87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3063 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3063  NHL repeat containing protein  100 
 
 		 488 aa  982    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.440395 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4391  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  55.79 
 
 		 487 aa  524  1e-147  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454131  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3061  NHL repeat containing protein  42.63 
 
 		 433 aa  315  9.999999999999999e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2816  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.13 
 
 		 612 aa  286  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7910  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.58 
 
 		 525 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0157522  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1618  hypothetical protein  30.7 
 
 		 428 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0613735  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1899  hypothetical protein  31.63 
 
 		 428 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.317595  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1033  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.3 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.877554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0889  L-sorbosone dehydrogenase, putative  25.3 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.167597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3613  L-sorbosone dehydrogenase  26.18 
 
 		 430 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3110  L-sorbosone dehydrogenase  26.18 
 
 		 430 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1954  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  25.73 
 
 		 433 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.051744  normal  0.930845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03080  L-sorbosone dehydrogenase  31.09 
 
 		 445 aa  55.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4189  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.6 
 
 		 373 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  28.23 
 
 		 363 aa  55.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000245782  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1015  NHL repeat-containing protein  31.9 
 
 		 438 aa  55.1  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2827  L-sorbosone dehydrogenase  26.26 
 
 		 430 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1510  L-sorbosone dehydrogenase  32.76 
 
 		 384 aa  53.5  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.147388  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3219  L-sorbosone dehydrogenase, putative  27.4 
 
 		 386 aa  53.5  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00839547  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0941  L-sorbosone dehydrogenase, putative  23.29 
 
 		 361 aa  53.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0785845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0906  L-sorbosone dehydrogenase  31.05 
 
 		 447 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0291  cytochrome c, class I  30.64 
 
 		 546 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.85938 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0624  L-sorbosone dehydrogenase  24.92 
 
 		 460 aa  52.4  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47060  L-sorbosone dehydrogenase  35 
 
 		 440 aa  52.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0627  glucose sorbosone dehydrogenase  24.85 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.308519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0415  NHL repeat-containing protein  25.17 
 
 		 416 aa  51.6  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.96309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1425  NHL repeat-containing protein  30.99 
 
 		 446 aa  50.4  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1406  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  24.38 
 
 		 587 aa  50.8  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.748943 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4899  L-sorbosone dehydrogenase  28.93 
 
 		 447 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2541  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  33.33 
 
 		 391 aa  50.4  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3687  L-sorbosone dehydrogenase  25.37 
 
 		 430 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3326  glucose sorbosone dehydrogenase  27.35 
 
 		 394 aa  50.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3737  glucose/sorbosone dehydrogenase-like  29.1 
 
 		 466 aa  49.7  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1787  L-sorbosone dehydrogenase  25.1 
 
 		 430 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409847  hitchhiker  0.00688825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2748  putative L-sorbosone dehydrogenase  29.12 
 
 		 437 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.970962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0781  L-sorbosone dehydrogenase  25.21 
 
 		 473 aa  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0550  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.55 
 
 		 388 aa  48.5  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.123721 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0336  hypothetical protein  24.23 
 
 		 502 aa  48.1  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1171  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  38.16 
 
 		 491 aa  47.8  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1781  putative membrane-anchored oxidoreductase, L-sorbosone dehydrogenase  31.71 
 
 		 485 aa  47.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.368311  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2067  putative L-sorbosone dehydrogenase (SNDH)  33.13 
 
 		 456 aa  47.4  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0428  putative membrane-anchored oxidoreductase  31.52 
 
 		 485 aa  47.4  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5608  putative L-sorbosone dehydrogenase protein  37.5 
 
 		 525 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.759477  hitchhiker  0.00328711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2845  L-sorbosone dehydrogenase  31.93 
 
 		 439 aa  47  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0193  L-sorbosone dehydrogenase, putative  31.06 
 
 		 379 aa  47.4  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4522  glucose sorbosone dehydrogenase  29.38 
 
 		 423 aa  47.4  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2640  putative L-sorbosone dehydrogenase  28.21 
 
 		 451 aa  47  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.532913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2302  L-sorbosone dehydrogenase  25.73 
 
 		 430 aa  47  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.586035 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2920  L-sorbosone dehydrogenase  30.43 
 
 		 448 aa  46.6  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00641513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33480  L-sorbosone dehydrogenase  34.34 
 
 		 439 aa  46.6  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334174  normal  0.0461454 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2978  putative membrane-bound dehydrogenase  29.52 
 
 		 394 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0356498 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3234  NHL repeat containing protein  31.06 
 
 		 446 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1108  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  25 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0737  L-sorbosone dehydrogenase  28.68 
 
 		 454 aa  45.8  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.684537  normal  0.09388 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2815  hypothetical protein  30.32 
 
 		 363 aa  45.8  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2684  hypothetical protein  31.08 
 
 		 363 aa  45.4  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1682  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  28.83 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.334318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3274  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  25.18 
 
 		 602 aa  45.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.603127  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0932  putative membrane-bound dehydrogenase oxidoreductase protein  31.58 
 
 		 357 aa  45.8  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0678662 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2771  L-sorbosone dehydrogenase  29.75 
 
 		 381 aa  45.8  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.069543  normal  0.0541194 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10028  L-sorbosone dehydrogenase  28.57 
 
 		 421 aa  45.1  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1270  L-sorbosone dehydrogenase  35.56 
 
 		 454 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.315721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0780  L-sorbosone dehydrogenase, putative  24.89 
 
 		 387 aa  45.1  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.695554  hitchhiker  0.00000105496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2392  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.97 
 
 		 448 aa  45.1  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  30.41 
 
 		 1505 aa  45.4  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1002  NHL repeat-containing protein  31.4 
 
 		 363 aa  44.7  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465909 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0795  L-sorbosone dehydrogenase  32.3 
 
 		 447 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1639  L-sorbosone dehydrogenase  25.59 
 
 		 437 aa  44.7  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0496  putative glucose/sorbosone dehydrogenase  27.61 
 
 		 428 aa  44.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0409715  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0535  NHL repeat-containing protein  24.35 
 
 		 642 aa  44.7  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000386483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4756  putative membrane-anchored oxidoreductase  35 
 
 		 514 aa  44.7  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.931311  normal  0.0309571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1005  putative membrane-bound dehydrogenase  30.25 
 
 		 394 aa  44.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.37654 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0395  L-sorbosone dehydrogenase  29.28 
 
 		 446 aa  44.3  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1010  PKD domain-containing protein  25.57 
 
 		 342 aa  44.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.234047 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1991  blue (type 1) copper domain protein  38.71 
 
 		 766 aa  44.3  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2796  L-sorbosone dehydrogenase  28.99 
 
 		 448 aa  44.3  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3024  L-sorbosone dehydrogenase  29.47 
 
 		 448 aa  44.3  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2048  L-sorbosone dehydrogenase, putative  23.79 
 
 		 367 aa  43.9  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.228554  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3898  L-sorbosone dehydrogenase, putative  26.4 
 
 		 391 aa  43.9  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3490  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  29.44 
 
 		 371 aa  43.9  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2980  oxidoreductase, putative  29.29 
 
 		 398 aa  43.9  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1469  NHL repeat containing protein  27.61 
 
 		 439 aa  43.5  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12340  glucose/sorbosone dehydrogenase  30 
 
 		 1200 aa  43.5  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.217847 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1756  L-sorbosone dehydrogenase  25.28 
 
 		 408 aa  43.5  0.008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.78127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1406  L-sorbosone dehydrogenase  31.13 
 
 		 448 aa  43.5  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.685553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0732  L-sorbosone dehydrogenase  35 
 
 		 452 aa  43.1  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2218  NHL repeat-containing protein  25.48 
 
 		 430 aa  43.1  0.01  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.493276  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>