225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2901 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2901  hypothetical protein  100 
 
 		 521 aa  1041    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0623331  normal  0.318501 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1655  hypothetical protein  43.43 
 
 		 419 aa  364  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.151005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3170  hypothetical protein  51.17 
 
 		 406 aa  355  7.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2320  hypothetical protein  42.69 
 
 		 421 aa  350  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2410  monooxygenase FAD-binding protein  50 
 
 		 408 aa  350  4e-95  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.262762  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1366  hypothetical protein  43.8 
 
 		 418 aa  346  7e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.496364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2174  hypothetical protein  47.42 
 
 		 405 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.825478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1429  hypothetical protein  45.97 
 
 		 405 aa  330  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.834024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0442  hypothetical protein  46.99 
 
 		 425 aa  318  2e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00330  2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like oxidoreductase  45.95 
 
 		 405 aa  310  4e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2848  monooxygenase FAD-binding  49.08 
 
 		 404 aa  306  6e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2386  monooxygenase FAD-binding protein  47.66 
 
 		 412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.611075  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1503  hypothetical protein  40.87 
 
 		 405 aa  301  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2982  hypothetical protein  39.67 
 
 		 419 aa  301  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.402878  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3882  monooxygenase FAD-binding protein  41.62 
 
 		 410 aa  301  3e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11769  hypothetical protein  45.17 
 
 		 460 aa  299  1e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.196079  hitchhiker  0.00000209473 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6078  hypothetical protein  40.71 
 
 		 421 aa  295  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.25348  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09000  2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like oxidoreductase  46.63 
 
 		 416 aa  293  7e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1898  monooxygenase FAD-binding protein  40.72 
 
 		 391 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.305388 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2327  hypothetical protein  41.46 
 
 		 414 aa  288  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0143705  normal  0.574012 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5898  monooxygenase FAD-binding protein  40.95 
 
 		 408 aa  287  2.9999999999999996e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.106816 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0304  hypothetical protein  46.34 
 
 		 415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.605002  normal  0.180027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0456  hypothetical protein  41.24 
 
 		 400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.558276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1983  hypothetical protein  43.27 
 
 		 431 aa  283  5.000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.564684 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2633  monooxygenase FAD-binding protein  45.69 
 
 		 415 aa  283  8.000000000000001e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.835252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1232  monooxygenase FAD-binding protein  47 
 
 		 417 aa  278  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3289  monooxygenase FAD-binding protein  42 
 
 		 405 aa  278  2e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0506  hypothetical protein  45.1 
 
 		 420 aa  277  4e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2049  hypothetical protein  41.88 
 
 		 409 aa  276  8e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.961619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0437  hypothetical protein  41.67 
 
 		 423 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3035  hypothetical protein  43.68 
 
 		 399 aa  262  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1565  hypothetical protein  44.57 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.000000103303  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6010  monooxygenase FAD-binding  42.65 
 
 		 410 aa  260  5.0000000000000005e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1606  monooxygenase FAD-binding protein  44.96 
 
 		 413 aa  247  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0134367  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3557  monooxygenase FAD-binding protein  45.51 
 
 		 383 aa  234  4.0000000000000004e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0075  hypothetical protein  30.77 
 
 		 404 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3972  monooxygenase FAD-binding  35.29 
 
 		 416 aa  173  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0762736  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1747  hypothetical protein  29.65 
 
 		 419 aa  123  7e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0945012 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04530  2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like oxidoreductase  29.06 
 
 		 457 aa  83.2  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.722855  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5384  monooxygenase FAD-binding  28.72 
 
 		 506 aa  75.1  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.297257  normal  0.119449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3774  monooxygenase, FAD-binding  31.87 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.343223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1515  monooxygenase, FAD-binding  28.82 
 
 		 478 aa  70.9  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3055  monooxygenase FAD-binding  32.58 
 
 		 408 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4276  Electron-transferring-flavoproteindehydrogenase  33.15 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1544  monooxygenase, FAD-binding protein  28.08 
 
 		 478 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.585572  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1567  monooxygenase, FAD-binding  28.08 
 
 		 478 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1535  monooxygenase, FAD-binding  27.73 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.859227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6603  monooxygenase FAD-binding protein  24.78 
 
 		 400 aa  62  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145948  normal  0.349109 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0227  monooxygenase FAD-binding  25.19 
 
 		 596 aa  62  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  27.62 
 
 		 424 aa  60.5  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3345  monooxygenase FAD-binding  27.05 
 
 		 505 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3927  FAD dependent oxidoreductase  33.15 
 
 		 431 aa  59.7  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.610841 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3838  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  31.76 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  27.16 
 
 		 445 aa  58.5  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2807  monooxygenase FAD-binding  27 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.461648  normal  0.985986 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3896  monooxygenase FAD-binding protein  29.05 
 
 		 537 aa  57.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.228643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5592  monooxygenase FAD-binding protein  25.98 
 
 		 524 aa  58.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3421  monooxygenase FAD-binding protein  27.53 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.875468  normal  0.0698914 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2645  FAD-binding monooxygenase, PheA/TfdB family  28.98 
 
 		 529 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393426  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  30.81 
 
 		 430 aa  56.2  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3851  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  32.02 
 
 		 397 aa  56.2  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 		 418 aa  56.2  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2964  monooxygenase FAD-binding  25.96 
 
 		 422 aa  55.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000808449 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1676  monooxygenase FAD-binding protein  28.49 
 
 		 481 aa  55.8  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000910554  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2135  monooxygenase FAD-binding  30.41 
 
 		 540 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.218617  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3267  monooxygenase FAD-binding  25.84 
 
 		 486 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04210  2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase-like oxidoreductase  28.96 
 
 		 510 aa  55.1  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.9 
 
 		 376 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0422  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  26.49 
 
 		 554 aa  54.7  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2454  regulatory proteins, IclR  21.21 
 
 		 575 aa  54.3  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.283629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0875  FAD-dependent oxidoreductase  29.19 
 
 		 581 aa  54.3  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.474503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00305  hypothetical protein  26.49 
 
 		 554 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00161031  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00301  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  26.49 
 
 		 554 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00155662  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3259  monooxygenase FAD-binding protein  26.49 
 
 		 554 aa  54.3  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.257115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3045  monooxygenase, FAD-binding  24.26 
 
 		 600 aa  53.9  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000523244  unclonable  0.000000929922 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  31.82 
 
 		 425 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1463  monooxygenase FAD-binding  23.3 
 
 		 598 aa  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5796  putative monooxygenase  30.77 
 
 		 494 aa  52.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.79596  normal  0.121142 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  28 
 
 		 411 aa  52.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2333  monooxygenase FAD-binding  31.02 
 
 		 536 aa  52.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.307173 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1937  monooxygenase FAD-binding  28.12 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000536386 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3278  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  25 
 
 		 554 aa  52  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0146118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3068  monooxygenase FAD-binding  23.77 
 
 		 493 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.159708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0411  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  25 
 
 		 554 aa  52  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0836277  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0371  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  25 
 
 		 554 aa  52  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000897196  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4203  monooxygenase FAD-binding  31.87 
 
 		 487 aa  51.2  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2332  2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase  42.25 
 
 		 385 aa  51.6  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2727  FAD-dependent oxidoreductase  27.53 
 
 		 570 aa  51.2  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00614764  normal  0.0524365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1172  monooxygenase, FAD-binding  28.07 
 
 		 535 aa  51.6  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.570475 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1216  hypothetical protein  31.4 
 
 		 486 aa  51.2  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.795806  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1940  monooxygenase, FAD-binding  34.23 
 
 		 489 aa  51.2  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0378  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  25.95 
 
 		 554 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0214512  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  31.15 
 
 		 434 aa  50.8  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  32 
 
 		 424 aa  50.8  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1117  monooxygenase, FAD-binding  38.3 
 
 		 399 aa  50.8  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3551  monooxygenase FAD-binding  28.57 
 
 		 630 aa  50.4  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0725  monooxygenase FAD-binding  28.49 
 
 		 571 aa  50.4  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.490959  normal  0.227588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2377  hypothetical protein  27.12 
 
 		 553 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.879652  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4123  FAD-dependent oxidoreductase  28.33 
 
 		 577 aa  49.7  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000743874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5061  hypothetical protein  25.46 
 
 		 562 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>