More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3990 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 400 aa  817    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  95.75 
 
 		 400 aa  785    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  92.77 
 
 		 401 aa  729    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  77.44 
 
 		 400 aa  620  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  69.27 
 
 		 403 aa  551  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  65.9 
 
 		 399 aa  502  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  65.57 
 
 		 397 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  66.41 
 
 		 402 aa  490  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  62.5 
 
 		 405 aa  485  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  64.61 
 
 		 408 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  60.71 
 
 		 394 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  65.82 
 
 		 397 aa  480  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  60.71 
 
 		 394 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  65.31 
 
 		 397 aa  477  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  61.48 
 
 		 394 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  62.09 
 
 		 394 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  58.97 
 
 		 393 aa  451  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  63.61 
 
 		 330 aa  442  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  54.07 
 
 		 413 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  38.71 
 
 		 452 aa  250  3e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  38.96 
 
 		 455 aa  249  4e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.77 
 
 		 446 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.77 
 
 		 446 aa  246  4e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  37.72 
 
 		 446 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  37.8 
 
 		 449 aa  245  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.58 
 
 		 445 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  39.11 
 
 		 468 aa  243  3.9999999999999997e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  37.56 
 
 		 379 aa  241  1e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  36.84 
 
 		 457 aa  240  2.9999999999999997e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 		 407 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  37.16 
 
 		 405 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  36.82 
 
 		 405 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  37.16 
 
 		 405 aa  236  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  37.15 
 
 		 379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  35.93 
 
 		 406 aa  234  2.0000000000000002e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  37.25 
 
 		 406 aa  233  5e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  37.47 
 
 		 380 aa  232  7.000000000000001e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.07 
 
 		 443 aa  232  9e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  38.07 
 
 		 443 aa  232  9e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  36.76 
 
 		 380 aa  232  9e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  36.84 
 
 		 418 aa  232  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  36.67 
 
 		 380 aa  228  2e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.66 
 
 		 380 aa  227  2e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  35.53 
 
 		 421 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  36.5 
 
 		 406 aa  220  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  36.15 
 
 		 380 aa  219  6e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  36.25 
 
 		 406 aa  216  5e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  34.64 
 
 		 462 aa  207  3e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  34.47 
 
 		 463 aa  198  2.0000000000000003e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  35.56 
 
 		 378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  32.79 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  31.77 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  26.57 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  33.63 
 
 		 430 aa  107  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  29.31 
 
 		 399 aa  105  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 393 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.16 
 
 		 403 aa  103  4e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 393 aa  103  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  32.69 
 
 		 368 aa  102  9e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.43 
 
 		 396 aa  102  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  27.99 
 
 		 370 aa  101  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  32.32 
 
 		 445 aa  97.8  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  32.29 
 
 		 384 aa  97.1  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  32.74 
 
 		 418 aa  97.1  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  32.49 
 
 		 384 aa  94.7  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  31.05 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  27.59 
 
 		 368 aa  94.4  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.71 
 
 		 390 aa  94  5e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.67 
 
 		 423 aa  93.6  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  28.09 
 
 		 376 aa  93.2  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  26.91 
 
 		 391 aa  93.2  7e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  29.35 
 
 		 382 aa  93.2  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  33.75 
 
 		 382 aa  92.4  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 424 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  32.26 
 
 		 379 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  26.57 
 
 		 396 aa  92  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  25.57 
 
 		 408 aa  91.7  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.9 
 
 		 389 aa  90.5  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  32.73 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  30.08 
 
 		 430 aa  90.1  6e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  29.65 
 
 		 362 aa  89.7  8e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.57 
 
 		 398 aa  89.4  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  26.84 
 
 		 384 aa  89  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  29.77 
 
 		 341 aa  89  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  31.27 
 
 		 434 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  31.14 
 
 		 434 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4237  putative oxidoreductase  27.84 
 
 		 356 aa  88.2  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  26.65 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  26.89 
 
 		 390 aa  87.4  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.33 
 
 		 395 aa  87  5e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  30.23 
 
 		 385 aa  87  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  28.74 
 
 		 431 aa  86.7  6e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  30.54 
 
 		 426 aa  86.7  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  32.72 
 
 		 409 aa  85.9  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  28.4 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0162  geranylgeranyl reductase  32.81 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.555099  normal  0.0738774 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  29.31 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0697  FAD dependent oxidoreductase  25.14 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  26.82 
 
 		 390 aa  83.2  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>