More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0575 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0575  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 151 aa  311  1.9999999999999998e-84  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0494277 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2431  ATP-cone domain protein  64.14 
 
 		 170 aa  196  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.280989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1477  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like  63.83 
 
 		 170 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.000394514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2150  transcriptional regulator NrdR  59.06 
 
 		 153 aa  194  3e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0932637  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1815  ATP-cone domain protein  64.83 
 
 		 151 aa  193  5.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0440431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1585  ATP-cone domain protein  59.6 
 
 		 157 aa  193  6e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1056  ATP-cone domain protein  58.67 
 
 		 153 aa  192  1e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.863123 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2426  ATP-cone domain-containing protein  61.81 
 
 		 154 aa  191  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.747365 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10640  transcriptional regulator NrdR  60 
 
 		 160 aa  190  5e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.793726  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1586  transcriptional regulator NrdR  60 
 
 		 165 aa  189  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.393261  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4561  ATP-cone domain-containing protein  59.46 
 
 		 156 aa  188  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.353227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7130  ATP-cone domain protein  59.73 
 
 		 153 aa  188  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23020  transcriptional regulator NrdR  59.6 
 
 		 163 aa  188  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.19394 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1810  ATP-cone domain protein  60.69 
 
 		 156 aa  188  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.281201  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3327  ATP-cone domain protein  57.43 
 
 		 167 aa  188  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1569  ATP-cone domain protein  57.33 
 
 		 163 aa  187  2.9999999999999997e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.641759  hitchhiker  0.00205986 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13480  transcriptional regulator, NrdR family  58.62 
 
 		 164 aa  187  2.9999999999999997e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1586  transcriptional regulator NrdR  58 
 
 		 167 aa  188  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00003424 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1260  ATP-cone domain protein  58.62 
 
 		 161 aa  186  7e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0123443  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3899  ATP-cone domain protein  60 
 
 		 183 aa  184  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3812  ATP-cone domain-containing protein  60 
 
 		 172 aa  184  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.581101  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1432  ATP-cone domain protein  57.93 
 
 		 151 aa  181  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0103266  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1234  transcriptional regulator NrdR  58.62 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.260775  hitchhiker  0.00672311 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1508  ATP-cone domain protein  56.55 
 
 		 163 aa  180  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00704462  normal  0.166758 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3508  transcriptional regulator NrdR  58.62 
 
 		 181 aa  180  7e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.130219 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27580  transcriptional regulator NrdR  55.33 
 
 		 161 aa  178  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2443  transcriptional regulator NrdR  57.93 
 
 		 154 aa  179  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.624059  normal  0.233957 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2224  ATP-cone domain protein  57.24 
 
 		 170 aa  177  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.282288  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3954  transcriptional regulator NrdR  57.24 
 
 		 154 aa  177  4.999999999999999e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.564553  normal  0.678519 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1410  transcriptional regulator NrdR  55.86 
 
 		 154 aa  177  5.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0529777  decreased coverage  0.0000016727 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12732  transcriptional regulator NrdR  56.55 
 
 		 154 aa  176  7e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.810136 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1452  transcriptional regulator NrdR  55.86 
 
 		 154 aa  176  9e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.711361 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2159  transcriptional regulator NrdR  57.24 
 
 		 154 aa  175  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.182099  hitchhiker  0.00422331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2170  transcriptional regulator NrdR  57.24 
 
 		 154 aa  175  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.227805  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2216  transcriptional regulator NrdR  57.24 
 
 		 154 aa  175  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.152873  normal  0.135951 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17180  transcriptional regulator NrdR  54.36 
 
 		 166 aa  174  3e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.966193 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3977  ATP-cone domain protein  53.79 
 
 		 178 aa  173  8e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.173663 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0169  putative transcriptional regulator  73 
 
 		 102 aa  153  7e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0650097  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06700  transcriptional regulator NrdR  48.68 
 
 		 154 aa  150  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3459  transcriptional regulator NrdR  46.36 
 
 		 156 aa  147  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.007384 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1697  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 150 aa  144  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  44.59 
 
 		 149 aa  144  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0513  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 154 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.579451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0559  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 154 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3858  transcriptional regulator NrdR  46.71 
 
 		 155 aa  144  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0548  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 154 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0566  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 154 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2026  transcriptional regulator NrdR  46.67 
 
 		 174 aa  143  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0692  transcriptional regulator NrdR  46.1 
 
 		 158 aa  143  9e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.663246  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4463  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 154 aa  142  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5020  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582624 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0576  transcriptional regulator NrdR  46.98 
 
 		 173 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 150 aa  142  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0689  hypothetical protein  46.98 
 
 		 154 aa  141  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 150 aa  141  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  43.92 
 
 		 149 aa  141  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1044  transcriptional regulator NrdR  46.31 
 
 		 175 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0989  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 152 aa  140  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0374  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 		 151 aa  140  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233344  normal  0.151767 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  47.68 
 
 		 163 aa  140  5e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11380  transcriptional regulator NrdR  46.31 
 
 		 154 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.165423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0669  ATP-cone domain protein  47.4 
 
 		 160 aa  140  6e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.528006  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2875  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 156 aa  140  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.362854  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2586  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 161 aa  140  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1418  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 154 aa  140  7e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000085641  hitchhiker  0.00000000000128798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0729  transcriptional regulator NrdR  43.54 
 
 		 165 aa  140  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  46.36 
 
 		 157 aa  139  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02986  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000784776  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3913  transcriptional regulator NrdR  45.39 
 
 		 160 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275077  normal  0.0858388 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  46.36 
 
 		 157 aa  139  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  42.95 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3251  transcriptional regulator NrdR  44.22 
 
 		 152 aa  138  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0842  ATP-cone domain-containing protein  45.58 
 
 		 172 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1687  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 150 aa  138  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3248  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 159 aa  137  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 150 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  44.9 
 
 		 150 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1186  transcriptional regulator NrdR  43.14 
 
 		 157 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.526679  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 		 149 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1310  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 149 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1051  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 149 aa  137  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0419626  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3160  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.166441  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1210  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3470  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3304  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.311833  hitchhiker  0.000761879 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1095  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.287796  normal  0.608767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1161  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.860678  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1095  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146085  normal  0.938869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3161  transcriptional regulator NrdR  44.3 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.769122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1034  transcriptional regulator NrdR  43.62 
 
 		 149 aa  137  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0182985  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0766  transcriptional regulator NrdR  45.39 
 
 		 160 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.248117 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1015  transcriptional regulator NrdR  44.97 
 
 		 149 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1143  transcriptional regulator NrdR  42.95 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.086063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>