More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2269 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 398 aa  818    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  65.24 
 
 		 398 aa  554  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  31.62 
 
 		 384 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  33.69 
 
 		 415 aa  169  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  34.51 
 
 		 434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  30.79 
 
 		 435 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  33.08 
 
 		 424 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  33.68 
 
 		 423 aa  156  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  30.53 
 
 		 434 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  30.87 
 
 		 425 aa  153  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  30.6 
 
 		 431 aa  152  8e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  30.54 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  30.99 
 
 		 393 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  33.82 
 
 		 413 aa  150  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  30.92 
 
 		 376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  31.52 
 
 		 418 aa  147  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  30.47 
 
 		 426 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 445 aa  142  7e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  29.85 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  31.77 
 
 		 411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  31.7 
 
 		 419 aa  140  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  31.32 
 
 		 440 aa  139  7e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  30.81 
 
 		 430 aa  139  7e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  30.88 
 
 		 431 aa  139  7e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 		 393 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 		 393 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  31.16 
 
 		 423 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  34.03 
 
 		 423 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  29.87 
 
 		 393 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  33.04 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.52 
 
 		 384 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  31.23 
 
 		 443 aa  133  6.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  31.05 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  30.96 
 
 		 409 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  33.64 
 
 		 443 aa  131  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  33.92 
 
 		 424 aa  130  5.0000000000000004e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  31.2 
 
 		 420 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  29.32 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  33.03 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.82 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  30.81 
 
 		 444 aa  122  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 378 aa  120  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 401 aa  119  7e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  27.16 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  31.92 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  32.05 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.06 
 
 		 375 aa  116  7.999999999999999e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  32.69 
 
 		 406 aa  116  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  28.97 
 
 		 420 aa  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  30.88 
 
 		 431 aa  113  7.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  32.68 
 
 		 408 aa  113  7.000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  30.57 
 
 		 396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  28.4 
 
 		 408 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  29.28 
 
 		 387 aa  110  3e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  31.37 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  31.89 
 
 		 429 aa  110  5e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  27.39 
 
 		 385 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  33.44 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  31.37 
 
 		 367 aa  107  2e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1007  FAD dependent oxidoreductase  28.1 
 
 		 409 aa  107  4e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  29.76 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  31.16 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 		 436 aa  104  3e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 		 406 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 		 406 aa  104  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  30.17 
 
 		 402 aa  103  5e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  30.8 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  31.17 
 
 		 416 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 		 418 aa  101  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  28.29 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  29.86 
 
 		 374 aa  100  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  27.76 
 
 		 455 aa  100  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  29.07 
 
 		 406 aa  99.4  9e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  28.45 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4197  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  26.95 
 
 		 444 aa  98.6  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2035  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 		 379 aa  98.2  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  27.44 
 
 		 466 aa  98.2  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  29.32 
 
 		 435 aa  98.2  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  30.25 
 
 		 376 aa  97.8  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  28.29 
 
 		 390 aa  97.4  4e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 		 379 aa  97.4  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 		 417 aa  96.3  8e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  30.48 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.11 
 
 		 407 aa  94.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.19 
 
 		 380 aa  94  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  29.08 
 
 		 423 aa  92.8  8e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  27.11 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  27.59 
 
 		 449 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  27.36 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0506  geranylgeranyl reductase  31.46 
 
 		 398 aa  90.9  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  27.7 
 
 		 380 aa  90.9  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  28.22 
 
 		 379 aa  90.5  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3091  FAD dependent oxidoreductase  25.62 
 
 		 410 aa  89.7  7e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.275239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2206  FAD dependent oxidoreductase  26.35 
 
 		 410 aa  89  1e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.685598 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  25.95 
 
 		 399 aa  89.4  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>