More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_03150 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  100 
 
 		 424 aa  853    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  67.3 
 
 		 426 aa  565  1e-160  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  60.62 
 
 		 434 aa  516  1.0000000000000001e-145  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  63.01 
 
 		 430 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  60.24 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  60 
 
 		 435 aa  500  1e-140  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  59.95 
 
 		 457 aa  496  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  58.43 
 
 		 424 aa  491  9.999999999999999e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  61.52 
 
 		 423 aa  493  9.999999999999999e-139  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  59.62 
 
 		 440 aa  489  1e-137  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  56.43 
 
 		 423 aa  485  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  60.19 
 
 		 423 aa  487  1e-136  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  55.98 
 
 		 418 aa  474  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  57.52 
 
 		 445 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  56.7 
 
 		 425 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  53.4 
 
 		 431 aa  449  1e-125  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  53.41 
 
 		 431 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  55.04 
 
 		 431 aa  444  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  54.65 
 
 		 443 aa  439  9.999999999999999e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  53.63 
 
 		 430 aa  440  9.999999999999999e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  48.8 
 
 		 419 aa  379  1e-104  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  51.05 
 
 		 443 aa  378  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  49.65 
 
 		 444 aa  371  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  46.54 
 
 		 466 aa  337  1.9999999999999998e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  33.98 
 
 		 436 aa  217  4e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  32.81 
 
 		 393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  32.03 
 
 		 393 aa  171  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  33.59 
 
 		 408 aa  169  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  33.57 
 
 		 406 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  33.09 
 
 		 406 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  31.61 
 
 		 400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  30.67 
 
 		 435 aa  162  9e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  32.43 
 
 		 418 aa  161  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  32.44 
 
 		 416 aa  159  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.09 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  30.99 
 
 		 393 aa  150  5e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  32.3 
 
 		 417 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  30.37 
 
 		 376 aa  143  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  36.19 
 
 		 420 aa  140  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  29.61 
 
 		 415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  33.54 
 
 		 398 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  33.89 
 
 		 413 aa  131  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  30.57 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  33.09 
 
 		 375 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  32.46 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  32.74 
 
 		 420 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  28.64 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  26.63 
 
 		 398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  29.82 
 
 		 409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  29.05 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  29.5 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  30.45 
 
 		 414 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.34 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  29.5 
 
 		 379 aa  100  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  26.76 
 
 		 385 aa  99.4  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  29.17 
 
 		 378 aa  97.8  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.36 
 
 		 455 aa  95.1  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  27.82 
 
 		 444 aa  95.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.74 
 
 		 449 aa  94.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  26.01 
 
 		 455 aa  94  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0788  non-heme halogenase, putative  27.3 
 
 		 439 aa  93.6  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.702938  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0931  tryptophan halogenase  27.3 
 
 		 439 aa  93.6  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  26.43 
 
 		 398 aa  92.4  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  31.17 
 
 		 429 aa  92.4  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  30 
 
 		 506 aa  92  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.36 
 
 		 400 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.13 
 
 		 376 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  25.07 
 
 		 387 aa  89.7  8e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  28.88 
 
 		 376 aa  89.7  8e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.16 
 
 		 389 aa  89.4  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  29.86 
 
 		 384 aa  88.6  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.08 
 
 		 370 aa  87.4  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  31.14 
 
 		 384 aa  87  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.29 
 
 		 399 aa  86.3  9e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004059  FAD-binding protein inferred for ABFAE pathway  26.48 
 
 		 414 aa  86.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.371428  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  29.39 
 
 		 403 aa  85.5  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2315  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  29.23 
 
 		 436 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0377746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  27.03 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  24.43 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2763  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.06 
 
 		 445 aa  84.3  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  31.12 
 
 		 452 aa  84  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1497  tryptophan halogenase  29.24 
 
 		 406 aa  84  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.756039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1370  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  27.67 
 
 		 434 aa  83.2  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.45 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.22 
 
 		 362 aa  82.8  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0958  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  31.1 
 
 		 437 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 		 401 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  24.73 
 
 		 395 aa  81.6  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.18 
 
 		 396 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  20.44 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3898  tryptophan halogenase  25.51 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  29 
 
 		 390 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0428  monooxygenase, FAD-binding  26.95 
 
 		 415 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00208516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  31.09 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0709  geranylgeranyl reductase  28 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>