More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4547 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4547  hypothetical protein  100 
 
 
130 aa  261  3e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.688314  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.19 
 
 
218 aa  166  7e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.07 
 
 
259 aa  145  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.74 
 
 
256 aa  98.2  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
258 aa  92.4  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.21 
 
 
256 aa  88.6  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.21 
 
 
256 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.96 
 
 
256 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.58 
 
 
256 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
262 aa  82.4  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.05 
 
 
256 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.3 
 
 
247 aa  67.4  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1351  dehydrogenase with different specificities  37.84 
 
 
253 aa  66.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.318422  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
253 aa  62.4  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.182902  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
263 aa  62  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
253 aa  62.8  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.851754  normal  0.710684 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0621  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
263 aa  61.2  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.167858  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
264 aa  60.8  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145907  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.61 
 
 
253 aa  60.8  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.42 
 
 
250 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.328906 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1204  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.46 
 
 
258 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
263 aa  59.7  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
239 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01822  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G09150)  43.37 
 
 
285 aa  58.2  0.00000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0173782  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1466  short-chain alcohol dehydrogenase  38.75 
 
 
267 aa  58.2  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137862  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  45 
 
 
516 aa  58.2  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2462  short-chain dehydrogenase  41.46 
 
 
251 aa  57.8  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
279 aa  57.8  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.507862  normal  0.704803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 
259 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
253 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.47277 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
247 aa  57.4  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
256 aa  57.4  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.472606 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.44 
 
 
258 aa  57.4  0.00000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0205678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
253 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2670  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
253 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.243755  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
270 aa  57  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.81 
 
 
277 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
262 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12220  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
250 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.61 
 
 
238 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
250 aa  55.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
290 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
290 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
253 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.398999  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
256 aa  55.8  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  37.35 
 
 
259 aa  55.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  39.76 
 
 
255 aa  56.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
258 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
254 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
253 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1959  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 
271 aa  55.1  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  hitchhiker  0.00037769 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
249 aa  55.5  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
240 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0328303  normal  0.0791888 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
240 aa  55.1  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1182  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.06 
 
 
238 aa  55.5  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.049347  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
258 aa  55.1  0.0000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
244 aa  54.7  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
244 aa  54.3  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
293 aa  54.3  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
266 aa  54.3  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.551106  normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
250 aa  54.3  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
242 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
254 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48 
 
 
268 aa  54.3  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  54.3  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
247 aa  54.3  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.170214  normal  0.189904 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
249 aa  54.3  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2377  short chain dehydrogenase  36.78 
 
 
273 aa  53.9  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0533857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5862  putative 3-ketoacyl-CoA reductase  40.24 
 
 
251 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
290 aa  53.9  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
267 aa  54.3  0.0000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
290 aa  53.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  41.1 
 
 
260 aa  53.5  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
249 aa  53.5  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.506283  normal  0.100596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10840  putative dehydrogenase  43.42 
 
 
250 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000391035  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
255 aa  53.5  0.0000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00771979  normal  0.364643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1914  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.06 
 
 
246 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.225982  unclonable  0.00000025173 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.74 
 
 
247 aa  53.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  37.97 
 
 
291 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
263 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3141  Dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenase)-like protein  42.31 
 
 
339 aa  52.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.754311  normal  0.0847511 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
246 aa  53.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.59 
 
 
252 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
244 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0960196  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
285 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  42.67 
 
 
247 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  44 
 
 
247 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
230 aa  52.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.654307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1490  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.06 
 
 
246 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179868  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.5 
 
 
251 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
251 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
250 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2849  glucose 1-dehydrogenase  43.42 
 
 
245 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.753993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
255 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
253 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
243 aa  52.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198401  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.3 
 
 
292 aa  52.8  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
256 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.438607  normal  0.336746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>