More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pisl_0388 on replicon NC_008701
Organism: Pyrobaculum islandicum DSM 4184



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 362 aa  722    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  79.05 
 
 		 358 aa  541  1e-153  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  70.59 
 
 		 367 aa  498  1e-140  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  73.95 
 
 		 358 aa  500  1e-140  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  38.98 
 
 		 362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  33.23 
 
 		 398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  32.06 
 
 		 398 aa  119  7e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 382 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  30.03 
 
 		 387 aa  116  6e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.99 
 
 		 375 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.06 
 
 		 424 aa  112  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  28.19 
 
 		 384 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  29.91 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  30.65 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 		 385 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  31.61 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  29.39 
 
 		 435 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  31.15 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  27.19 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  27.96 
 
 		 423 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  28.21 
 
 		 434 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  33.22 
 
 		 379 aa  99  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  31.95 
 
 		 394 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  31.95 
 
 		 394 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  27.63 
 
 		 445 aa  97.8  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  28.04 
 
 		 384 aa  96.7  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  31.79 
 
 		 374 aa  96.7  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  31.49 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  28.21 
 
 		 413 aa  94  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  29.49 
 
 		 368 aa  94  4e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 419 aa  93.2  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  26.08 
 
 		 384 aa  92  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  30.18 
 
 		 434 aa  90.9  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  29.57 
 
 		 409 aa  90.1  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.84 
 
 		 368 aa  90.1  5e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 430 aa  89.7  7e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 		 394 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  30.09 
 
 		 430 aa  89  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  30.91 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  29.31 
 
 		 431 aa  89.4  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 457 aa  88.6  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  27.41 
 
 		 393 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  27.27 
 
 		 423 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  26.69 
 
 		 393 aa  88.6  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  29.77 
 
 		 379 aa  88.6  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  28.27 
 
 		 443 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  28.9 
 
 		 376 aa  87.4  4e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  27.88 
 
 		 423 aa  86.3  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.51 
 
 		 376 aa  86.3  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  29.38 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  26.96 
 
 		 403 aa  85.1  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  27.42 
 
 		 382 aa  85.1  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  27.73 
 
 		 444 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  28.43 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  27.08 
 
 		 401 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  32 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  25.45 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  30.67 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  28.35 
 
 		 443 aa  79.7  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  31.48 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  32.7 
 
 		 394 aa  79  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  27.71 
 
 		 409 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  26.84 
 
 		 384 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  28.03 
 
 		 375 aa  78.6  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  28.23 
 
 		 431 aa  77.4  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  29.39 
 
 		 440 aa  77  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  30.03 
 
 		 429 aa  76.6  0.0000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  32.28 
 
 		 418 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  29.14 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  27.83 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  32.59 
 
 		 383 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.43 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  31.23 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  28.1 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  28.1 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1604  geranylgeranyl reductase  31.15 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  24.42 
 
 		 406 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  25.71 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  25.42 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  28.49 
 
 		 387 aa  73.9  0.000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.27 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  28.43 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4197  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  21.92 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  29.74 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  27.5 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  26.58 
 
 		 414 aa  72  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  28.83 
 
 		 406 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  26.27 
 
 		 374 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.4 
 
 		 391 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  28.78 
 
 		 424 aa  72  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.25 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  30.07 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  29.07 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  27.53 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  25.56 
 
 		 406 aa  69.7  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  30.45 
 
 		 400 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>