More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1343 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 411 aa  836    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  59.86 
 
 		 420 aa  484  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  56.9 
 
 		 425 aa  475  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  33.5 
 
 		 414 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  35.36 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  34.71 
 
 		 418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  35.36 
 
 		 424 aa  154  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  32.87 
 
 		 434 aa  153  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  31.82 
 
 		 425 aa  152  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  33.87 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  33.81 
 
 		 423 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 431 aa  145  1e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  31.75 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  32.85 
 
 		 435 aa  144  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 430 aa  144  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  32.36 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  35.92 
 
 		 419 aa  142  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  32.98 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  31.55 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  31.77 
 
 		 398 aa  131  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  31.82 
 
 		 393 aa  127  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  31.75 
 
 		 393 aa  126  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  33.93 
 
 		 440 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  32.84 
 
 		 445 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 		 431 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 		 430 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  30.91 
 
 		 443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  31.5 
 
 		 420 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 		 444 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  31.64 
 
 		 431 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  30.57 
 
 		 424 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  28.83 
 
 		 384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.18 
 
 		 398 aa  110  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  33.83 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  28.44 
 
 		 415 aa  106  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  35.23 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  30.66 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  30.66 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.77 
 
 		 382 aa  103  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  30.37 
 
 		 393 aa  103  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  29.5 
 
 		 409 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  33.92 
 
 		 435 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  35.19 
 
 		 406 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  32.23 
 
 		 418 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  34.12 
 
 		 406 aa  100  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  32.27 
 
 		 400 aa  99.8  7e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  31.77 
 
 		 466 aa  99.4  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.75 
 
 		 387 aa  97.8  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  26.25 
 
 		 376 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  30.48 
 
 		 406 aa  94.4  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 		 436 aa  92.8  9e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  27.67 
 
 		 408 aa  90.1  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  31.52 
 
 		 407 aa  89.7  9e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  30.08 
 
 		 365 aa  89  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  31.39 
 
 		 408 aa  89  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  32.91 
 
 		 403 aa  88.6  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.4 
 
 		 384 aa  87  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 		 375 aa  87  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  31.2 
 
 		 417 aa  86.3  9e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.47 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  29.61 
 
 		 452 aa  84.3  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  29.13 
 
 		 409 aa  83.6  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  34.65 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  25.55 
 
 		 385 aa  82.4  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0681  geranylgeranyl reductase  27.51 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00166018  hitchhiker  0.00000684168 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  27.32 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  29.26 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  29.2 
 
 		 449 aa  75.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  25.15 
 
 		 348 aa  75.9  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  26.61 
 
 		 362 aa  75.5  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  27.62 
 
 		 421 aa  74.3  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  28.48 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  24.7 
 
 		 402 aa  73.6  0.000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0431  PUA domain-containing protein  31.3 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  26.61 
 
 		 406 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  26.61 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  23.48 
 
 		 506 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1696  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 459 aa  72  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2237  tryptophan halogenase  24.63 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  30.67 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  29.69 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  23.1 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  24.93 
 
 		 480 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  29.82 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3184  tryptophan halogenase  31.55 
 
 		 441 aa  70.1  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153347  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  27.93 
 
 		 395 aa  70.1  0.00000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  29.76 
 
 		 383 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  29.54 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1088  monooxygenase, FAD-binding  28.45 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.129242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  27.9 
 
 		 368 aa  69.3  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0938  geranylgeranyl reductase  28.23 
 
 		 453 aa  69.3  0.0000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.129052 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5510  tryptophan halogenase  26.24 
 
 		 587 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3389  monooxygenase FAD-binding  26.61 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1429  hypothetical protein  29.06 
 
 		 395 aa  68.2  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0716636 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2265  electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase  26.65 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00453186  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  25 
 
 		 400 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  27.33 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>