48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_3212 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1485  alpha amylase, catalytic region  51.74 
 
 
1229 aa  886    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0695  alpha amylase catalytic region  50.78 
 
 
1118 aa  1037    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000568993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0683  alpha amylase catalytic region  51.13 
 
 
1118 aa  1037    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000715113  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0468  alpha amylase catalytic region  50.12 
 
 
1186 aa  764    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.304689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1778  alpha amylase catalytic region  49.45 
 
 
1164 aa  762    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.288159  decreased coverage  0.00472936 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1982  alpha amylase catalytic region  48.64 
 
 
1173 aa  754    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.112742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3212  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
1128 aa  2311    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0363  alpha amylase catalytic region  45.22 
 
 
1172 aa  753    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0898121  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2077  alpha amylase catalytic region  51.53 
 
 
1231 aa  884    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3591  alpha amylase, catalytic region  50.9 
 
 
1153 aa  1039    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.613742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0431  alpha amylase, catalytic region  45.68 
 
 
1167 aa  741    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0517  alpha amylase, catalytic region  55.49 
 
 
1177 aa  1126    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.824032  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0263  alpha amylase domain-containing protein  41.46 
 
 
1144 aa  742    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.250849  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2678  alpha-amylase family protein  47.04 
 
 
1201 aa  775    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00868845  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0601  alpha amylase family protein  49.83 
 
 
1193 aa  1026    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1970  alpha amylase catalytic region  46.15 
 
 
1214 aa  870    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0403753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2955  alpha amylase  44.74 
 
 
1101 aa  851    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1717  alpha amylase domain-containing protein  46.52 
 
 
1165 aa  781    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00712289  normal  0.510811 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  44.54 
 
 
1253 aa  790    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2918  Alpha amylase, catalytic region  51.44 
 
 
1181 aa  1024    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402936 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1492  alpha amylase  43.13 
 
 
1202 aa  840    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0018  alpha amylase catalytic region  28.26 
 
 
485 aa  154  7e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2220  alpha amylase catalytic region  25.18 
 
 
480 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0792  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 
482 aa  140  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1727  alpha amylase catalytic region  24.51 
 
 
493 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1684  alpha amylase catalytic region  26.15 
 
 
481 aa  134  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0673  alpha amylase, catalytic region  26.03 
 
 
505 aa  134  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2152  alpha amylase catalytic region  22.87 
 
 
493 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.866439 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2108  alpha amylase catalytic region  22.87 
 
 
493 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0407  alpha amylase, catalytic region  26.7 
 
 
492 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1416  alpha amylase domain-containing protein  25.12 
 
 
481 aa  126  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0452  alpha amylase domain-containing protein  24.26 
 
 
480 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0323789  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0386  alpha amylase, catalytic region  24.56 
 
 
493 aa  120  9.999999999999999e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4079  alpha amylase  24.21 
 
 
513 aa  116  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.348017  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3748  alpha amylase catalytic region  24.7 
 
 
484 aa  117  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5268  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 
497 aa  101  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1813  alpha amylase catalytic region  24.74 
 
 
459 aa  71.2  0.00000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2541  alpha amylase catalytic region  23.1 
 
 
467 aa  53.9  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0134925 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05105  alpha-amylase, putative  19.59 
 
 
478 aa  51.2  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.289074  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3144  maltooligosyl trehalose synthase  39.24 
 
 
926 aa  50.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1579  alpha amylase catalytic region  22.49 
 
 
543 aa  50.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125982 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1713  alpha amylase catalytic region  33.82 
 
 
426 aa  49.3  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0746329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36605  maltooligosyl trehalose synthase  37.97 
 
 
926 aa  48.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2995  maltooligosyl trehalose synthase  34.55 
 
 
927 aa  47.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.506264  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0587  alpha amylase catalytic region  23.49 
 
 
552 aa  46.6  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.504326 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1637  alpha amylase catalytic region  23.33 
 
 
574 aa  47.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3128  glycosyl hydrolase, family 13  33.64 
 
 
927 aa  46.2  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216246  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3225  alpha amylase catalytic region  26.67 
 
 
564 aa  45.1  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262228  hitchhiker  0.0000603449 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>