More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5367 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  91.69 
 
 		 397 aa  672    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 397 aa  793    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  91.44 
 
 		 397 aa  669    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  79.63 
 
 		 408 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  77.63 
 
 		 402 aa  558  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  66.41 
 
 		 400 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  66.15 
 
 		 400 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  68.18 
 
 		 403 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  65.05 
 
 		 401 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  66.07 
 
 		 400 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  66.15 
 
 		 399 aa  481  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  60.87 
 
 		 394 aa  463  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  62.47 
 
 		 405 aa  462  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  58.97 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  58.97 
 
 		 394 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  58.97 
 
 		 394 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  58.87 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  64 
 
 		 330 aa  409  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  56.05 
 
 		 413 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  37.95 
 
 		 379 aa  252  8.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  37.35 
 
 		 455 aa  245  9.999999999999999e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  36.79 
 
 		 452 aa  241  1e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 		 380 aa  241  2e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  38.72 
 
 		 380 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  37.14 
 
 		 380 aa  239  9e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  37.44 
 
 		 379 aa  238  1e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.11 
 
 		 380 aa  236  4e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.12 
 
 		 446 aa  235  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.7 
 
 		 446 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  37.31 
 
 		 457 aa  232  8.000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  37.13 
 
 		 405 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.64 
 
 		 446 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  37.06 
 
 		 405 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  36.57 
 
 		 405 aa  229  5e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 		 407 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  36.23 
 
 		 406 aa  229  9e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  36.46 
 
 		 380 aa  228  1e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.5 
 
 		 445 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.19 
 
 		 468 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  35.56 
 
 		 418 aa  226  8e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  36.23 
 
 		 406 aa  225  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.47 
 
 		 449 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  36.76 
 
 		 443 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  36.76 
 
 		 443 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 462 aa  199  7e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  33.58 
 
 		 421 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  31.84 
 
 		 463 aa  189  5.999999999999999e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  33.83 
 
 		 406 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  34.48 
 
 		 406 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  35.06 
 
 		 378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.55 
 
 		 396 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.99 
 
 		 387 aa  113  5e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 390 aa  113  7.000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  30.88 
 
 		 390 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  32.46 
 
 		 341 aa  103  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  29.19 
 
 		 390 aa  103  7e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  34 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  36.04 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  29.43 
 
 		 391 aa  99.8  8e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  30.95 
 
 		 403 aa  99.4  9e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  34.64 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  30.66 
 
 		 425 aa  98.6  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  32.02 
 
 		 424 aa  98.2  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  30.33 
 
 		 396 aa  97.4  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  29.43 
 
 		 387 aa  97.4  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.64 
 
 		 398 aa  97.4  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  25.79 
 
 		 382 aa  94.7  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  32.29 
 
 		 418 aa  93.2  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  30.15 
 
 		 393 aa  92  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  29.14 
 
 		 385 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.91 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  30.18 
 
 		 393 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  29.22 
 
 		 408 aa  90.9  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 406 aa  91.3  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.94 
 
 		 368 aa  90.9  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.3 
 
 		 370 aa  90.5  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  30.49 
 
 		 365 aa  89.7  7e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  29.87 
 
 		 362 aa  89.4  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  29.62 
 
 		 413 aa  89.4  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  28.28 
 
 		 374 aa  88.2  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.03 
 
 		 399 aa  88.6  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 445 aa  88.2  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  31.65 
 
 		 362 aa  88.2  2e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  25.45 
 
 		 395 aa  87  5e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  34.04 
 
 		 423 aa  87  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  32.04 
 
 		 401 aa  87  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  31.87 
 
 		 360 aa  86.7  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  27.69 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  33.23 
 
 		 376 aa  86.3  9e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  25.76 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  28.95 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 		 398 aa  85.5  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  28.21 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 		 430 aa  84  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 423 aa  83.6  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  31.31 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  30.52 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0539  geranylgeranyl reductase  24.14 
 
 		 391 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>