More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0277 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  95.69 
 
 		 394 aa  755    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  100 
 
 		 394 aa  806    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 394 aa  806    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  73.66 
 
 		 394 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  72.12 
 
 		 393 aa  560  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  60.71 
 
 		 400 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  59.69 
 
 		 400 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1721  geranylgeranyl reductase  58.51 
 
 		 401 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889725  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6424  geranylgeranyl reductase  57.75 
 
 		 403 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1304  geranylgeranyl reductase  57.6 
 
 		 400 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5367  geranylgeranyl reductase  58.27 
 
 		 397 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.707854 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  60.47 
 
 		 399 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  56.92 
 
 		 405 aa  425  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4822  geranylgeranyl reductase  58.81 
 
 		 397 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.47928  normal  0.0333239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5289  geranylgeranyl reductase  59.08 
 
 		 397 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.683475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  57.73 
 
 		 402 aa  421  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1854  geranylgeranyl reductase  56.08 
 
 		 408 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0189229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2779  geranylgeranyl reductase  54.57 
 
 		 330 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0629  geranylgeranyl reductase  52.38 
 
 		 413 aa  350  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.978932  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  38.89 
 
 		 379 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08201  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.65 
 
 		 446 aa  239  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.44 
 
 		 468 aa  238  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08221  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.15 
 
 		 446 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10031  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  37.23 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245076  normal  0.232729 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0768  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  38.08 
 
 		 446 aa  237  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  37.63 
 
 		 379 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1240  geranylgeranyl reductase  38.27 
 
 		 455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.525757 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0385  geranylgeranyl reductase  37.87 
 
 		 457 aa  232  8.000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  37.87 
 
 		 406 aa  231  2e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  38.36 
 
 		 380 aa  231  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1239  geranylgeranyl reductase  37.53 
 
 		 452 aa  230  3e-59  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.214331  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0022  geranylgeranyl reductase  37.69 
 
 		 380 aa  229  5e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0029  geranylgeranyl reductase  38.78 
 
 		 380 aa  228  2e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0016  geranylgeranyl reductase  38.87 
 
 		 380 aa  227  3e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.828893  normal  0.344079 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  38.93 
 
 		 380 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4276  geranylgeranyl reductase  37.91 
 
 		 405 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  37.78 
 
 		 407 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  37.13 
 
 		 406 aa  224  3e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0178  geranylgeranyl reductase  37.75 
 
 		 405 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  36.75 
 
 		 418 aa  223  4e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0173  geranylgeranyl reductase  37.5 
 
 		 405 aa  222  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000608264  normal  0.261316 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08231  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.7 
 
 		 445 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.891697  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  36.24 
 
 		 406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0164  geranylgeranyl reductase  35.7 
 
 		 443 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.620405  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07961  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  35.7 
 
 		 443 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.253418  normal  0.790247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  35.26 
 
 		 406 aa  210  4e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  34.82 
 
 		 421 aa  205  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119498  geranylgeranyl reductase  34.96 
 
 		 462 aa  202  9.999999999999999e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_50650  predicted protein  33.6 
 
 		 463 aa  181  2.9999999999999997e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  33.87 
 
 		 378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  31.23 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  28.45 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  29.08 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  31.25 
 
 		 403 aa  106  6e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  28.4 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0444  geranylgeranyl reductase  30.87 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 		 370 aa  100  6e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  27.57 
 
 		 387 aa  99  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 390 aa  98.2  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  29.11 
 
 		 391 aa  98.2  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  31.65 
 
 		 368 aa  97.8  3e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0864  geranylgeranyl reductase  24.6 
 
 		 396 aa  97.1  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000799674  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  31.38 
 
 		 425 aa  96.3  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 		 381 aa  96.3  8e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  31.13 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  29.06 
 
 		 382 aa  95.9  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.4 
 
 		 362 aa  94  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0303  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 396 aa  93.6  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.411579  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  30.63 
 
 		 399 aa  94  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.38 
 
 		 379 aa  92.8  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  30.06 
 
 		 408 aa  91.7  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1386  geranylgeranyl reductase  28.96 
 
 		 390 aa  90.9  3e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  32.55 
 
 		 424 aa  90.5  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  32.99 
 
 		 367 aa  90.5  4e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  32.12 
 
 		 435 aa  90.1  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1392  excinuclease ABC subunit C  27.38 
 
 		 382 aa  90.1  7e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0201698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  31.21 
 
 		 362 aa  89.7  9e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  29.75 
 
 		 395 aa  89.4  1e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.72 
 
 		 423 aa  89  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  26.54 
 
 		 348 aa  87  5e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2205  geranylgeranyl reductase  33.22 
 
 		 363 aa  87  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  29.33 
 
 		 393 aa  87  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0643  geranylgeranyl reductase  29.86 
 
 		 360 aa  86.3  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.770726  normal  0.124546 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0522  geranylgeranyl reductase  30.09 
 
 		 390 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  30.46 
 
 		 434 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  28.31 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  29.02 
 
 		 393 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.63 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  31.08 
 
 		 413 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  32.63 
 
 		 445 aa  83.6  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  27.94 
 
 		 373 aa  83.2  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  29.09 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  24.3 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1220  dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  24.86 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  29.81 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  30.61 
 
 		 430 aa  80.5  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  31.08 
 
 		 358 aa  80.1  0.00000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  27.18 
 
 		 457 aa  79.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>