More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0862 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 387 aa  729    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  88.45 
 
 		 406 aa  559  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  52.97 
 
 		 403 aa  308  1.0000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  54.76 
 
 		 409 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  51.92 
 
 		 406 aa  291  1e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  62.17 
 
 		 373 aa  279  7e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  36.57 
 
 		 413 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  35.47 
 
 		 398 aa  160  3e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  38.63 
 
 		 419 aa  146  5e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  33.09 
 
 		 409 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  34.31 
 
 		 398 aa  144  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  30.12 
 
 		 430 aa  142  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  33.08 
 
 		 423 aa  139  6e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  34.05 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  33.6 
 
 		 425 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  33.75 
 
 		 393 aa  137  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  32.71 
 
 		 393 aa  136  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  32.33 
 
 		 423 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  29.8 
 
 		 384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 418 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  29.63 
 
 		 426 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  32.8 
 
 		 434 aa  126  6e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  32.58 
 
 		 434 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  30.97 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  32.96 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  33.24 
 
 		 431 aa  120  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 		 424 aa  119  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  33.87 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  35.03 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  33.44 
 
 		 379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  33.65 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  33.65 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  34.96 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  33.43 
 
 		 430 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  33.01 
 
 		 440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  33.65 
 
 		 393 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  32.59 
 
 		 435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  39.58 
 
 		 429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 443 aa  111  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  36.52 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  33.15 
 
 		 431 aa  110  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  31.02 
 
 		 443 aa  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  34.15 
 
 		 362 aa  106  5e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  31.04 
 
 		 424 aa  106  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  36.79 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  32.49 
 
 		 445 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  35.26 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  35.89 
 
 		 358 aa  99.8  7e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.43 
 
 		 384 aa  99.8  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  31.04 
 
 		 444 aa  99.4  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  32.92 
 
 		 420 aa  97.8  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  34.03 
 
 		 418 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  32.72 
 
 		 378 aa  96.7  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.8 
 
 		 403 aa  95.9  9e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  32.74 
 
 		 425 aa  94.4  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  37.46 
 
 		 382 aa  93.6  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  32.35 
 
 		 401 aa  92.8  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  29.9 
 
 		 414 aa  92  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  25.23 
 
 		 376 aa  92.4  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  32.63 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  32.84 
 
 		 400 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  26.81 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  35.44 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  35.44 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.76 
 
 		 382 aa  90.1  6e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  27.2 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  30.91 
 
 		 436 aa  89.4  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  32.19 
 
 		 400 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  30.29 
 
 		 389 aa  89  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  32.48 
 
 		 383 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  30.21 
 
 		 411 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  29.04 
 
 		 385 aa  86.7  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  26.97 
 
 		 376 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  37.83 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  32 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  31.18 
 
 		 466 aa  83.2  0.000000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  25.91 
 
 		 379 aa  82.4  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.41 
 
 		 395 aa  82.4  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  34.29 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  24.4 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  29 
 
 		 398 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  24.17 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  31.94 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  25.25 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0114  FAD dependent oxidoreductase  27.65 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00154267  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  33.77 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  30.96 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  26.85 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  32.01 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  33.91 
 
 		 435 aa  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1512  FAD dependent oxidoreductase  28 
 
 		 365 aa  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.193117  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  28.34 
 
 		 373 aa  77.4  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  33.54 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  28.09 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.01 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.13 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  34.65 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  27.04 
 
 		 373 aa  74.7  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  26.89 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  26.37 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>