
1118 aa  798    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  47.61 
 
 
1118 aa  783    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  59.83 
 
 
1186 aa  1418    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  56.97 
 
 
1164 aa  1293    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  55.12 
 
 
1173 aa  1286    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  46.97 
 
 
1128 aa  730    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
1172 aa  2442    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  48.48 
 
 
1231 aa  860    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  48.75 
 
 
1229 aa  859    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  47.85 
 
 
1153 aa  757    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  61.18 
 
 
1167 aa  1453    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  45.88 
 
 
1201 aa  783    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  48.17 
 
 
1101 aa  737    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  44.67 
 
 
1177 aa  781    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  59.43 
 
 
1165 aa  1429    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  60.69 
 
 
1144 aa  1397    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  49.88 
 
 
1202 aa  862    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  52.3 
 
 
1181 aa  773    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  26.48 
 
 
505 aa  144  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  25.95 
 
 
485 aa  144  9.999999999999999e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  26.28 
 
 
482 aa  142  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  25.86 
 
 
493 aa  137  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  23.85 
 
 
480 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  26.21 
 
 
492 aa  128  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  25.89 
 
 
481 aa  125  5e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  23.7 
 
 
480 aa  121  6e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  23.8 
 
 
493 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  23.8 
 
 
493 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  22.99 
 
 
484 aa  120  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  23.08 
 
 
513 aa  119  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  25.11 
 
 
493 aa  119  3e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  23.27 
 
 
481 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  25.12 
 
 
497 aa  96.3  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  22.08 
 
 
459 aa  69.7  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  27.22 
 
 
630 aa  48.9  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  31.63 
 
 
1021 aa  48.9  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1504  alpha amylase catalytic region  22.84 
 
 
728 aa  47.8  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.496352 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09700  alpha amylase  30.69 
 
 
426 aa  48.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  22.11 
 
 
574 aa  47.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2807  malto-oligosyltrehalose synthase  32.32 
 
 
732 aa  46.6  0.003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.212302  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  28.38 
 
 
467 aa  46.2  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  31.48 
 
 
557 aa  45.8  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0587  alpha amylase catalytic region  25 
 
 
552 aa  45.4  0.006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.504326 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3225  alpha amylase catalytic region  28.1 
 
 
564 aa  44.7  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262228  hitchhiker  0.0000603449 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>