More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0362 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 436 aa  868    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  37.77 
 
 		 434 aa  275  8e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  38.55 
 
 		 423 aa  270  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  40.77 
 
 		 445 aa  269  8e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  39.63 
 
 		 434 aa  265  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  38.18 
 
 		 435 aa  264  3e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  39.47 
 
 		 418 aa  261  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  36.62 
 
 		 426 aa  256  5e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  40.24 
 
 		 440 aa  255  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  37.74 
 
 		 424 aa  250  3e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  38.84 
 
 		 431 aa  247  3e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  37.05 
 
 		 425 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  37.28 
 
 		 443 aa  246  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  38.93 
 
 		 418 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  36.75 
 
 		 423 aa  245  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  39.58 
 
 		 406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  39.58 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  40.11 
 
 		 406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  36.79 
 
 		 431 aa  244  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  36.82 
 
 		 444 aa  241  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  38.22 
 
 		 431 aa  241  2e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  37.62 
 
 		 430 aa  239  9e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  36.17 
 
 		 423 aa  238  1e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  37.96 
 
 		 430 aa  238  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  39.29 
 
 		 408 aa  237  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  37.73 
 
 		 416 aa  237  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  38.3 
 
 		 435 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  37.97 
 
 		 443 aa  234  3e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  36.16 
 
 		 457 aa  232  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  39.28 
 
 		 417 aa  229  6e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  34.82 
 
 		 424 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  38.81 
 
 		 419 aa  226  8e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  38.9 
 
 		 415 aa  225  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  36.24 
 
 		 466 aa  204  2e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  34.38 
 
 		 393 aa  180  4e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  33.59 
 
 		 393 aa  178  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 393 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 393 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  35.82 
 
 		 413 aa  131  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  28.37 
 
 		 415 aa  129  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  33.74 
 
 		 409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  34.06 
 
 		 420 aa  123  7e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  31.61 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 398 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  26.29 
 
 		 376 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  27.61 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  36 
 
 		 409 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  33.89 
 
 		 420 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  31.58 
 
 		 425 aa  111  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  27.73 
 
 		 398 aa  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  29.83 
 
 		 375 aa  106  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  30.64 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.11 
 
 		 382 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  27.76 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03920  Monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:Tryptophanhalogenase  25.15 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.117201  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.9 
 
 		 385 aa  100  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 		 406 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 		 378 aa  98.2  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  34.53 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.58 
 
 		 398 aa  95.5  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  31.55 
 
 		 380 aa  93.2  8e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.74 
 
 		 403 aa  92.4  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.98 
 
 		 455 aa  90.5  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  30.13 
 
 		 403 aa  90.1  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  30.45 
 
 		 379 aa  90.1  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  25.3 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  29.88 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  29.02 
 
 		 401 aa  87.8  4e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 		 423 aa  87  6e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  30.38 
 
 		 380 aa  86.7  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4387  tryptophan halogenase  25.72 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000478087  normal  0.336171 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  26.21 
 
 		 455 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  31.68 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  23.48 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  23.71 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1615  dehydrogenase  24.78 
 
 		 405 aa  84  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 406 aa  83.6  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0708  monooxygenase FAD-binding  28.35 
 
 		 416 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  28.23 
 
 		 384 aa  83.2  0.000000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  29.97 
 
 		 384 aa  82.8  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3702  monooxygenase FAD-binding  26.19 
 
 		 419 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4779  monooxygenase FAD-binding  26.19 
 
 		 419 aa  82  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.63 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  27.87 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  23.51 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  28.78 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  25.91 
 
 		 396 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  23.87 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004059  FAD-binding protein inferred for ABFAE pathway  25.23 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.371428  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1088  monooxygenase, FAD-binding  26.63 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.129242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4197  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  23.64 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 373 aa  80.5  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0135  tryptophan halogenase  25.97 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.138396  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  24.23 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  24.25 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5621  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  24.86 
 
 		 409 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2031  tryptophan halogenase  27.41 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0818162  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  24.93 
 
 		 408 aa  78.6  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  25.8 
 
 		 449 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>