46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0695 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  44.88 
 
 
1201 aa  765    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  43.45 
 
 
1214 aa  863    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  45.45 
 
 
1253 aa  843    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
1118 aa  2295    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  96.24 
 
 
1118 aa  2185    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  44.23 
 
 
1186 aa  782    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  41.53 
 
 
1164 aa  780    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  40.99 
 
 
1173 aa  784    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  51.94 
 
 
1128 aa  1014    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  47.73 
 
 
1172 aa  805    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  53.81 
 
 
1231 aa  902    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  54.06 
 
 
1229 aa  905    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  56.82 
 
 
1153 aa  1203    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  44.67 
 
 
1167 aa  770    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  46.03 
 
 
1144 aa  766    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  54.6 
 
 
1193 aa  1143    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  47.24 
 
 
1101 aa  886    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  44.95 
 
 
1165 aa  811    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  51.15 
 
 
1177 aa  1045    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  57.75 
 
 
1181 aa  1178    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  43.91 
 
 
1202 aa  879    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  27.87 
 
 
485 aa  155  5e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  25 
 
 
492 aa  146  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  27.49 
 
 
482 aa  145  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  27.96 
 
 
481 aa  141  7e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  27 
 
 
493 aa  140  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  25.21 
 
 
505 aa  139  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  27.58 
 
 
484 aa  135  3.9999999999999996e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  25.32 
 
 
480 aa  132  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  23.2 
 
 
493 aa  132  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  23.2 
 
 
493 aa  132  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  25.55 
 
 
493 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  23.22 
 
 
513 aa  117  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  24.71 
 
 
481 aa  115  3e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  24.25 
 
 
480 aa  116  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  23.98 
 
 
497 aa  112  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.22 
 
 
459 aa  81.6  0.00000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  23.51 
 
 
467 aa  57  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1778  trehalose synthase  24.93 
 
 
558 aa  53.5  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5485  malto-oligosyltrehalose synthase  32.28 
 
 
920 aa  48.5  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102779 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  22.82 
 
 
574 aa  48.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4387  malto-oligosyltrehalose synthase  25.9 
 
 
944 aa  47.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.454726 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3225  alpha amylase catalytic region  28.65 
 
 
564 aa  45.8  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262228  hitchhiker  0.0000603449 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  24.8 
 
 
547 aa  45.8  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2605  alpha amylase family protein  20.42 
 
 
420 aa  44.7  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.242593  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36605  maltooligosyl trehalose synthase  29.61 
 
 
926 aa  44.7  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.728588 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>