More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3508 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3508  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 181 aa  355  1.9999999999999998e-97  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.130219 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1234  transcriptional regulator NrdR  80.81 
 
 		 186 aa  264  5.999999999999999e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.260775  hitchhiker  0.00672311 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1260  ATP-cone domain protein  72.33 
 
 		 161 aa  230  7.000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0123443  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2431  ATP-cone domain protein  73.47 
 
 		 170 aa  221  4e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.280989  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1569  ATP-cone domain protein  74.66 
 
 		 163 aa  221  6e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.641759  hitchhiker  0.00205986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1586  transcriptional regulator NrdR  69.57 
 
 		 167 aa  219  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00003424 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1477  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like  67.86 
 
 		 170 aa  219  9.999999999999999e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.000394514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1410  transcriptional regulator NrdR  71.62 
 
 		 154 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0529777  decreased coverage  0.0000016727 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1586  transcriptional regulator NrdR  72.3 
 
 		 165 aa  219  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.393261  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1452  transcriptional regulator NrdR  71.62 
 
 		 154 aa  218  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.711361 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23020  transcriptional regulator NrdR  72.11 
 
 		 163 aa  216  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.19394 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4561  ATP-cone domain-containing protein  71.72 
 
 		 156 aa  215  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.353227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2159  transcriptional regulator NrdR  71.34 
 
 		 154 aa  214  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.182099  hitchhiker  0.00422331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2170  transcriptional regulator NrdR  71.34 
 
 		 154 aa  214  4e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.227805  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2216  transcriptional regulator NrdR  71.34 
 
 		 154 aa  214  4e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.152873  normal  0.135951 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2443  transcriptional regulator NrdR  72.19 
 
 		 154 aa  214  4e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.624059  normal  0.233957 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3899  ATP-cone domain protein  69.48 
 
 		 183 aa  213  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1056  ATP-cone domain protein  70.34 
 
 		 153 aa  211  4.9999999999999996e-54  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.863123 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3954  transcriptional regulator NrdR  72.79 
 
 		 154 aa  209  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.564553  normal  0.678519 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13480  transcriptional regulator, NrdR family  67.92 
 
 		 164 aa  209  1e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7130  ATP-cone domain protein  68.03 
 
 		 153 aa  209  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12732  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 154 aa  209  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.810136 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1815  ATP-cone domain protein  70.75 
 
 		 151 aa  209  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0440431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2150  transcriptional regulator NrdR  70.75 
 
 		 153 aa  208  4e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0932637  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10640  transcriptional regulator NrdR  68.21 
 
 		 160 aa  207  7e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.793726  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2224  ATP-cone domain protein  62.13 
 
 		 170 aa  207  7e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.282288  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1810  ATP-cone domain protein  67.32 
 
 		 156 aa  207  9e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.281201  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3977  ATP-cone domain protein  68 
 
 		 178 aa  207  9e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.173663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1432  ATP-cone domain protein  68.24 
 
 		 151 aa  206  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0103266  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1508  ATP-cone domain protein  66.67 
 
 		 163 aa  204  6e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00704462  normal  0.166758 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1585  ATP-cone domain protein  67.57 
 
 		 157 aa  204  6e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3327  ATP-cone domain protein  67.35 
 
 		 167 aa  204  8e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2426  ATP-cone domain-containing protein  66.67 
 
 		 154 aa  202  2e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.747365 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3812  ATP-cone domain-containing protein  61.63 
 
 		 172 aa  202  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.581101  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27580  transcriptional regulator NrdR  64.94 
 
 		 161 aa  202  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17180  transcriptional regulator NrdR  64.15 
 
 		 166 aa  199  1.9999999999999998e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.966193 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0575  transcriptional regulator NrdR  58.62 
 
 		 151 aa  180  1e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0494277 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  49.37 
 
 		 163 aa  147  9e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 150 aa  142  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2835  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 155 aa  141  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0802183  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2927  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 155 aa  141  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  49.02 
 
 		 156 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1748  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0805744  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2732  transcriptional regulator NrdR  48.72 
 
 		 162 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1070  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 150 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 149 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 150 aa  137  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1156  transcriptional regulator NrdR  45.03 
 
 		 153 aa  137  6e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 150 aa  137  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0729  transcriptional regulator NrdR  42.86 
 
 		 165 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0279  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 174 aa  137  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00520187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1623  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 150 aa  136  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000406382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1687  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 150 aa  135  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1244  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 154 aa  134  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000621144  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0475  transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0462  transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0454  transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0517  transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0456  transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1015  transcriptional regulator NrdR  44.97 
 
 		 149 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3470  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 149 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0881  transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  134  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.299789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1095  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 149 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.287796  normal  0.608767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1161  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 149 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.860678  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1095  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 149 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146085  normal  0.938869 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09190  ATP-cone domain protein  40 
 
 		 151 aa  134  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000241232  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0692  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 158 aa  134  9e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.663246  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1510  transcriptional regulator NrdR  39.74 
 
 		 153 aa  134  9e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000423148  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  134  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00361  hypothetical protein  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.489757  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3196  ATP-cone domain protein  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.226098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0444  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3220  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108908 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00365  hypothetical protein  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.376997  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0449  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0484  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0495  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 149 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0793  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 153 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2665  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 153 aa  133  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00143728  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0169  putative transcriptional regulator  67 
 
 		 102 aa  134  9.999999999999999e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0650097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 150 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3251  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 152 aa  132  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0989  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 152 aa  132  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0576  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1623  transcriptional regulator NrdR  43.95 
 
 		 159 aa  132  3e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00056172  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3160  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.166441  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3161  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.769122  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1210  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3304  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.311833  hitchhiker  0.000761879 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0356  transcriptional regulator NrdR  42.86 
 
 		 159 aa  132  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016324  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1380  transcriptional regulator NrdR  45.28 
 
 		 159 aa  131  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0177  ATP-cone domain-containing protein  45.58 
 
 		 152 aa  131  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0157  transcriptional regulator NrdR  40.27 
 
 		 150 aa  131  6e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  45.22 
 
 		 159 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2900  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  130  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.708729  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0125  transcriptional regulator NrdR  38 
 
 		 153 aa  131  6.999999999999999e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.69395  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  45.22 
 
 		 159 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  45.22 
 
 		 159 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>