More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6095 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  84.22 
 
 
434 aa  723    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  100 
 
 
440 aa  871    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  70.78 
 
 
423 aa  605  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  66.74 
 
 
435 aa  587  1e-166  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  67.78 
 
 
424 aa  579  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  66.27 
 
 
418 aa  566  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  65.16 
 
 
434 aa  564  1e-160  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  65.63 
 
 
425 aa  564  1.0000000000000001e-159  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  69.21 
 
 
445 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  68.57 
 
 
423 aa  551  1e-155  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  67.86 
 
 
423 aa  547  1e-154  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  63.3 
 
 
426 aa  538  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  62.44 
 
 
431 aa  529  1e-149  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  62.71 
 
 
457 aa  523  1e-147  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  62.76 
 
 
430 aa  519  1e-146  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  61.43 
 
 
443 aa  509  1e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  61.32 
 
 
430 aa  507  9.999999999999999e-143  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  59.67 
 
 
424 aa  489  1e-137  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  57.31 
 
 
431 aa  486  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  58.82 
 
 
431 aa  480  1e-134  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  56.31 
 
 
443 aa  445  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  56.83 
 
 
419 aa  442  1e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  53.95 
 
 
444 aa  427  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  46.53 
 
 
466 aa  334  2e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  39.51 
 
 
436 aa  247  4e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  37.73 
 
 
393 aa  207  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  37.3 
 
 
393 aa  207  4e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  34.7 
 
 
416 aa  189  8e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  35.1 
 
 
408 aa  188  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  36.16 
 
 
393 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  36.16 
 
 
393 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  35.88 
 
 
393 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  36.1 
 
 
406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  36.43 
 
 
435 aa  184  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  35.61 
 
 
406 aa  184  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  33.42 
 
 
400 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  32.38 
 
 
418 aa  176  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  35.78 
 
 
417 aa  169  9e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  36.32 
 
 
415 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  38.48 
 
 
413 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  37.96 
 
 
420 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  30.48 
 
 
384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  34.02 
 
 
411 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  29.7 
 
 
376 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  35.1 
 
 
375 aa  137  5e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  33.52 
 
 
425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  35.59 
 
 
420 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.85 
 
 
398 aa  131  3e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  32.09 
 
 
409 aa  126  7e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  34.1 
 
 
409 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  32.22 
 
 
414 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  34.36 
 
 
378 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  33.22 
 
 
403 aa  113  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.54 
 
 
382 aa  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  31.88 
 
 
376 aa  110  5e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
389 aa  109  8.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.74 
 
 
376 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  26.75 
 
 
415 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.42 
 
 
387 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  31.46 
 
 
379 aa  107  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  32.39 
 
 
406 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  33.97 
 
 
429 aa  104  3e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 
384 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  30.67 
 
 
406 aa  103  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.89 
 
 
370 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  29.18 
 
 
385 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  32.53 
 
 
406 aa  100  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  33.04 
 
 
403 aa  100  5e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  28.01 
 
 
390 aa  100  6e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  31.89 
 
 
406 aa  100  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 
384 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 
453 aa  97.4  5e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  29.68 
 
 
506 aa  96.7  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3806  FAD dependent oxidoreductase  22.42 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749975  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 
395 aa  94.7  3e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.62 
 
 
390 aa  94  5e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.27 
 
 
396 aa  93.6  6e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  32.15 
 
 
373 aa  93.6  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  26.77 
 
 
398 aa  93.2  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1370  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  28.07 
 
 
434 aa  92.4  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.17 
 
 
408 aa  92.8  1e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 
407 aa  92  2e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0489  electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase  29.16 
 
 
433 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.905872  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2265  electron transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase  30.13 
 
 
433 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00453186  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 
406 aa  92  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  28.05 
 
 
367 aa  91.3  3e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  28.07 
 
 
391 aa  91.3  3e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  28.07 
 
 
379 aa  91.3  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  26.05 
 
 
480 aa  91.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1260  FAD dependent oxidoreductase  27.41 
 
 
438 aa  91.3  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  29.34 
 
 
362 aa  91.7  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 
390 aa  90.9  4e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.18 
 
 
362 aa  91.3  4e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3556  FAD dependent oxidoreductase  30.32 
 
 
432 aa  90.9  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.31 
 
 
368 aa  90.5  5e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  26.05 
 
 
402 aa  90.1  7e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  27.14 
 
 
455 aa  89.7  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  27.64 
 
 
452 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  29.45 
 
 
379 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>